127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1743 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1743  copper resistance protein CopC  100 
 
 		 116 aa  243  9e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.112709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1388  copper resistance protein CopC  30.63 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1971  copper resistance protein CopC  30.48 
 
 		 140 aa  67  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.520942  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0497  copper resistance protein CopC  30.28 
 
 		 120 aa  64.3  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4289  copper resistance protein CopC  28.57 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.379862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0251  copper resistance protein CopC  28.57 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3544  copper resistance protein CopC  30.3 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0711776  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4398  copper resistance protein CopC  28.21 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3571  copper resistance protein CopC  30.71 
 
 		 564 aa  60.5  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.632207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3812  copper resistance protein CopC  29.6 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.994582  normal  0.824411 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3973  copper resistance protein CopC  31.5 
 
 		 565 aa  59.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0455106  normal  0.334703 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0468  copper resistance protein CopC  30.51 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3446  copper resistance protein CopC  32.74 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1238  copper resistance protein CopC  27.64 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.669517  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1943  copper resistance protein CopC  26.27 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00257341 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4607  copper resistance protein CopC  29.06 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3531  copper resistance protein CopC  29.06 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0355537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5052  copper resistance protein CopC  31.25 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5140  copper resistance protein CopC  31.25 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.184772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00388  putative copper resistance (CopC-like) protein  27.35 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1917  hypothetical protein  26.4 
 
 		 549 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0603122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1774  hypothetical protein  25.41 
 
 		 544 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1912  hypothetical protein  25.41 
 
 		 544 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0106079  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0809  copper resistance protein CopC  30.25 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1731  copper resistance protein  24.22 
 
 		 547 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5431  copper resistance protein CopC  31.19 
 
 		 174 aa  53.5  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0656752  normal  0.870052 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2339  copper resistance protein CopC  32.2 
 
 		 128 aa  53.5  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.221588  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1623  copper resistance protein CopC  32.2 
 
 		 128 aa  53.5  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.588237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2437  copper resistance protein CopC  32.2 
 
 		 128 aa  53.5  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1067  copper resistance protein CopC  30.3 
 
 		 593 aa  53.5  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2472  copper resistance protein CopC  28.72 
 
 		 210 aa  53.5  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0652  putative copper resistance protein, CopC  31.48 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  0.652987 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1786  copper resistance D domain-containing protein  25.6 
 
 		 547 aa  52.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0445487  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4214  Cu resistance protein  26.27 
 
 		 125 aa  53.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149381  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2018  hypothetical protein  24.8 
 
 		 549 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000046184  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2238  copper resistance protein CopC  29.84 
 
 		 126 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1838  copper resistance protein CopC  28.57 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  hitchhiker  0.0000522971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1495  copper resistance protein CopC  28.07 
 
 		 126 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.594535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1126  copper resistance protein CopC  28.32 
 
 		 560 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2636  cell wall anchor domain-containing protein  27.19 
 
 		 173 aa  52  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3307  copper resistance protein CopC  29.36 
 
 		 111 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.980594 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5102  copper resistance protein CopC  29.73 
 
 		 128 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0403069 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3426  hypothetical protein  25.6 
 
 		 547 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.270494  hitchhiker  0.000000170591 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1997  hypothetical protein  24.59 
 
 		 544 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1753  copper resistance protein  25.41 
 
 		 544 aa  50.8  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00167581  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4751  copper resistance protein CopC  24.75 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.420513  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3416  copper resistance protein CopC  24.75 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4100  copper resistance protein CopC  24.75 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.38808 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1207  copper resistance protein CopC  29.91 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2223  copper resistance protein CopC  31.46 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.213465 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3270  copper resistance protein CopC  29.7 
 
 		 225 aa  49.3  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6289  copper resistance protein CopC  24.75 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.202962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1777  copper resistance protein CopC  29.81 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.127324  normal  0.175952 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3378  copper resistance protein CopC  35 
 
 		 284 aa  48.1  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0755618  hitchhiker  0.00467806 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01812  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1801  copper resistance protein CopC  21.01 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.546063  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5338  copper resistance protein CopC  28.85 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1932  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1791  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.983023  normal  0.0962251 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3065  copper resistance protein CopC  27.66 
 
 		 578 aa  47.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000363543  decreased coverage  0.00940115 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2116  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1721  copper resistance protein CopC  28.85 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2576  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.696222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01800  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6630  copper resistance protein CopC  26.96 
 
 		 119 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1346  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.331332 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4407  copper resistance protein CopC  27.08 
 
 		 121 aa  47  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2070  hypothetical protein  21.01 
 
 		 124 aa  47  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4926  copper resistance protein CopC  27.08 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2426  copper resistance D  25.44 
 
 		 539 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441884  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3414  copper resistance protein CopC  28.18 
 
 		 126 aa  47  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1742  copper resistance protein CopC  26.47 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0115  copper resistance protein C  27.64 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0445  copper resistance protein CopC  29.2 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2624  copper resistance protein CopC  26.5 
 
 		 546 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2276  copper resistance protein CopC  22.41 
 
 		 124 aa  46.2  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5192  copper resistance protein CopC  23.71 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11740  uncharacterized protein, copper resistance protein CopC-like protein  24.79 
 
 		 208 aa  45.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.245018  normal  0.434498 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3355  copper resistance protein CopC  23.76 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3473  copper resistance protein CopC  24.78 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0671565  normal  0.436701 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2038  copper resistance protein CopC  21.05 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.873507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0566  copper resistance protein CopC  26.27 
 
 		 208 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2706  copper resistance protein CopC  25 
 
 		 121 aa  44.7  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2321  copper resistance protein CopC  25.23 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.539083  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2761  copper resistance protein CopC  25.23 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.425917  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4174  copper resistance protein CopC  25.25 
 
 		 559 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5008  copper resistance protein CopC  26.85 
 
 		 513 aa  44.3  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0430  copper resistance protein CopC  26.27 
 
 		 160 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550778  normal  0.772452 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5782  copper resistance protein CopC  26.67 
 
 		 869 aa  44.3  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2340  copper resistance protein CopC  28.57 
 
 		 130 aa  43.9  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273287  normal  0.896409 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2034  hypothetical protein  21.9 
 
 		 124 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.119575 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24410  uncharacterized protein, copper resistance protein CopC-like protein  32.08 
 
 		 214 aa  43.9  0.0007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0208823  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36820  uncharacterized protein, copper resistance protein CopC-like protein  28.87 
 
 		 217 aa  43.9  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00403371  normal  0.543816 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1957  copper resistance protein, putative  20.79 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2198  copper resistance D  26.32 
 
 		 519 aa  43.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6114  copper resistance protein CopC  27.52 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00881614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5117  copper resistance protein CopC  45.45 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.834452  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2514  copper resistance protein CopC  20.79 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3575  copper resistance protein CopC  29.7 
 
 		 217 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.310709  normal  0.0481479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0419  copper resistance D domain-containing protein  27.08 
 
 		 576 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.080355  normal  0.760489 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>