More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2942 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 156 aa  305  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  63.58 
 
 		 142 aa  189  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.84 
 
 		 145 aa  162  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.92 
 
 		 139 aa  159  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.92 
 
 		 139 aa  159  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.59 
 
 		 144 aa  144  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.84 
 
 		 141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.86 
 
 		 141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.84 
 
 		 141 aa  128  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.05 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.79 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4795  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.84 
 
 		 140 aa  124  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  normal  0.0719487 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.06 
 
 		 138 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.1 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.25 
 
 		 139 aa  103  8e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  40.4 
 
 		 149 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.86 
 
 		 135 aa  100  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  41.06 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  39.07 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  41.06 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  39.07 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  39.74 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  39.74 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.07 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  41.06 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  41.06 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  39.74 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.07 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.07 
 
 		 149 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  39.07 
 
 		 149 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.07 
 
 		 149 aa  99  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2677  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.84 
 
 		 145 aa  97.1  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 		 136 aa  94.4  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  40.85 
 
 		 144 aa  94.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.78 
 
 		 144 aa  93.6  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  39.74 
 
 		 144 aa  93.6  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0682  protein TolR  38.85 
 
 		 144 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794848  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.67 
 
 		 144 aa  92  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  38.3 
 
 		 148 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0793  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.14 
 
 		 145 aa  91.3  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.31 
 
 		 144 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.31 
 
 		 144 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  39.01 
 
 		 148 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.01 
 
 		 148 aa  88.6  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  40.67 
 
 		 144 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  40.67 
 
 		 144 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  40.67 
 
 		 144 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.67 
 
 		 144 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  42.47 
 
 		 145 aa  87.8  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.15 
 
 		 144 aa  87  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.05 
 
 		 128 aa  85.9  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 145 aa  85.5  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.26 
 
 		 142 aa  85.5  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.04 
 
 		 142 aa  84  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  43.06 
 
 		 145 aa  84  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  40.82 
 
 		 145 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  34.01 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  36.62 
 
 		 146 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  36.62 
 
 		 146 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  36.81 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  40 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  36.36 
 
 		 142 aa  81.6  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  39.42 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.31 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  38 
 
 		 151 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  38 
 
 		 151 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.89 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  38.13 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  38.85 
 
 		 142 aa  80.1  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  36.69 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  37.66 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  41.61 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.06 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  40.4 
 
 		 146 aa  78.2  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.05 
 
 		 154 aa  77.8  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.78 
 
 		 149 aa  77.4  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  36.69 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  34.81 
 
 		 154 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.51 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  37.23 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.81 
 
 		 154 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  36.49 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  36.49 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  37.23 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  35.21 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.56 
 
 		 143 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  34.97 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.95 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.69 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  39.46 
 
 		 139 aa  74.7  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003915  Tol biopolymer transport system TolR protein  36.49 
 
 		 147 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0762164  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  34.51 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  35.04 
 
 		 142 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  33.78 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  33.78 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  34.93 
 
 		 150 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  34.93 
 
 		 150 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.82 
 
 		 143 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  38.41 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>