More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1418 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1418  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 203 aa  393  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.560909  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  50.51 
 
 		 225 aa  184  7e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  52.75 
 
 		 195 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  53.23 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  53.04 
 
 		 182 aa  169  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 191 aa  142  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 191 aa  142  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  42.33 
 
 		 187 aa  124  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 186 aa  124  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0599  transcriptional regulator, XRE family  48.35 
 
 		 193 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04340  predicted transcriptional regulator  41.3 
 
 		 189 aa  101  7e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  92.8  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 178 aa  89  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 292 aa  85.9  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 199 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 199 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  29.78 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  31.28 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  32.04 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  27.53 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0361  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  26.97 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 186 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 186 aa  72  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 186 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  24.59 
 
 		 186 aa  72  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 227 aa  71.6  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 229 aa  71.2  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  31.03 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  28.27 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 180 aa  71.2  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  24.04 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  28.93 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.96 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  34.83 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  30.37 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  26.14 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  28.09 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  28 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  21.91 
 
 		 179 aa  67  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 185 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  29.65 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  26.37 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 181 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>