144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1202 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1202  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
252 aa  508  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2416  intradiol ring-cleavage dioxygenase  56.33 
 
 
256 aa  265  5e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1128  protocatechuate 3 4-dioxygenase beta subunit like protein  53.36 
 
 
252 aa  261  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608028  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0037  intradiol ring-cleavage dioxygenase  57.94 
 
 
237 aa  247  1e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2095  intradiol ring-cleavage dioxygenase  48.19 
 
 
245 aa  230  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.781627  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0945  intradiol ring-cleavage dioxygenase  54.22 
 
 
288 aa  230  2e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1587  intradiol ring-cleavage dioxygenase  52.44 
 
 
299 aa  230  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3523  intradiol ring-cleavage dioxygenase  49.05 
 
 
288 aa  208  6e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4839  intradiol ring-cleavage dioxygenase  49.76 
 
 
282 aa  205  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1942  intradiol ring-cleavage dioxygenase  50.24 
 
 
234 aa  199  5e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.842989  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3212  intradiol ring-cleavage dioxygenase  46.63 
 
 
250 aa  194  9e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.302097  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0187  hypothetical protein  35.8 
 
 
277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00856526  hitchhiker  0.0000433457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4772  intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.83 
 
 
309 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0716  dioxygenase family protein  35.8 
 
 
277 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0789  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.8 
 
 
277 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5241  twin-arginine translocation pathway signal  43.56 
 
 
238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2843  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.86 
 
 
233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3772  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.33 
 
 
281 aa  128  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5275  putative intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.5 
 
 
277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.317456  normal  0.187016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7382  putative intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.57 
 
 
266 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.203989  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03340  conserved hypothetical protein  29.27 
 
 
318 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0104433  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07161  extracellular dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03070)  34.04 
 
 
377 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0585073  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3226  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.36 
 
 
248 aa  109  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.281874 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3769  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.16 
 
 
237 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2254  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.84 
 
 
258 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.802404 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01301  conserved hypothetical protein  30.37 
 
 
383 aa  104  1e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2567  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.94 
 
 
258 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4360  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.33 
 
 
238 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04203  conserved hypothetical protein  32 
 
 
343 aa  101  1e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.587359 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1176  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.37 
 
 
244 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1680  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.11 
 
 
236 aa  99  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2243  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.7 
 
 
250 aa  98.6  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05398  extracellular dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14630)  31.49 
 
 
376 aa  96.7  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05328  GPI anchored dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G01800)  34.43 
 
 
396 aa  93.2  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.628853  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16460  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit  33.17 
 
 
294 aa  87  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.574366  normal  0.703195 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1809  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.12 
 
 
311 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.510661  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3911  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.37 
 
 
308 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2841  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.64 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7854  Protocatechuate 3 4-dioxygenase beta subunit- like protein  38.06 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3143  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.57 
 
 
310 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.529872  hitchhiker  0.00328294 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1876  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.58 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0924  intradiol ring-cleavage dioxygenase  26.53 
 
 
318 aa  75.5  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09268  conserved hypothetical protein  30.67 
 
 
280 aa  75.5  0.0000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4129  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.16 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04370  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit  27.36 
 
 
349 aa  75.1  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3841  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.38 
 
 
343 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.353412  normal  0.439298 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2988  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.57 
 
 
228 aa  72  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3783  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.89 
 
 
328 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.83161  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4377  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.34 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2526  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.5 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.68 
 
 
220 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0108  twin-arginine translocation pathway signal  29.65 
 
 
327 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.582013 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3940  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.72 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187002 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.58 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0120  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.66 
 
 
191 aa  62.8  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0339331 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1781  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.32 
 
 
323 aa  62  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.453856  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2713  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.56 
 
 
271 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.655559  normal  0.447309 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07946  conserved hypothetical protein  37.25 
 
 
280 aa  59.3  0.00000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3903  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.41 
 
 
327 aa  58.5  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0806083 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2186  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.94 
 
 
248 aa  56.2  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2592  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.87 
 
 
193 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1824  twin-arginine translocation pathway signal  30.32 
 
 
223 aa  55.5  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0820429  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.15 
 
 
216 aa  55.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.898737  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.11 
 
 
290 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2693  protocatechuate 3,4-dioxygenase subunit beta  31.76 
 
 
239 aa  53.5  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00265735  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4890  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.33 
 
 
258 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.833858  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2387  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  30.45 
 
 
241 aa  53.9  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.581164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0474  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.17 
 
 
247 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05532  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain protein  30.06 
 
 
190 aa  52.4  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19220  catechol 1,2-dioxygenase  32.16 
 
 
287 aa  52  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.184485  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02906  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  37.5 
 
 
242 aa  52  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5025  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  32.17 
 
 
233 aa  51.6  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.32623  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5216  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.88 
 
 
290 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.763537  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13010  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.33 
 
 
248 aa  50.8  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4013  protocatechuate (dihdydroxy benzoate) 3,4-dioxygenase subunit beta  31.47 
 
 
237 aa  51.2  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0558  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.98 
 
 
240 aa  50.8  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0665673  normal  0.206378 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3345  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  34.59 
 
 
255 aa  50.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000710276  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7609  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  36.7 
 
 
225 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0053  dioxygenase, putative  26.52 
 
 
213 aa  49.7  0.00004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0804  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.16 
 
 
268 aa  50.1  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1849  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.54 
 
 
234 aa  50.1  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1270  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  34.91 
 
 
234 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.28 
 
 
312 aa  48.9  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  37.61 
 
 
305 aa  49.3  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001576  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain  27.78 
 
 
190 aa  48.9  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2326  protocatechuate 3,4-dioxygenase subunit beta  35.85 
 
 
235 aa  48.9  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.886605 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2786  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.37 
 
 
190 aa  48.5  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1581  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  31.29 
 
 
244 aa  48.5  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0759386  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  30.97 
 
 
290 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4163  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  36.84 
 
 
238 aa  47.4  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.68973 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  27.44 
 
 
297 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0836  catechol 1,2-dioxygenase  31.18 
 
 
287 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3850  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.33 
 
 
237 aa  47  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0622062  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2835  protocatechuate 3,4-dioxygenase subunit beta  29.01 
 
 
258 aa  47  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.204009  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1538  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  27.16 
 
 
235 aa  46.6  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0431142  normal  0.14512 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1130  3-chlorocatechol 1,2-dioxygenase  28.28 
 
 
260 aa  46.2  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  33.94 
 
 
311 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5624  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.09 
 
 
293 aa  45.8  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187474 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5855  intradiol ring-cleavage dioxygenase:catechol dioxygenase, N-terminal  31.82 
 
 
307 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6473  catechol dioxygenase, N-terminal  29.11 
 
 
253 aa  45.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>