144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1128 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_1128  protocatechuate 3 4-dioxygenase beta subunit like protein  100 
 
 
252 aa  526  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608028  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2416  intradiol ring-cleavage dioxygenase  81.85 
 
 
256 aa  419  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1587  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.04 
 
 
299 aa  263  3e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1202  twin-arginine translocation pathway signal  53.36 
 
 
252 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2095  intradiol ring-cleavage dioxygenase  52.57 
 
 
245 aa  255  4e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.781627  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0945  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.14 
 
 
288 aa  253  3e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3523  intradiol ring-cleavage dioxygenase  54.46 
 
 
288 aa  245  6e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0037  intradiol ring-cleavage dioxygenase  58.42 
 
 
237 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4839  intradiol ring-cleavage dioxygenase  55.88 
 
 
282 aa  236  3e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3212  intradiol ring-cleavage dioxygenase  52.5 
 
 
250 aa  218  7e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.302097  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1942  intradiol ring-cleavage dioxygenase  51.52 
 
 
234 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.842989  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4772  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.96 
 
 
309 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2843  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.21 
 
 
233 aa  141  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7382  putative intradiol ring-cleavage dioxygenase  41.44 
 
 
266 aa  138  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.203989  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0716  dioxygenase family protein  35.08 
 
 
277 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0187  hypothetical protein  35.08 
 
 
277 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00856526  hitchhiker  0.0000433457 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0789  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.08 
 
 
277 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5241  twin-arginine translocation pathway signal  43.27 
 
 
238 aa  121  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3226  intradiol ring-cleavage dioxygenase  39.67 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.281874 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5275  putative intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.19 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.317456  normal  0.187016 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2254  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.48 
 
 
258 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.802404 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3772  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.7 
 
 
281 aa  112  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1176  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.1 
 
 
244 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3769  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.03 
 
 
237 aa  108  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2567  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.48 
 
 
258 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4360  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.78 
 
 
238 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1680  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.17 
 
 
236 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG03340  conserved hypothetical protein  31.42 
 
 
318 aa  104  1e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0104433  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2243  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.02 
 
 
250 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04203  conserved hypothetical protein  32.64 
 
 
343 aa  97.4  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.587359 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05398  extracellular dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14630)  29.06 
 
 
376 aa  95.9  5e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0108  twin-arginine translocation pathway signal  30.74 
 
 
327 aa  95.9  6e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.582013 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01301  conserved hypothetical protein  30.48 
 
 
383 aa  95.5  8e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07161  extracellular dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03070)  31.5 
 
 
377 aa  94  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0585073  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1809  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.69 
 
 
311 aa  93.6  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.510661  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16460  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit  30.57 
 
 
294 aa  93.2  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.574366  normal  0.703195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4129  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.92 
 
 
303 aa  92.8  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05328  GPI anchored dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G01800)  31.96 
 
 
396 aa  91.3  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.628853  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0924  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.6 
 
 
318 aa  90.9  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1876  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.25 
 
 
313 aa  89.7  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2841  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.6 
 
 
304 aa  88.2  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3783  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.92 
 
 
328 aa  88.2  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.83161  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4377  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.16 
 
 
319 aa  88.6  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3143  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.22 
 
 
310 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.529872  hitchhiker  0.00328294 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2526  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.53 
 
 
331 aa  84  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3911  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.42 
 
 
308 aa  82  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3841  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.58 
 
 
343 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.353412  normal  0.439298 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.28 
 
 
192 aa  79.7  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7854  Protocatechuate 3 4-dioxygenase beta subunit- like protein  38.81 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3940  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.29 
 
 
325 aa  77  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187002 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04370  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit  30.81 
 
 
349 aa  75.1  0.0000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1781  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.33 
 
 
323 aa  72  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.453856  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0120  intradiol ring-cleavage dioxygenase  38.69 
 
 
191 aa  70.1  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0339331 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09268  conserved hypothetical protein  28.39 
 
 
280 aa  69.3  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2988  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.95 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3903  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.21 
 
 
327 aa  67.4  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0806083 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.33 
 
 
220 aa  63.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2713  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.75 
 
 
271 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.655559  normal  0.447309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0474  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.41 
 
 
247 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19220  catechol 1,2-dioxygenase  33.77 
 
 
287 aa  59.3  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.184485  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1824  twin-arginine translocation pathway signal  31.72 
 
 
223 aa  58.9  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0820429  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2592  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.42 
 
 
193 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0053  dioxygenase, putative  24.68 
 
 
213 aa  55.8  0.0000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.04 
 
 
216 aa  55.5  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.898737  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07946  conserved hypothetical protein  35.92 
 
 
280 aa  55.1  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  27.81 
 
 
297 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05532  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain protein  32.88 
 
 
190 aa  55.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4154  catechol 1,2-dioxygenase  31.45 
 
 
290 aa  53.1  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.636765  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02906  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  34.21 
 
 
242 aa  52.8  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2786  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.41 
 
 
190 aa  52  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0804  intradiol ring-cleavage dioxygenase  26.82 
 
 
268 aa  52  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0748  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.72 
 
 
300 aa  52  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0836  catechol 1,2-dioxygenase  31.95 
 
 
287 aa  51.2  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2387  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 
241 aa  50.1  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.581164  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1912  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.99 
 
 
312 aa  49.7  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.806008  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1294  catechol 1,2-dioxygenase  29.8 
 
 
283 aa  48.9  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0205  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.87 
 
 
275 aa  48.9  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.571878  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0368  dioxygenase family protein  27.54 
 
 
224 aa  48.5  0.0001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0627  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.89 
 
 
237 aa  48.1  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.799522  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4013  protocatechuate (dihdydroxy benzoate) 3,4-dioxygenase subunit beta  26.04 
 
 
237 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5085  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  27.27 
 
 
238 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13010  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.91 
 
 
248 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001576  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain  29.41 
 
 
190 aa  47.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1130  3-chlorocatechol 1,2-dioxygenase  28.29 
 
 
260 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2775  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit(PcaH)  31.43 
 
 
234 aa  45.8  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000406236  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1410  catechol 1,2-dioxygenase  32.89 
 
 
287 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3378  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.85 
 
 
290 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6473  catechol dioxygenase, N-terminal  28.29 
 
 
253 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5025  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  30.3 
 
 
233 aa  45.8  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.32623  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0643  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.57 
 
 
224 aa  45.8  0.0007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.599844  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5063  hydroxyquinol 1,2-dioxygenase  30.33 
 
 
309 aa  45.8  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2372  catechol 1,2-dioxygenase  27.22 
 
 
309 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6760  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  32.79 
 
 
234 aa  45.4  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321116  normal  0.293575 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0318  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.07 
 
 
234 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0130  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.46 
 
 
300 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3579  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  31.71 
 
 
235 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195352  normal  0.218152 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0394  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.07 
 
 
234 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.187163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0245  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.07 
 
 
244 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000128841  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1845  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.07 
 
 
244 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0795201  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4059  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  31.71 
 
 
235 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.622543  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>