More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4089 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0404  integrase catalytic region  100 
 
 
269 aa  550  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.980653 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4089  integrase catalytic region  100 
 
 
269 aa  550  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805064  normal  0.114736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3357  integrase catalytic region  99.63 
 
 
269 aa  548  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  99.26 
 
 
269 aa  545  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2509  integrase  100 
 
 
231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0263754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  77.7 
 
 
284 aa  421  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4852  integrase catalytic region  78.85 
 
 
260 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0318827 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4529  integrase catalytic region  65.89 
 
 
309 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4336  integrase catalytic region  65.89 
 
 
309 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.139423  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4683  integrase catalytic region  65.89 
 
 
309 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  63.57 
 
 
312 aa  355  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4597  Integrase catalytic region  64.62 
 
 
307 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1567  Integrase catalytic region  63.46 
 
 
309 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1719  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.662695  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1258  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.542288  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2654  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0683836  normal  0.423018 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0649  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.343729 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0936  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.582923  normal  0.33404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1761  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1688  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0898  transposase IS3 protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.567921 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2430  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.755967  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1768  transposase IS3 family protein  65.06 
 
 
372 aa  337  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.383553  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1064  integrase catalytic region  63.75 
 
 
290 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0221  integrase catalytic region  63.75 
 
 
290 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0898 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3393  integrase catalytic subunit  66.67 
 
 
274 aa  336  1.9999999999999998e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1608  integrase catalytic region  63.35 
 
 
290 aa  330  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0124752  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3472  integrase catalytic region  63.35 
 
 
290 aa  330  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0238059  normal  0.994317 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2104  putative integrase  60.85 
 
 
273 aa  318  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.209867  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0464  integrase catalytic region  60.85 
 
 
273 aa  318  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2508  integrase  60.85 
 
 
273 aa  318  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0298999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0876  integrase catalytic region  60.85 
 
 
273 aa  318  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1913  putative insertion element  60.85 
 
 
273 aa  318  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000339403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  62.95 
 
 
290 aa  308  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2968  integrase catalytic subunit  58.47 
 
 
264 aa  299  4e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.166186 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  56.15 
 
 
393 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2860  integrase catalytic region  57.31 
 
 
309 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6506  integrase catalytic region  57.31 
 
 
309 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6240  integrase catalytic region  57.75 
 
 
375 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4891  Integrase catalytic region  56.98 
 
 
309 aa  290  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0382576  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4607  integrase catalytic region  56.59 
 
 
309 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5714  integrase catalytic region  57.36 
 
 
309 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  55.77 
 
 
309 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  55.77 
 
 
309 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  55.77 
 
 
309 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2624  integrase protein  61.95 
 
 
237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.947279  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3223  integrase protein  61.95 
 
 
237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0342368  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3526  integrase protein  61.95 
 
 
237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0130406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3728  integrase protein  61.95 
 
 
237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5317  integrase catalytic region  56.15 
 
 
306 aa  281  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0707814  normal  0.862383 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0806  hypothetical protein  65.55 
 
 
267 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0607  integrase catalytic region  66.85 
 
 
233 aa  258  7e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55060  hypothetical protein  46.85 
 
 
280 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000896639  unclonable  2.5426499999999997e-21 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1549  Integrase catalytic region  45.95 
 
 
269 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1166  integrase catalytic region  61.78 
 
 
223 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0166  ISDet2, transposase orfB  47.08 
 
 
274 aa  242  6e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.101481  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0376  integrase catalytic region  47.83 
 
 
274 aa  242  6e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000146675  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03170  hypothetical protein  46.03 
 
 
279 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000150794  hitchhiker  0.00000000404269 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4719  integrase catalytic region  46.39 
 
 
277 aa  232  6e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.557613  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0381  integrase catalytic subunit  69.23 
 
 
189 aa  231  7.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183978  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0043  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0195  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.434557  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0291  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0238689  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0377  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246103  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1243  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1734  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.899598  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1746  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.149601  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0018  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0058  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.859906  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0152  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177961  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0450  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0545  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0617  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.922195  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1427  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.209584  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1486  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1647  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.265136  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1692  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.133485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1717  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.451919  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1740  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1751  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.872254  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1783  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1900  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1971  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.305138  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2268  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2353  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2432  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.670196  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2513  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.026452  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2585  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2637  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2640  A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2665  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0425442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0471  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0565  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0644  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.491667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0736  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0979  IS1404 transposase  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1075  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.536905  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1250  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119711  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1472  IS1404 transposase  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1523  IS407A, transposase OrfB  46.39 
 
 
277 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>