More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5454 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 289 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  68.23 
 
 		 286 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  58.87 
 
 		 291 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  58.01 
 
 		 284 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  57.66 
 
 		 304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  54.96 
 
 		 284 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 315 aa  279  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  55.48 
 
 		 282 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  55.91 
 
 		 282 aa  278  9e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  59.47 
 
 		 284 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  59.47 
 
 		 284 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  59.47 
 
 		 284 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  55.91 
 
 		 282 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  58.87 
 
 		 284 aa  275  7e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  59.26 
 
 		 289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  55.36 
 
 		 284 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  57.63 
 
 		 296 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  54.26 
 
 		 282 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  59.62 
 
 		 284 aa  269  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 		 299 aa  268  8e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  54.84 
 
 		 289 aa  266  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 284 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 284 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  55.31 
 
 		 284 aa  265  5e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 284 aa  265  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 284 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 284 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  59.09 
 
 		 284 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  58.71 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  56.54 
 
 		 284 aa  259  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  58.24 
 
 		 284 aa  258  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.6 
 
 		 292 aa  257  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  54.21 
 
 		 284 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 278 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  51.43 
 
 		 293 aa  242  6e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  47.74 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  50.88 
 
 		 293 aa  238  8e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  51.39 
 
 		 289 aa  236  5.0000000000000005e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  46.35 
 
 		 276 aa  223  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  41.43 
 
 		 285 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  44.44 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  38.15 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.43 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 278 aa  139  7e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 269 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 		 279 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 277 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.39 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  36.6 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 		 276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.02 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.6 
 
 		 271 aa  125  9e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 		 276 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  28.84 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 244 aa  124  3e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.71 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.26 
 
 		 289 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.73 
 
 		 271 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  28.1 
 
 		 271 aa  119  9e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  28.16 
 
 		 298 aa  116  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2153  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.82 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.778065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 279 aa  115  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.42 
 
 		 289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  29.89 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  29.52 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  29.52 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>