More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1158 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 139 aa  270  4.0000000000000004e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 139 aa  270  4.0000000000000004e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  61.59 
 
 		 142 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.7 
 
 		 144 aa  165  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.87 
 
 		 145 aa  165  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.92 
 
 		 156 aa  159  9e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.36 
 
 		 146 aa  150  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.07 
 
 		 141 aa  149  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4795  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.07 
 
 		 140 aa  148  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  normal  0.0719487 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.45 
 
 		 141 aa  134  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.1 
 
 		 141 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.1 
 
 		 141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.62 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  44.12 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  44.12 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  44.12 
 
 		 149 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 		 149 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 		 149 aa  107  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 		 136 aa  107  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 		 135 aa  104  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.51 
 
 		 139 aa  104  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.73 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.04 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2677  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.31 
 
 		 145 aa  99.4  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  44.27 
 
 		 148 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  44.27 
 
 		 148 aa  96.3  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0793  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.31 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  44.09 
 
 		 144 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0682  protein TolR  44.09 
 
 		 144 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794848  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  44.09 
 
 		 144 aa  90.9  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  39.72 
 
 		 142 aa  90.5  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  41.01 
 
 		 148 aa  90.5  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.42 
 
 		 128 aa  90.1  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  38.97 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  39.23 
 
 		 150 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.23 
 
 		 150 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.03 
 
 		 144 aa  87.8  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  39.23 
 
 		 150 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  42.75 
 
 		 144 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1896  TolR protein, membrane component  40.71 
 
 		 148 aa  87.4  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 152 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  36.57 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  42.75 
 
 		 144 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.75 
 
 		 144 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  42.75 
 
 		 144 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.78 
 
 		 144 aa  86.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  44.53 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  38.81 
 
 		 146 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.78 
 
 		 153 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  38.81 
 
 		 146 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 145 aa  85.5  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 144 aa  85.1  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  39.39 
 
 		 146 aa  84.7  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  39.86 
 
 		 154 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 154 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  40.98 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  42.31 
 
 		 139 aa  84  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  43.85 
 
 		 145 aa  83.6  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  40.16 
 
 		 141 aa  83.6  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.21 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.94 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.28 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.94 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  45.74 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  39.34 
 
 		 141 aa  81.6  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  40.98 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  38.52 
 
 		 141 aa  81.3  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.86 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  38.28 
 
 		 141 aa  81.3  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.16 
 
 		 149 aa  81.3  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 		 154 aa  80.9  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  36.96 
 
 		 150 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.73 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  37.59 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  36.89 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.62 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  37.7 
 
 		 143 aa  80.1  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  37.7 
 
 		 143 aa  80.5  0.000000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  37.7 
 
 		 143 aa  80.5  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>