More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1954 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2242  sensor histidine kinase  77.58 
 
 
620 aa  888  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  1.01794e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1954  sensor histidine kinase  100 
 
 
624 aa  1203  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000131402  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0286  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.49 
 
 
424 aa  163  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.136894  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1523  sensory box histidine kinase  38.43 
 
 
787 aa  162  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00153524  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1316  sensory box histidine kinase  38.04 
 
 
787 aa  161  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00351204  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0195  sensory box histidine kinase  38.58 
 
 
791 aa  154  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00184929  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0198  sensory box histidine kinase  38.2 
 
 
791 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00155091  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2076  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 
387 aa  149  1e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52949  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3383  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
617 aa  142  2e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1243  sensory box histidine kinase  37.39 
 
 
623 aa  136  1e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1055  sensory box histidine kinase/response regulator  37.73 
 
 
558 aa  134  4e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.952288  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1953  sensor histidine kinase  34.4 
 
 
678 aa  132  2e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.105844  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2241  sensor histidine kinase  38.1 
 
 
678 aa  130  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00553102  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  37.66 
 
 
1093 aa  130  1e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  38.74 
 
 
1086 aa  129  2e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 
652 aa  118  4e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3763  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 
1255 aa  115  2e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5118  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.27 
 
 
837 aa  114  7e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.657918 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
1711 aa  112  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
1153 aa  109  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  1.7622e-06 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4463  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.67 
 
 
839 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 
1385 aa  108  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  25.96 
 
 
2213 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  7.26448e-07 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2759  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 
785 aa  107  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0804  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.03 
 
 
663 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.296509  normal  0.022202 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.81 
 
 
1363 aa  107  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
978 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1239  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
601 aa  104  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  28.86 
 
 
1021 aa  103  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
597 aa  103  9e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3045  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.22 
 
 
587 aa  103  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 
484 aa  103  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
896 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.942872  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.96 
 
 
597 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0899  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
562 aa  102  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000736499  normal  0.0870171 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1111  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
463 aa  102  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.17 
 
 
1559 aa  101  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2216  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
707 aa  101  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0234  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.43 
 
 
581 aa  101  3e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1803  histidine kinase  27.51 
 
 
360 aa  102  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295005  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.02 
 
 
973 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1171  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 
601 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.764922  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2100  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.7 
 
 
637 aa  101  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.269626 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 
377 aa  100  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.360727  normal  0.404582 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4807  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 
1287 aa  100  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00341781  normal  0.634217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 
969 aa  100  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0185  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.34 
 
 
691 aa  99.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.483444  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
885 aa  99.8  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4657  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
893 aa  100  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2483  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.56 
 
 
1071 aa  100  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 
944 aa  100  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0902383 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3284  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
856 aa  100  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0250894  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 
1017 aa  99.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 
1002 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5450  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.9 
 
 
799 aa  99.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00754974 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0186  histidine kinase  27.27 
 
 
810 aa  99  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4258  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.23 
 
 
663 aa  99  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267585 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3027  sensor histidine kinase  28.38 
 
 
458 aa  99  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2948  sensor histidine kinase  28.38 
 
 
458 aa  99.4  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.448702  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4664  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.57 
 
 
413 aa  99  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3260  sensor histidine kinase  28.38 
 
 
458 aa  99  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  24.32 
 
 
1765 aa  99  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6547  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.36 
 
 
865 aa  98.6  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.325935 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0931  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
446 aa  98.6  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.523505  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3012  sensor histidine kinase  27.95 
 
 
458 aa  98.6  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.171709  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.55 
 
 
1406 aa  98.6  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2486  histidine kinase  26.79 
 
 
347 aa  98.6  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6046  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.51 
 
 
768 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479069  normal  0.26296 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3257  sensor histidine kinase  28.38 
 
 
458 aa  98.6  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1740  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.14 
 
 
1319 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0212  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.55 
 
 
953 aa  98.6  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
2153 aa  98.6  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 
1029 aa  98.6  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0511  histidine kinase  30.77 
 
 
440 aa  98.6  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000775208  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.05 
 
 
589 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0113735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3398  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.46 
 
 
1202 aa  98.2  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.613847  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 
1323 aa  98.2  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1695  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.25 
 
 
354 aa  98.2  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
737 aa  98.2  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.224344 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0381  sensory box histidine kinase/response regulator  26.5 
 
 
497 aa  98.2  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1505  secretion system regulator:Sensor component  26.27 
 
 
920 aa  97.8  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  6.30125e-05 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1527  secretion system regulator:Sensor component  26.27 
 
 
920 aa  97.8  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0140135 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1949  secretion system regulator:Sensor component  26.27 
 
 
920 aa  97.8  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.14133  normal  0.0293966 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4245  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.23 
 
 
654 aa  97.8  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3113  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.14 
 
 
898 aa  97.4  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.265974  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1117  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 
770 aa  97.4  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1779  secretion system regulator:Sensor component  26.67 
 
 
920 aa  97.4  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.255044  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1446  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  24.23 
 
 
1131 aa  97.8  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.705679  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3278  sensor histidine kinase  27.95 
 
 
458 aa  97.8  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1490  secretion system regulator:Sensor component  26.67 
 
 
920 aa  97.4  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
646 aa  97.4  7e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4725  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.16 
 
 
614 aa  97.4  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269083  normal  0.0435637 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.78 
 
 
617 aa  97.4  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.422617  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 
946 aa  97.4  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2230  GAF sensor hybrid histidine kinase  26.39 
 
 
707 aa  97.1  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.129446  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2655  histidine kinase  24.12 
 
 
433 aa  97.4  8e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.306578  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.9 
 
 
570 aa  97.1  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0617  histidine kinase  30 
 
 
525 aa  97.1  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862925  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  23.95 
 
 
687 aa  97.1  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3365  sensor histidine kinase  28.51 
 
 
357 aa  96.3  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.17571  hitchhiker  1.35665e-14 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>