68 genes were found for organism Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dshi_4067  CDS  NC_009958  42  731  -  690  hypothetical protein  YP_001542275  normal  1  normal  0.297219  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4071  CDS  NC_009958  3168  6497  +  3330  parallel beta-helix repeat-containing protein  YP_001542276  normal  1  normal  0.041867  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4074  CDS  NC_009958  7492  7764  -  273  transposase IS3/IS911 family protein  YP_001542277  normal  0.96414  normal  0.0736148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4075  CDS  NC_009958  8880  9245  +  366  hypothetical protein  YP_001542278  normal  1  normal  0.0754243  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4076  CDS  NC_009958  9370  10845  +  1476  capsule polysaccharide export protein  YP_001542279  normal  1  normal  0.054878  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4077  CDS  NC_009958  10862  11521  +  660  ABC transporter related  YP_001542280  normal  1  normal  0.0433978  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4078  CDS  NC_009958  11557  11931  +  375  hypothetical protein  YP_001542281  normal  1  normal  0.0379122  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4079  CDS  NC_009958  12125  13507  +  1383  transposase IS4 family protein  YP_001542282  normal  1  normal  0.0888192  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4080  CDS  NC_009958  13911  15719  -  1809  thiamine biosynthesis protein ThiC  YP_001542283  normal  0.902816  normal  0.090011  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4081  CDS  NC_009958  16240  16839  -  600  resolvase domain-containing protein  YP_001542284  normal  1  normal  0.0381075  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4082  CDS  NC_009958  16978  18471  +  1494  integrase catalytic region  YP_001542285  normal  1  normal  0.0484563  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4083  CDS  NC_009958  18468  19292  +  825  ATP-binding protein  YP_001542286  normal  0.309906  normal  0.0721991  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4084  CDS  NC_009958  19415  19981  +  567  resolvase domain-containing protein  YP_001542287  normal  0.236689  normal  0.0346573  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4085  CDS  NC_009958  19968  20222  +  255  WGR domain-containing protein  YP_001542288  normal  0.144172  normal  0.0339375  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4086  CDS  NC_009958  20366  20572  +  207  hypothetical protein  YP_001542289  normal  0.0543696  normal  0.0168788  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4087  CDS  NC_009958  20559  20852  +  294  plasmid stabilization system protein  YP_001542290  normal  0.0590429  normal  0.0167835  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4088  CDS  NC_009958  20858  21250  +  393  hypothetical protein  YP_001542291  normal  0.161026  normal  0.0622894  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4089  CDS  NC_009958  21412  22221  -  810  integrase catalytic region  YP_001542292  normal  0.805064  normal  0.114736  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4090  CDS  NC_009958  22245  22511  -  267  transposase IS3/IS911 family protein  YP_001542293  normal  0.702583  normal  0.16367  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4091  CDS  NC_009958  22571  23200  -  630  hypothetical protein  YP_001542294  normal  0.38004  normal  0.176243  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4092  CDS  NC_009958  24188  25219  -  1032  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  YP_001542295  normal  1  normal  0.293783  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4093  CDS  NC_009958  25327  25716  -  390  transposase IS4 family protein  YP_001542296  normal  0.550334  normal  0.402512  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4094  CDS  NC_009958  25737  26090  -  354  IS5 family transposase OrfA  YP_001542297  normal  0.378853  normal  0.605092  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4095  CDS  NC_009958  26734  27168  +  435  putative insertion element (IS) transposase  YP_001542298  normal  0.619216  normal  0.812297  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4102  CDS  NC_009958  30488  31699  -  1212  replication initiation protein RepC  YP_001542300  normal  0.95636  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4103  CDS  NC_009958  31914  32738  -  825  parB-like partition protein  YP_001542301  normal  0.189519  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4104  CDS  NC_009958  32827  34020  -  1194  cobyrinic acid ac-diamide synthase  YP_001542302  normal  0.324179  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4105  CDS  NC_009958  34155  35036  -  882  resolvase domain-containing protein  YP_001542303  normal  0.571135  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4106  CDS  NC_009958  35263  36330  +  1068  hypothetical protein  YP_001542304  normal  0.633031  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4107  CDS  NC_009958  36463  37227  +  765  hypothetical protein  YP_001542305  normal  0.408855  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4108  CDS  NC_009958  37700  37960  +  261  hypothetical protein  YP_001542306  normal  0.277207  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4109  CDS  NC_009958  39318  39818  +  501  hypothetical protein  YP_001542307  normal  0.0641165  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4110  CDS  NC_009958  39815  41992  +  2178  hypothetical protein  YP_001542308  normal  0.0308916  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4111  CDS  NC_009958  41989  44979  +  2991  integrase family protein  YP_001542309  normal  0.161486  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4112  CDS  NC_009958  45616  45843  +  228  prevent-host-death family protein  YP_001542310  normal  0.0108823  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4113  CDS  NC_009958  45840  46232  +  393  death-on-curing family protein  YP_001542311  normal  0.0149203  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4114  CDS  NC_009958  46419  46973  +  555  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  YP_001542312  hitchhiker  0.00581959  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4115  CDS  NC_009958  46978  48018  +  1041  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  YP_001542313  normal  0.0560376  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4116  CDS  NC_009958  48022  48855  +  834  hypothetical protein  YP_001542314  normal  0.0656076  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4117  CDS  NC_009958  48852  49709  +  858  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_001542315  hitchhiker  0.00851806  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4118  CDS  NC_009958  49744  50616  +  873  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  YP_001542316  decreased coverage  0.00952178  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4119  CDS  NC_009958  50748  51629  +  882  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001542317  normal  0.0363695  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4120  CDS  NC_009958  51626  52234  +  609  sugar transferase  YP_001542318  normal  0.0243929  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4121  CDS  NC_009958  52382  54934  +  2553  glycosyl transferase family protein  YP_001542319  normal  0.276059  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4122  CDS  NC_009958  54931  55707  +  777  hypothetical protein  YP_001542320  normal  0.413995  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4125  CDS  NC_009958  57015  59051  +  2037  hypothetical protein  YP_001542321  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4128  CDS  NC_009958  60093  60374  +  282  hypothetical protein  YP_001542322  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4129  CDS  NC_009958  60514  61947  -  1434  polysaccharide biosynthesis protein  YP_001542323  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4130  CDS  NC_009958  62343  64739  +  2397  parallel beta-helix repeat-containing protein  YP_001542324  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4133  CDS  NC_009958  65809  66255  +  447  oligosaccharide biosynthesis protein Alg14-like protein  YP_001542325  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4134  CDS  NC_009958  66252  66728  +  477  glycosyltransferase family 28 protein  YP_001542326  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4135  CDS  NC_009958  66718  68040  +  1323  hypothetical protein  YP_001542327  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4136  CDS  NC_009958  68033  69217  +  1185  polysaccharide pyruvyl transferase  YP_001542328  normal  1  normal  0.920771  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4137  CDS  NC_009958  69126  70604  -  1479  hypothetical protein  YP_001542329  normal  1  normal  0.970696  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4138  CDS  NC_009958  70715  71707  -  993  hypothetical protein  YP_001542330  normal  1  normal  0.912367  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4139  CDS  NC_009958  71700  72764  -  1065  GDP-mannose 4,6-dehydratase  YP_001542331  normal  1  normal  0.927486  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4140  CDS  NC_009958  72811  73542  -  732  sulfotransferase  YP_001542332  normal  1  normal  0.888871  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4141  CDS  NC_009958  73755  74459  -  705  hypothetical protein  YP_001542333  normal  1  normal  0.607164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4142  CDS  NC_009958  74668  75609  +  942  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001542334  normal  1  normal  0.627986  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4143  CDS  NC_009958  75619  76494  +  876  glycosyl transferase family protein  YP_001542335  normal  1  normal  0.89997  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4144  CDS  NC_009958  76612  77184  -  573  hexapaptide repeat-containing transferase  YP_001542336  normal  1  normal  0.595772  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4145  CDS  NC_009958  77191  78195  -  1005  glycosyl transferase family protein  YP_001542337  normal  1  normal  0.417391  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4146  CDS  NC_009958  78217  79641  -  1425  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  YP_001542338  normal  1  normal  0.469733  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4147  CDS  NC_009958  79830  80822  -  993  glycosyl transferase family protein  YP_001542339  normal  1  normal  0.43533  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4148  CDS  NC_009958  80815  81660  -  846  ABC-2 type transporter  YP_001542340  normal  1  normal  0.424002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4149  CDS  NC_009958  81926  82657  +  732  hexapaptide repeat-containing transferase  YP_001542341  normal  1  normal  0.277696  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4150  CDS  NC_009958  82654  83457  +  804  hypothetical protein  YP_001542342  normal  1  normal  0.287277  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_4152  CDS  NC_009958  84463  85098  -  636  autoinducer synthesis protein  YP_001542344  normal  1  normal  0.290737  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>