78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1879 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1879  beta-xylosidase  100 
 
 
590 aa  1206    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  27.88 
 
 
519 aa  219  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  27.61 
 
 
516 aa  213  5.999999999999999e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3048  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.17 
 
 
515 aa  213  7e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20520  beta-xylosidase  35.25 
 
 
542 aa  204  5e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129044  normal  0.254652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  36.34 
 
 
512 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3011  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.85 
 
 
538 aa  197  3e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  31.27 
 
 
563 aa  189  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  35.34 
 
 
497 aa  163  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  26.35 
 
 
566 aa  163  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  32.87 
 
 
517 aa  154  4e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0842  Alpha-L-arabinofuranosidase  31.48 
 
 
546 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122484  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  29.05 
 
 
484 aa  152  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  28.48 
 
 
488 aa  150  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  29.69 
 
 
581 aa  149  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  24.2 
 
 
558 aa  149  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03855  xylosidase; arabinosidase  26.79 
 
 
556 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  24.66 
 
 
577 aa  143  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0431  glycoside hydrolase family protein  33.14 
 
 
451 aa  143  9e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2532  glycoside hydrolase family 43  31.05 
 
 
586 aa  137  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2028  glycoside hydrolase family protein  29.71 
 
 
498 aa  137  7.000000000000001e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  26.9 
 
 
492 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  29.97 
 
 
497 aa  132  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2699  glycoside hydrolase family 43  28.16 
 
 
496 aa  125  2e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.276179  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  26.17 
 
 
526 aa  121  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  27.93 
 
 
536 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3880  glycoside hydrolase family protein  25.25 
 
 
571 aa  115  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  28.31 
 
 
532 aa  114  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000021727  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  29.83 
 
 
550 aa  114  5e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2996  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.27 
 
 
559 aa  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08477  xylosidase : arabinofuranosidase (AFU_orthologue; AFUA_2G13190)  27.66 
 
 
546 aa  109  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0936  Alpha-N-arabinofuranosidase  27.71 
 
 
546 aa  110  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.789253 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  27.02 
 
 
523 aa  109  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1878  beta-xylosidase  27.98 
 
 
539 aa  108  3e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0457  Alpha-N-arabinofuranosidase  26.89 
 
 
539 aa  108  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0354643 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3398  glycoside hydrolase family protein  27.64 
 
 
514 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740676  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  26.93 
 
 
540 aa  106  1e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  25.62 
 
 
512 aa  104  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  31.98 
 
 
541 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1710  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.23 
 
 
541 aa  100  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.783601  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3545  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.1 
 
 
547 aa  99  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0270111  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2090  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.8 
 
 
537 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00759162  normal  0.572245 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2329  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.4 
 
 
537 aa  97.8  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80101  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  24.8 
 
 
636 aa  95.5  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2504  Xylan 1,4-beta-xylosidase  26.88 
 
 
558 aa  94  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1291  Beta-xylosidase  23.46 
 
 
553 aa  88.2  4e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  23.66 
 
 
540 aa  77  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  27.84 
 
 
525 aa  75.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  23.41 
 
 
535 aa  74.7  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  25.36 
 
 
537 aa  73.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0848  Beta-xylosidase  23.03 
 
 
552 aa  72.8  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.168219  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  26.22 
 
 
547 aa  72.4  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.54 
 
 
562 aa  70.5  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  28.57 
 
 
560 aa  70.5  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  27.27 
 
 
551 aa  69.3  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  29.11 
 
 
536 aa  68.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  28.88 
 
 
572 aa  67.4  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  25.45 
 
 
511 aa  66.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  28.28 
 
 
534 aa  66.2  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  23.39 
 
 
537 aa  63.2  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  27.47 
 
 
527 aa  63.5  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0935  glycoside hydrolase family 43  27.27 
 
 
522 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0700  glycoside hydrolase family 43  26.52 
 
 
522 aa  61.6  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3351  glycoside hydrolase family 43  30.97 
 
 
522 aa  61.2  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  26.32 
 
 
532 aa  61.2  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  22.78 
 
 
545 aa  60.1  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3237  glycoside hydrolase family protein  25.78 
 
 
1195 aa  56.2  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.414155 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06751  glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G06110)  34.38 
 
 
591 aa  54.7  0.000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.326162 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  24.19 
 
 
345 aa  52  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2108  glycoside hydrolase family 43  25.76 
 
 
650 aa  51.6  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000141623  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01043  conserved hypothetical protein  28.08 
 
 
343 aa  51.6  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2413  glycoside hydrolase family protein  26.67 
 
 
521 aa  50.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.333908  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1251  glycoside hydrolase family protein  26.87 
 
 
665 aa  50.8  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  26.32 
 
 
522 aa  47.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0810  carbohydrate-binding family 6 protein  21.67 
 
 
450 aa  46.6  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.034958  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  27.5 
 
 
746 aa  45.4  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  22.04 
 
 
1338 aa  45.4  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3618  glycoside hydrolase family protein  20.54 
 
 
508 aa  43.9  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000797588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>