More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0679 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  100 
 
 		 149 aa  298  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 149 aa  298  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  99.33 
 
 		 149 aa  296  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  99.33 
 
 		 149 aa  296  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  99.33 
 
 		 149 aa  296  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  98.66 
 
 		 149 aa  296  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  98.66 
 
 		 149 aa  294  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  92.62 
 
 		 149 aa  283  7e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  91.95 
 
 		 149 aa  280  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  91.95 
 
 		 149 aa  280  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  91.95 
 
 		 149 aa  280  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  91.28 
 
 		 149 aa  277  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  91.28 
 
 		 149 aa  277  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  91.28 
 
 		 149 aa  277  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  91.28 
 
 		 149 aa  277  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  84.09 
 
 		 148 aa  223  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  81.06 
 
 		 148 aa  218  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  80.3 
 
 		 148 aa  216  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  63.57 
 
 		 144 aa  166  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  63.28 
 
 		 144 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0682  protein TolR  63.28 
 
 		 144 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794848  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0793  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.81 
 
 		 145 aa  152  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2677  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.36 
 
 		 145 aa  153  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.03 
 
 		 139 aa  149  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.34 
 
 		 139 aa  149  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.48 
 
 		 141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.76 
 
 		 141 aa  114  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.22 
 
 		 138 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 		 145 aa  110  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.26 
 
 		 144 aa  110  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.32 
 
 		 141 aa  110  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 		 139 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 		 139 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.76 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 136 aa  102  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  42.03 
 
 		 142 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  39.42 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.93 
 
 		 128 aa  101  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4795  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.75 
 
 		 140 aa  100  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  normal  0.0719487 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.07 
 
 		 156 aa  99.4  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 		 144 aa  99  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 		 144 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.61 
 
 		 144 aa  95.9  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  41.61 
 
 		 144 aa  95.9  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  41.61 
 
 		 144 aa  95.9  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  39.29 
 
 		 142 aa  95.5  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.54 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  40.88 
 
 		 144 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  40.44 
 
 		 139 aa  94.4  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.03 
 
 		 144 aa  93.2  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  43.07 
 
 		 144 aa  92  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.17 
 
 		 144 aa  92.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  39.42 
 
 		 136 aa  92.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  39.42 
 
 		 136 aa  92.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  40.88 
 
 		 145 aa  92  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 		 144 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 		 135 aa  90.9  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.39 
 
 		 154 aa  91.3  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  41.3 
 
 		 145 aa  90.9  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.01 
 
 		 142 aa  90.1  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  41.3 
 
 		 145 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.85 
 
 		 142 aa  89.7  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.92 
 
 		 148 aa  88.6  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  38.85 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  39.26 
 
 		 142 aa  86.3  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.54 
 
 		 149 aa  86.7  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  41.61 
 
 		 141 aa  85.9  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  40.69 
 
 		 154 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.69 
 
 		 154 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  45.67 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 152 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 		 140 aa  85.1  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  37.5 
 
 		 152 aa  84.7  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  40.28 
 
 		 150 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  34.81 
 
 		 150 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.81 
 
 		 150 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  34.81 
 
 		 150 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  42.45 
 
 		 146 aa  82.8  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  40.71 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.48 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  38.76 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 		 145 aa  82.4  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  41.1 
 
 		 146 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  41.1 
 
 		 146 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  38.89 
 
 		 150 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  41.86 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 		 156 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 		 153 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  41.86 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  41.86 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  41.86 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0896  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.77 
 
 		 151 aa  80.1  0.000000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000238629  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  41.86 
 
 		 141 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  37.86 
 
 		 139 aa  80.1  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  38.89 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  38.89 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  38.35 
 
 		 152 aa  79.7  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 150 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>