More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6683 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 426 aa  858    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  67.77 
 
 		 430 aa  564  1.0000000000000001e-159  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  67.78 
 
 		 424 aa  560  1e-158  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  63.12 
 
 		 434 aa  548  1e-155  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  64.59 
 
 		 423 aa  532  1e-150  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  64.83 
 
 		 423 aa  534  1e-150  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  64.66 
 
 		 440 aa  532  1e-150  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  61.81 
 
 		 423 aa  531  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  61.4 
 
 		 457 aa  515  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  59.53 
 
 		 434 aa  510  1e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  60 
 
 		 435 aa  508  1e-143  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  59.86 
 
 		 424 aa  496  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  59.13 
 
 		 418 aa  491  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  58.93 
 
 		 425 aa  493  9.999999999999999e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  59.47 
 
 		 445 aa  488  1e-137  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  56.03 
 
 		 430 aa  461  1e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  54.69 
 
 		 431 aa  459  9.999999999999999e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  55.12 
 
 		 431 aa  444  1e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  53.32 
 
 		 443 aa  430  1e-119  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  50.47 
 
 		 431 aa  418  9.999999999999999e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  51.32 
 
 		 419 aa  409  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  52.83 
 
 		 443 aa  396  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  50.95 
 
 		 444 aa  383  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  45.73 
 
 		 466 aa  334  2e-90  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  36.5 
 
 		 436 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  34.84 
 
 		 416 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  33.5 
 
 		 418 aa  186  5e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  35.04 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  33.87 
 
 		 393 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  35.04 
 
 		 406 aa  180  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  32.82 
 
 		 400 aa  180  4e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  35.06 
 
 		 435 aa  179  8e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  33.68 
 
 		 408 aa  177  3e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  33.07 
 
 		 393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 		 415 aa  168  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  33.17 
 
 		 417 aa  167  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  32.76 
 
 		 393 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  32.76 
 
 		 393 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  32.48 
 
 		 393 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  31.62 
 
 		 384 aa  157  4e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  32.56 
 
 		 411 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  33.76 
 
 		 413 aa  149  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  33.64 
 
 		 398 aa  147  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  29.68 
 
 		 376 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  35.14 
 
 		 420 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  34.46 
 
 		 425 aa  131  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.38 
 
 		 398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  35.76 
 
 		 420 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  31.02 
 
 		 415 aa  123  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.59 
 
 		 375 aa  122  9e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  31.23 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  32.89 
 
 		 409 aa  116  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  28.96 
 
 		 403 aa  113  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  32.02 
 
 		 379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.05 
 
 		 378 aa  110  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  30.69 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  30.95 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  31.23 
 
 		 452 aa  105  1e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  28.18 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  24.94 
 
 		 389 aa  100  6e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.63 
 
 		 398 aa  99.4  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3556  FAD dependent oxidoreductase  30.99 
 
 		 432 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  29.23 
 
 		 376 aa  97.8  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  26.45 
 
 		 387 aa  95.9  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  31.21 
 
 		 407 aa  95.9  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  29.85 
 
 		 414 aa  95.9  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  29.11 
 
 		 453 aa  95.5  2e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  33.44 
 
 		 429 aa  94.4  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  26.89 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  28.25 
 
 		 385 aa  93.6  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  30.72 
 
 		 403 aa  92.8  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 		 390 aa  91.7  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 		 383 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.99 
 
 		 395 aa  91.3  3e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  26.13 
 
 		 455 aa  91.3  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  31.06 
 
 		 400 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1366  hypothetical protein  28.38 
 
 		 418 aa  89.7  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.496364 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  27.59 
 
 		 399 aa  89.7  9e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1434  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  26.68 
 
 		 436 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000988984  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  30.54 
 
 		 384 aa  89  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  26.43 
 
 		 375 aa  88.2  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26.33 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2315  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  26.79 
 
 		 436 aa  87.4  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0377746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1298  geranylgeranyl reductase  29.04 
 
 		 369 aa  86.7  7e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  25.92 
 
 		 444 aa  86.7  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0668  geranylgeranyl reductase  30.71 
 
 		 458 aa  85.5  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.159483  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 		 390 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3806  FAD dependent oxidoreductase  24.12 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1370  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  26.08 
 
 		 434 aa  85.5  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0489  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  27.36 
 
 		 433 aa  84.7  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.905872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  31.62 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  29.92 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  40.72 
 
 		 506 aa  83.6  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1260  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 		 438 aa  82.8  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.16 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2944  monooxygenase, FAD-binding protein  29.57 
 
 		 436 aa  82.4  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>