More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2576 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  100 
 
 		 506 aa  1045    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2267  extracellular solute-binding protein  98.62 
 
 		 506 aa  1036    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18358  normal  0.347756 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4734  extracellular solute-binding protein  60.24 
 
 		 521 aa  633  1e-180  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3824  extracellular solute-binding protein  56.74 
 
 		 524 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4381  extracellular solute-binding protein  57.82 
 
 		 510 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.582693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2974  extracellular solute-binding protein  56.25 
 
 		 530 aa  587  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3630  extracellular solute-binding protein family 5  54.74 
 
 		 514 aa  578  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3653  extracellular solute-binding protein family 5  55.42 
 
 		 513 aa  580  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0310608  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3507  extracellular solute-binding protein family 5  54.69 
 
 		 510 aa  569  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3603  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 		 507 aa  513  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.721238 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3112  extracellular solute-binding protein  38.48 
 
 		 505 aa  350  2e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.817588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 505 aa  227  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  32.55 
 
 		 497 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  29.49 
 
 		 527 aa  192  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 509 aa  177  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.17 
 
 		 520 aa  174  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.33 
 
 		 535 aa  171  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.68 
 
 		 534 aa  170  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 528 aa  169  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 		 532 aa  168  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 495 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 520 aa  169  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  29.4 
 
 		 528 aa  167  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 509 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 531 aa  166  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.87 
 
 		 521 aa  164  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.93 
 
 		 525 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.87 
 
 		 521 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.87 
 
 		 521 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  25.87 
 
 		 521 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 521 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  28.63 
 
 		 514 aa  163  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 528 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  32.49 
 
 		 522 aa  161  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 526 aa  160  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.57 
 
 		 510 aa  159  9e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 514 aa  159  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 		 529 aa  159  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  32.89 
 
 		 519 aa  159  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 		 531 aa  158  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 538 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 528 aa  159  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  28.99 
 
 		 516 aa  157  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  27.74 
 
 		 532 aa  158  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 532 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 535 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  27.98 
 
 		 518 aa  156  6e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 525 aa  156  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 544 aa  155  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 517 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  29.83 
 
 		 528 aa  154  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  29 
 
 		 544 aa  154  5e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  28.69 
 
 		 517 aa  153  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  28.21 
 
 		 528 aa  153  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.71 
 
 		 509 aa  153  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 519 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 526 aa  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.93 
 
 		 542 aa  151  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1968  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 518 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 526 aa  150  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 520 aa  150  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.56 
 
 		 520 aa  150  7e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  30 
 
 		 532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  32.09 
 
 		 517 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  29.67 
 
 		 528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 520 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 502 aa  148  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  27.94 
 
 		 531 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 		 530 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 		 514 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.75 
 
 		 565 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 528 aa  147  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 		 522 aa  147  6e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2758  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 		 524 aa  146  7.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  32.98 
 
 		 514 aa  146  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  27.8 
 
 		 520 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 495 aa  146  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 517 aa  146  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  28.37 
 
 		 520 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.54 
 
 		 541 aa  146  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.77 
 
 		 527 aa  145  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.13 
 
 		 524 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  28.89 
 
 		 516 aa  146  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  30 
 
 		 502 aa  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  27.82 
 
 		 533 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  29.38 
 
 		 537 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 538 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  27.82 
 
 		 523 aa  144  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 544 aa  144  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 		 528 aa  144  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  28.28 
 
 		 533 aa  144  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.61 
 
 		 530 aa  143  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 527 aa  143  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 		 521 aa  143  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  29.42 
 
 		 540 aa  143  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 521 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 544 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>