More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3891 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 
231 aa  469  1e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  57.58 
 
 
238 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
238 aa  266  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
238 aa  266  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  39.19 
 
 
228 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  39.19 
 
 
228 aa  156  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  40.38 
 
 
228 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
228 aa  152  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
226 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 
228 aa  151  8e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
227 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  8.93003e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
228 aa  147  2e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  8.99292e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
228 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.51748e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  35.68 
 
 
228 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  7.49692e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.68 
 
 
228 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
228 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
228 aa  145  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.22448e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
228 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
228 aa  145  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.56729e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  35.24 
 
 
228 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  8.55657e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
248 aa  142  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
228 aa  141  1e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
239 aa  139  5e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 
277 aa  138  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
230 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  36.24 
 
 
234 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  34.42 
 
 
241 aa  136  3e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
224 aa  133  2e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  35.38 
 
 
229 aa  132  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
228 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  36.19 
 
 
257 aa  131  7e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  35.24 
 
 
228 aa  131  8e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
228 aa  131  8e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
228 aa  130  1e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
240 aa  130  2e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 
228 aa  130  2e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
237 aa  127  2e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  39.81 
 
 
234 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
228 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 
240 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 
242 aa  125  8e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  35.65 
 
 
234 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  36.49 
 
 
234 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
229 aa  122  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
227 aa  121  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
264 aa  121  8e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
257 aa  118  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  34.4 
 
 
239 aa  117  1e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
241 aa  117  2e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
225 aa  115  4e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
234 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
255 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
261 aa  114  1e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 
237 aa  112  4e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
241 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  9.72767e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
284 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 
232 aa  111  7e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
229 aa  107  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
228 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
255 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
241 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
241 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
255 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
241 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
241 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
241 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
239 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 
243 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 
227 aa  103  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 
245 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 
230 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 
234 aa  102  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
265 aa  102  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 
265 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  25.88 
 
 
231 aa  102  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
232 aa  101  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
239 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
231 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
253 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
222 aa  99.4  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 
238 aa  99  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
234 aa  97.4  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
238 aa  97.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
225 aa  95.9  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
233 aa  95.1  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  25.85 
 
 
235 aa  94  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
229 aa  94  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
235 aa  93.6  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  22.37 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
227 aa  92  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 
236 aa  92.4  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  3.5042e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
244 aa  92  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 
227 aa  91.7  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 
239 aa  91.7  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
211 aa  91.3  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
222 aa  91.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 
223 aa  90.5  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
240 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
212 aa  89.4  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>