More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_4055 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 135 aa  270  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  44.44 
 
 		 142 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 		 139 aa  104  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 		 139 aa  104  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 		 141 aa  102  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  40.74 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.86 
 
 		 156 aa  100  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  44.7 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  44.7 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  44.7 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  44.7 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 		 138 aa  93.2  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  42.75 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.42 
 
 		 144 aa  92  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  44.36 
 
 		 149 aa  92  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  41.98 
 
 		 142 aa  92  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  43.94 
 
 		 149 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  43.94 
 
 		 149 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  43.94 
 
 		 149 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  43.61 
 
 		 149 aa  90.9  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 		 149 aa  90.9  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  43.61 
 
 		 149 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 		 149 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  43.61 
 
 		 149 aa  90.5  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 		 149 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.36 
 
 		 149 aa  90.1  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  44.62 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 		 146 aa  89.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0682  protein TolR  44.62 
 
 		 144 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794848  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  44.19 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.64 
 
 		 141 aa  87.4  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003915  Tol biopolymer transport system TolR protein  39.29 
 
 		 147 aa  86.3  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0762164  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1896  TolR protein, membrane component  40.85 
 
 		 148 aa  86.7  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4795  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 		 140 aa  86.3  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  normal  0.0719487 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1431  tolR membrane protein  41.26 
 
 		 146 aa  85.9  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.87088e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.64 
 
 		 141 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.06 
 
 		 148 aa  84.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01608  hypothetical protein  39.29 
 
 		 147 aa  84.3  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 		 148 aa  84  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.72 
 
 		 136 aa  83.6  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  39.69 
 
 		 141 aa  83.6  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  42.06 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.84 
 
 		 139 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  38.93 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  38.81 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  38.81 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.41 
 
 		 149 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  40 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  40.48 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.01 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  38.93 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  38.17 
 
 		 141 aa  80.1  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  38.17 
 
 		 141 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  38.17 
 
 		 141 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  42.4 
 
 		 153 aa  80.1  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  38.17 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.06 
 
 		 139 aa  79.3  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  38.06 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  38.06 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0793  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  38.21 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  39.02 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  38.21 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  38.21 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  38.21 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  37.69 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  40.32 
 
 		 164 aa  77  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.15 
 
 		 137 aa  77  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  36.84 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  37.4 
 
 		 139 aa  77  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1066  TolR protein  38.17 
 
 		 145 aa  76.6  0.00000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  41.46 
 
 		 147 aa  77  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  39.69 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  41.22 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  39.69 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  40.46 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  39.69 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  39.69 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  37.88 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  38.06 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0947  protein TolR  39.69 
 
 		 144 aa  75.5  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.324869  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  37.88 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2677  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.52 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>