More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0277 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 139 aa  278  3e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.96 
 
 		 139 aa  267  4e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  55.03 
 
 		 149 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.03 
 
 		 149 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.03 
 
 		 149 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  55.03 
 
 		 149 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.03 
 
 		 149 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  55.03 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  54.36 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.61 
 
 		 148 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  60.61 
 
 		 148 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  58.33 
 
 		 148 aa  141  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  55.81 
 
 		 144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  55.47 
 
 		 144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0682  protein TolR  55.47 
 
 		 144 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794848  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2677  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.49 
 
 		 145 aa  122  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0793  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.49 
 
 		 145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.26 
 
 		 145 aa  118  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.37 
 
 		 144 aa  118  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  44.96 
 
 		 142 aa  117  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.92 
 
 		 141 aa  110  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.32 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 138 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.6 
 
 		 141 aa  107  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.17 
 
 		 141 aa  103  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.04 
 
 		 128 aa  104  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.25 
 
 		 156 aa  103  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.73 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.73 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.74 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4795  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.1 
 
 		 140 aa  100  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  normal  0.0719487 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  38.46 
 
 		 139 aa  94  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  35.82 
 
 		 138 aa  93.6  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 		 144 aa  92.8  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 		 144 aa  92.8  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 149 aa  92.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 144 aa  92  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  41.04 
 
 		 144 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 		 144 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  41.04 
 
 		 144 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.93 
 
 		 154 aa  90.5  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  39.13 
 
 		 145 aa  90.5  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.11 
 
 		 144 aa  90.5  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  41.04 
 
 		 144 aa  90.5  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  42.42 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  43.38 
 
 		 145 aa  89  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 		 136 aa  89.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 		 144 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.6 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.96 
 
 		 145 aa  88.6  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.6 
 
 		 142 aa  87.8  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.92 
 
 		 140 aa  87  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  40.77 
 
 		 139 aa  86.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  39.57 
 
 		 143 aa  84.7  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.61 
 
 		 142 aa  84.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.3 
 
 		 152 aa  84  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 		 148 aa  83.6  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.69 
 
 		 149 aa  83.6  9e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  40.74 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  40.32 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  39.55 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  39.55 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  40.29 
 
 		 146 aa  80.1  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  41.94 
 
 		 139 aa  80.1  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  42.11 
 
 		 167 aa  80.5  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  38.81 
 
 		 140 aa  80.1  0.000000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  37.59 
 
 		 152 aa  79.7  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.06 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  37.9 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  40.32 
 
 		 141 aa  77.8  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  36.96 
 
 		 152 aa  77.8  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  35.21 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  35.21 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  35.25 
 
 		 148 aa  77.8  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  38.89 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  38.62 
 
 		 154 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.62 
 
 		 154 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  39.37 
 
 		 153 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  39.37 
 
 		 153 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  43.2 
 
 		 141 aa  77  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  39.37 
 
 		 153 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>