65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1858 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1858  Alpha-N-arabinofuranosidase  100 
 
 
505 aa  1022  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2138  glycoside hydrolase family protein  62.21 
 
 
580 aa  412  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0501  Alpha-N-arabinofuranosidase  56.04 
 
 
426 aa  362  6e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1165  normal  0.486336 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1366  Alpha-N-arabinofuranosidase  52.45 
 
 
648 aa  358  1e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0168  alpha-N-arabinofuranosidase 2  53.9 
 
 
316 aa  349  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0162  alpha-N-arabinofuranosidase 2  53.57 
 
 
316 aa  348  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0161  alpha-N-arabinofuranosidase 2  53.25 
 
 
316 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0160  alpha-N-arabinofuranosidase 2  53.57 
 
 
316 aa  348  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0165  alpha-N-arabinofuranosidase 2  53.25 
 
 
316 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.124224  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0656  Alpha-N-arabinofuranosidase  52.12 
 
 
316 aa  347  4e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1392  Alpha-N-arabinofuranosidase  54.4 
 
 
315 aa  345  1e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.973164  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4015  Alpha-N-arabinofuranosidase  51.31 
 
 
316 aa  340  4e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.374265 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2053  Alpha-N-arabinofuranosidase  53.42 
 
 
315 aa  340  4e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0787  Alpha-L-arabinofuranosidase  53.57 
 
 
362 aa  336  5e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  2.45228e-11  normal  0.585497 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1547  putative beta-xylosidase  53.57 
 
 
344 aa  335  1e-90  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  6.31807e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2154  Alpha-N-arabinofuranosidase  51.63 
 
 
315 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0709531  normal  0.0185421 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1990  Alpha-N-arabinofuranosidase  49.84 
 
 
378 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291978 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1984  Alpha-N-arabinofuranosidase  49.84 
 
 
378 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  hitchhiker  0.00032055 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0777  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.37 
 
 
314 aa  318  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2151  Alpha-N-arabinofuranosidase  45.56 
 
 
392 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.923723  normal  0.103273 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03050  predicted beta-xylosidase  51.1 
 
 
340 aa  315  1e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2078  glycoside hydrolase family protein  48.17 
 
 
333 aa  311  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.71617e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2077  glycoside hydrolase family protein  47.96 
 
 
377 aa  311  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.83532e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1991  Alpha-N-arabinofuranosidase  47.87 
 
 
333 aa  310  4e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.535361  hitchhiker  0.0025818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1983  Alpha-N-arabinofuranosidase  47.87 
 
 
333 aa  310  4e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131157  hitchhiker  0.000323815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2055  Alpha-N-arabinofuranosidase  46.48 
 
 
369 aa  306  5e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28680  predicted beta-xylosidase  49.84 
 
 
341 aa  302  8e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0353  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.66 
 
 
340 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.478586  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3393  Alpha-N-arabinofuranosidase  39.14 
 
 
350 aa  202  9e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.179766 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2025  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.99 
 
 
376 aa  187  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.620669  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3081  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.78 
 
 
347 aa  169  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.174999 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2529  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.43 
 
 
355 aa  161  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997912 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02533  glycosyl hydrolase, family 43, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G01660)  33.97 
 
 
329 aa  159  8e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  34.01 
 
 
2073 aa  159  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0791  Alpha-L-arabinofuranosidase  29.12 
 
 
607 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.570389  normal  0.122086 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3944  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.86 
 
 
466 aa  157  5e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3395  glycoside hydrolase family 43  35.83 
 
 
355 aa  157  5e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3926  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.33 
 
 
353 aa  152  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6159  Alpha-N-arabinofuranosidase  33.43 
 
 
507 aa  150  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.444689  normal  0.0822461 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2157  glycoside hydrolase family 43  29.46 
 
 
627 aa  142  1e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.34172e-05  hitchhiker  0.0029689 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2050  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.07 
 
 
628 aa  137  6e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1082  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.11 
 
 
517 aa  136  1e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.286531 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2237  glycoside hydrolase family 43  34.29 
 
 
349 aa  135  2e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.572744  normal  0.998954 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1979  glycoside hydrolase family protein  29.1 
 
 
634 aa  130  4e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00334232  hitchhiker  0.000434537 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2083  glycoside hydrolase family protein  29.1 
 
 
634 aa  130  4e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000179948  decreased coverage  3.21687e-08 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1996  glycoside hydrolase family protein  29.89 
 
 
634 aa  130  7e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  7.18487e-06  hitchhiker  3.98389e-05 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6193  glycoside hydrolase family 43  30.29 
 
 
502 aa  125  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1544  putative beta-xylosidase  27.05 
 
 
710 aa  81.3  4e-14  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.099307  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2139  alpha-L-arabinofuranosidase B  37.23 
 
 
982 aa  77.8  4e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  31.34 
 
 
707 aa  73.9  6e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  27.39 
 
 
315 aa  65.9  2e-09  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1971  alpha-L-arabinofuranosidase B  34.33 
 
 
478 aa  65.1  3e-09  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  5.5654e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4199  glycoside hydrolase family 43  27.35 
 
 
1278 aa  61.6  3e-08  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.45421  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0062  alpha-L-arabinofuranosidase B  32.12 
 
 
854 aa  58.2  4e-07  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.649597  normal  0.531326 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1273  alpha-L-arabinofuranosidase B  28.57 
 
 
481 aa  57.8  4e-07  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  27.49 
 
 
495 aa  57.8  5e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  25.5 
 
 
304 aa  55.8  2e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  26.36 
 
 
310 aa  54.7  4e-06  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1302  putative beta-xylosidase  23.61 
 
 
713 aa  54.3  5e-06  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3109  glycoside hydrolase family protein  24.21 
 
 
348 aa  52.8  1e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.158232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  24.77 
 
 
393 aa  50.8  6e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  24.8 
 
 
510 aa  47  0.0007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  24.93 
 
 
699 aa  47  0.0009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  26.14 
 
 
340 aa  45.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  23.03 
 
 
384 aa  45.4  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24102 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>