More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2208 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 136 aa  271  2.0000000000000002e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.94 
 
 		 138 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  48.18 
 
 		 149 aa  110  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  47.45 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  47.45 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  47.45 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  47.45 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  47.45 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  47.45 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  47.45 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 		 139 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 		 139 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.54 
 
 		 145 aa  106  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2677  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.88 
 
 		 145 aa  105  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  45.26 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  45.26 
 
 		 149 aa  103  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.26 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.26 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  41.27 
 
 		 142 aa  103  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.26 
 
 		 149 aa  103  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  44.53 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  46.92 
 
 		 148 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.31 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.51 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.92 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.31 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  46.15 
 
 		 148 aa  100  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0793  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.52 
 
 		 145 aa  100  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  44.53 
 
 		 144 aa  97.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0682  protein TolR  44.53 
 
 		 144 aa  97.1  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794848  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 		 141 aa  96.7  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4795  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.18 
 
 		 140 aa  95.5  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  normal  0.0719487 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  45.24 
 
 		 144 aa  94.7  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.48 
 
 		 139 aa  91.3  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.88 
 
 		 144 aa  90.5  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.92 
 
 		 141 aa  90.1  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 146 aa  90.1  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  41.79 
 
 		 144 aa  87.4  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  41.79 
 
 		 144 aa  87.4  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 		 144 aa  87.4  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  41.79 
 
 		 144 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 		 144 aa  86.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 		 144 aa  86.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 		 145 aa  84  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.72 
 
 		 135 aa  83.6  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  38.73 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  38.73 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  38.06 
 
 		 138 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.23 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  36.84 
 
 		 145 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 144 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  36.03 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  39.01 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.01 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.61 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  39.55 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.73 
 
 		 153 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  36.84 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.12 
 
 		 142 aa  77  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  34.85 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 		 140 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 		 144 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.56 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  35.66 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.88 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  35.61 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  33.58 
 
 		 139 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  36.3 
 
 		 139 aa  75.1  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  38.36 
 
 		 150 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  35.97 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  35.07 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.78 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  35.07 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.07 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  38.36 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  38.36 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  36.76 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  36.5 
 
 		 152 aa  72  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  36.76 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.23 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 		 140 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  35.43 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 155 aa  72  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.15 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  37.67 
 
 		 150 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  41.61 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  35.34 
 
 		 146 aa  69.3  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  36.3 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>