92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3352 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  100 
 
 		 303 aa  624  1e-178  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  88.18 
 
 		 354 aa  359  3e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  40.38 
 
 		 429 aa  152  7e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  45.22 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  40.72 
 
 		 400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.52 
 
 		 378 aa  105  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  30.48 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  29.14 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  28.89 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  31.88 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  29.38 
 
 		 397 aa  76.3  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.41 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.22 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  27.44 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  27.34 
 
 		 364 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  27.42 
 
 		 371 aa  72  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.11 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  28.5 
 
 		 419 aa  69.7  0.00000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.76 
 
 		 477 aa  69.3  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.15 
 
 		 442 aa  69.3  0.00000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  26.04 
 
 		 400 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  29.33 
 
 		 422 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 374 aa  66.2  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  32.7 
 
 		 406 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  29.47 
 
 		 424 aa  65.9  0.0000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  31.75 
 
 		 391 aa  65.9  0.0000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.52 
 
 		 374 aa  64.3  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25.97 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  27.57 
 
 		 427 aa  63.5  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  27.54 
 
 		 411 aa  63.2  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 409 aa  62.4  0.000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 409 aa  62.4  0.000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 413 aa  62.4  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  27.2 
 
 		 434 aa  62.4  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  29.64 
 
 		 381 aa  62.4  0.000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.87 
 
 		 385 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.75 
 
 		 388 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.63 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 439 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.19 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.98 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  26.03 
 
 		 403 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  26.03 
 
 		 403 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  25.17 
 
 		 422 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 429 aa  57.8  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  29.41 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.22 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  23.5 
 
 		 393 aa  57.4  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  27.35 
 
 		 431 aa  55.8  0.0000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  24.12 
 
 		 418 aa  55.8  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  24.12 
 
 		 418 aa  55.8  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.31 
 
 		 427 aa  55.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  29.63 
 
 		 364 aa  54.7  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  24.22 
 
 		 416 aa  55.1  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3055  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.363566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.45 
 
 		 382 aa  54.7  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 415 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.47 
 
 		 620 aa  53.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  24.69 
 
 		 364 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  20.6 
 
 		 414 aa  52  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.58 
 
 		 444 aa  52  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  26.67 
 
 		 435 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  23.12 
 
 		 175 aa  52.4  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.77 
 
 		 428 aa  50.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  31.03 
 
 		 454 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  22.22 
 
 		 547 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  21.89 
 
 		 392 aa  50.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0870  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 195 aa  49.3  0.00007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  22.5 
 
 		 392 aa  49.3  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  23.95 
 
 		 417 aa  48.5  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 		 427 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  25.51 
 
 		 387 aa  47.4  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 		 405 aa  46.6  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.93 
 
 		 413 aa  46.6  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.89 
 
 		 386 aa  46.2  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.18 
 
 		 456 aa  46.2  0.0007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.62 
 
 		 419 aa  45.8  0.0009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.04 
 
 		 493 aa  45.4  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.97 
 
 		 398 aa  45.8  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  32.71 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.71 
 
 		 473 aa  44.7  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  22.35 
 
 		 415 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1106  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 		 161 aa  43.9  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.15 
 
 		 417 aa  43.9  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 		 363 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  23.08 
 
 		 446 aa  43.9  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  27.18 
 
 		 383 aa  43.5  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  28.44 
 
 		 458 aa  43.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.95 
 
 		 409 aa  43.1  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  27.18 
 
 		 423 aa  43.1  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>