57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4119 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009958  Dshi_4119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
293 aa  550  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0363695  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.33 
 
 
277 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1190  hypothetical protein  41.87 
 
 
277 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.52 
 
 
277 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0747  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.73 
 
 
290 aa  52.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1848  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
305 aa  50.8  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
321 aa  50.1  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.41 
 
 
301 aa  50.1  0.00005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
287 aa  49.7  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 
308 aa  49.3  0.00009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 
311 aa  48.9  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000122092 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
286 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353591  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0727  carbohydrate oxidoreductase, putative  27.39 
 
 
302 aa  47.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0464  UDP-glucose 4-epimerase  24.6 
 
 
327 aa  48.1  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0781477  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
315 aa  47.4  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
308 aa  46.6  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3275  UDP-galactose 4-epimerase  33.64 
 
 
333 aa  46.2  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2597  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.8 
 
 
282 aa  46.2  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.45 
 
 
325 aa  45.8  0.0008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4513  UDP-glucose 4-epimerase  32.62 
 
 
337 aa  45.8  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2405  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.04 
 
 
284 aa  45.8  0.0009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21 
 
 
272 aa  45.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1711  UDP-glucose 4-epimerase  26.63 
 
 
329 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0857741  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1677  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 
315 aa  45.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
324 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32 
 
 
298 aa  44.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  28.78 
 
 
313 aa  45.1  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  31.03 
 
 
329 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  35.14 
 
 
336 aa  44.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0040  UDP-glucose 4-epimerase  32.73 
 
 
330 aa  44.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
270 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2340  UDP-glucose 4-epimerase  30 
 
 
328 aa  44.3  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.169139  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1047  UDP-galactose 4-epimerase  27.12 
 
 
336 aa  44.3  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240501 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1609  UDP-glucose 4-epimerase  33.94 
 
 
337 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.25 
 
 
331 aa  44.3  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1175  UDP-glucose 4-epimerase  33.03 
 
 
330 aa  43.9  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5062  UDP-glucose 4-epimerase  36.36 
 
 
327 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.54 
 
 
341 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 
316 aa  43.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02740  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.97 
 
 
479 aa  43.5  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.1336  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2978  UDP-galactose 4-epimerase  33.02 
 
 
339 aa  43.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.96 
 
 
312 aa  43.5  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  33.03 
 
 
336 aa  43.1  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  43.75 
 
 
322 aa  43.1  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
326 aa  43.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  37.23 
 
 
333 aa  42.7  0.007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0489  UDP-glucose 4-epimerase  27.78 
 
 
332 aa  42.7  0.007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
308 aa  42.7  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.96 
 
 
314 aa  42.7  0.007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.661925  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3273  UDP-glucose 4-epimerase  32.73 
 
 
330 aa  42.7  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.779876  normal  0.995045 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8174  UDP-glucose 4-epimerase  31.85 
 
 
319 aa  42.7  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
310 aa  42.7  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1806  UDP-glucose 4-epimerase  32.73 
 
 
330 aa  42.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.217645 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
310 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
255 aa  42.4  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42345  predicted protein  27.1 
 
 
352 aa  42.4  0.01  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.252628  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.01 
 
 
283 aa  42.4  0.01  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>