More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5355 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  100 
 
 		 142 aa  284  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  99.3 
 
 		 142 aa  282  9e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  99.3 
 
 		 142 aa  282  9e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  98.59 
 
 		 142 aa  280  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  83.8 
 
 		 141 aa  243  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  85.31 
 
 		 142 aa  239  7.999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  82.39 
 
 		 141 aa  239  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  69.5 
 
 		 141 aa  206  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  72.34 
 
 		 142 aa  203  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  70.5 
 
 		 177 aa  196  7.999999999999999e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  66.2 
 
 		 141 aa  194  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  67.63 
 
 		 139 aa  191  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  65.69 
 
 		 139 aa  189  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  189  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  67.38 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  67.38 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  67.38 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  65.49 
 
 		 141 aa  185  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  63.31 
 
 		 141 aa  183  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  70.77 
 
 		 164 aa  183  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  62.68 
 
 		 141 aa  182  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  69.47 
 
 		 169 aa  180  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  64.08 
 
 		 141 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  64.08 
 
 		 141 aa  178  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  64.08 
 
 		 141 aa  178  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  63.38 
 
 		 141 aa  177  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  63.38 
 
 		 141 aa  177  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  62.14 
 
 		 153 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  63.77 
 
 		 145 aa  169  9e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.75 
 
 		 145 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.23 
 
 		 145 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  65.41 
 
 		 145 aa  167  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  62.6 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.62 
 
 		 145 aa  163  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  60.56 
 
 		 141 aa  161  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.93 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.14 
 
 		 146 aa  158  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.57 
 
 		 141 aa  157  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.43 
 
 		 150 aa  156  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.78 
 
 		 151 aa  155  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0726  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.85 
 
 		 187 aa  156  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.498503 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.54 
 
 		 142 aa  155  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  64.57 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1667  TonB system transport protein ExbD  70.23 
 
 		 164 aa  154  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1613  TonB system transport protein ExbD  70.23 
 
 		 164 aa  154  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  56.93 
 
 		 141 aa  152  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1981  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.42 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0594702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.57 
 
 		 156 aa  150  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.31 
 
 		 156 aa  149  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0921  biopolymer transport protein, ExbD  62.02 
 
 		 141 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284427  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.33 
 
 		 152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  51.75 
 
 		 151 aa  144  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  54.93 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  53.24 
 
 		 156 aa  137  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  55.74 
 
 		 157 aa  135  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1516  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.77 
 
 		 156 aa  136  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.890263  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3966  TonB system transport protein ExbD  55.65 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.06 
 
 		 156 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.06 
 
 		 156 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.45 
 
 		 149 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0300188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3332  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.84 
 
 		 150 aa  133  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156003  normal  0.605878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3696  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.63 
 
 		 149 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  45.59 
 
 		 152 aa  124  5e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.81 
 
 		 144 aa  124  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45 
 
 		 136 aa  114  3e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  47.54 
 
 		 150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  47.54 
 
 		 150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  46.72 
 
 		 150 aa  107  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  45.45 
 
 		 147 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.74 
 
 		 166 aa  105  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  47.5 
 
 		 134 aa  103  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  45.38 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.73 
 
 		 144 aa  101  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.78 
 
 		 173 aa  100  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 		 137 aa  100  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  38.85 
 
 		 146 aa  99.4  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.83 
 
 		 151 aa  99  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  43.7 
 
 		 145 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45 
 
 		 149 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  43.7 
 
 		 148 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  46.28 
 
 		 152 aa  96.3  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.27 
 
 		 147 aa  96.3  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.19 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0857  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.98 
 
 		 139 aa  95.5  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345374  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  39.1 
 
 		 150 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 		 150 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 		 149 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 		 149 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  39.1 
 
 		 150 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1049  biopolymer transport ExbD protein  43.22 
 
 		 133 aa  94.7  3e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  41.27 
 
 		 149 aa  95.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>