More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5956 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
174 aa  351  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.67 
 
 
257 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.129419  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1409  short chain dehydrogenase  77.24 
 
 
257 aa  189  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0200638  normal  0.34398 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.17 
 
 
257 aa  189  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0521  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
257 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284748  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0631  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
257 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1462  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
257 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3055  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
257 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1565  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
257 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1431  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
257 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.911422  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1236  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
257 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0250043  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.67 
 
 
257 aa  181  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0487  short chain dehydrogenase  69.92 
 
 
257 aa  179  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.36 
 
 
257 aa  177  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115505 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2661  short chain dehydrogenase  68.03 
 
 
257 aa  171  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0771696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2236  short chain dehydrogenase  79.67 
 
 
257 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2817  short chain dehydrogenase  77.24 
 
 
257 aa  166  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.96434  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26310  short chain dehydrogenase  77.24 
 
 
257 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.29422  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0811  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 
271 aa  147  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.50488  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2509  short chain dehydrogenase  69.92 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5816  short chain dehydrogenase  69.11 
 
 
257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1873  short chain dehydrogenase  69.11 
 
 
257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2484  short chain dehydrogenase  69.11 
 
 
257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2404  short chain dehydrogenase  69.11 
 
 
257 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0875536  normal  0.494968 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2533  short chain dehydrogenase  69.11 
 
 
257 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
257 aa  122  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.7 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.251762  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02490  conserved hypothetical protein  53.03 
 
 
279 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495074  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06918  conserved hypothetical protein  52.94 
 
 
247 aa  117  9.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
257 aa  101  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
250 aa  100  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.956492  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0078  short chain dehydrogenase  44.54 
 
 
252 aa  97.8  7e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.94 
 
 
249 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58869  short-chain dehydrogenase, 2,4- dienoyl-CoA reductase  41.18 
 
 
256 aa  76.3  0.0000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.947206  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.58 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
286 aa  75.5  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.361512 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.58 
 
 
249 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
249 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 
250 aa  72  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372073  normal  0.103756 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.56 
 
 
246 aa  72  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 
246 aa  72  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0498  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.39 
 
 
252 aa  71.6  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.726139  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
242 aa  71.6  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.26 
 
 
246 aa  70.9  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  34.88 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_65964  short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  39.52 
 
 
257 aa  69.7  0.00000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.647739  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
253 aa  70.1  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.033772  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00146  oxidoreductase, putative (Eurofung)  30.65 
 
 
265 aa  69.3  0.00000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.465009  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.04 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
248 aa  68.6  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
264 aa  68.6  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  38.39 
 
 
276 aa  68.2  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
260 aa  67.4  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
247 aa  67.4  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
261 aa  67  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
254 aa  67  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  34.51 
 
 
261 aa  67  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1358  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.13 
 
 
255 aa  66.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.09 
 
 
245 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
249 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.53 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
248 aa  66.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
249 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  30.6 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.48 
 
 
245 aa  64.7  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
253 aa  65.1  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
242 aa  65.1  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000101099  normal  0.101895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.6 
 
 
253 aa  64.3  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 
272 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
254 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.93 
 
 
260 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 
251 aa  63.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.2 
 
 
246 aa  63.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
250 aa  63.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
247 aa  63.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.19 
 
 
267 aa  63.5  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
254 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
249 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.48 
 
 
246 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.8  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.8  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.8  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
248 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0696  dihydropteridine reductase  33.08 
 
 
239 aa  63.2  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.540392  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
262 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
246 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
253 aa  62.4  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.04 
 
 
247 aa  62.4  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.01 
 
 
246 aa  62.4  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>