More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3603 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3603  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 507 aa  1052    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.721238 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3824  extracellular solute-binding protein  51.6 
 
 		 524 aa  527  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  49.7 
 
 		 506 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2267  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 		 506 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18358  normal  0.347756 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3653  extracellular solute-binding protein family 5  48.74 
 
 		 513 aa  490  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0310608  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2974  extracellular solute-binding protein  48.12 
 
 		 530 aa  485  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4381  extracellular solute-binding protein  48.46 
 
 		 510 aa  488  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.582693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4734  extracellular solute-binding protein  46.63 
 
 		 521 aa  477  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3507  extracellular solute-binding protein family 5  45.42 
 
 		 510 aa  461  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3630  extracellular solute-binding protein family 5  44.16 
 
 		 514 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3112  extracellular solute-binding protein  38.07 
 
 		 505 aa  346  5e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.817588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  33.26 
 
 		 505 aa  210  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  29.68 
 
 		 497 aa  190  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  31.15 
 
 		 532 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  29.77 
 
 		 514 aa  176  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.34 
 
 		 524 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.47 
 
 		 520 aa  173  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.73 
 
 		 525 aa  172  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 509 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  32.98 
 
 		 516 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  32.8 
 
 		 516 aa  169  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 528 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.21 
 
 		 520 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  28.99 
 
 		 527 aa  164  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 509 aa  163  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 495 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  29.56 
 
 		 528 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 		 534 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.14 
 
 		 521 aa  161  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.14 
 
 		 521 aa  161  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 		 521 aa  161  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.14 
 
 		 521 aa  161  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 528 aa  161  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  29.93 
 
 		 533 aa  160  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.88 
 
 		 535 aa  159  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  30.35 
 
 		 527 aa  159  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  29.93 
 
 		 533 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  27.93 
 
 		 521 aa  158  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  28.96 
 
 		 514 aa  159  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  25.44 
 
 		 526 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  28.72 
 
 		 512 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  29.06 
 
 		 532 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 		 522 aa  156  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 538 aa  156  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  28.82 
 
 		 532 aa  156  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.68 
 
 		 530 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  28.51 
 
 		 512 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  28.72 
 
 		 512 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  28.51 
 
 		 512 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  28.51 
 
 		 512 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 531 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2758  extracellular solute-binding protein family 5  27.87 
 
 		 524 aa  155  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.86 
 
 		 544 aa  154  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 495 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  28.42 
 
 		 532 aa  155  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 		 512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 549 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  30.47 
 
 		 529 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  28.95 
 
 		 512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  25.57 
 
 		 518 aa  153  5.9999999999999996e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.58 
 
 		 509 aa  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 		 538 aa  153  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 		 512 aa  152  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 		 526 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 517 aa  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 		 524 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 512 aa  150  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0504  ABC transporter substrate-binding protein  26.36 
 
 		 531 aa  149  8e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.325614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 531 aa  149  9e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27.33 
 
 		 544 aa  149  9e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 531 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 521 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 520 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  30.71 
 
 		 516 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.95 
 
 		 521 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  25.96 
 
 		 520 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.95 
 
 		 565 aa  148  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.24 
 
 		 541 aa  147  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 522 aa  147  5e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  30.45 
 
 		 532 aa  147  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.33 
 
 		 493 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  25.05 
 
 		 509 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  29.47 
 
 		 503 aa  145  1e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  26.23 
 
 		 523 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 515 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 520 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.11 
 
 		 520 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 525 aa  144  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 528 aa  144  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  26.58 
 
 		 514 aa  144  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  32.37 
 
 		 512 aa  144  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.79 
 
 		 540 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 540 aa  143  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>