More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3483 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  100 
 
 		 351 aa  714    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  63.25 
 
 		 351 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  53.3 
 
 		 378 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  53.99 
 
 		 375 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  53.99 
 
 		 368 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  53.72 
 
 		 368 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  52.91 
 
 		 360 aa  363  2e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  52.82 
 
 		 368 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  51.2 
 
 		 372 aa  363  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  51.2 
 
 		 367 aa  362  4e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  52.3 
 
 		 370 aa  358  6e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  51.34 
 
 		 365 aa  347  2e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  48.74 
 
 		 357 aa  346  4e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  47.88 
 
 		 336 aa  309  4e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  46.2 
 
 		 362 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  46.15 
 
 		 346 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  46.36 
 
 		 364 aa  300  2e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  45.24 
 
 		 340 aa  286  5e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  44.98 
 
 		 356 aa  280  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  43.57 
 
 		 334 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  42.74 
 
 		 330 aa  261  8.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  41.91 
 
 		 329 aa  257  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  40.52 
 
 		 328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  39.94 
 
 		 328 aa  247  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  40.29 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  37.86 
 
 		 327 aa  232  8.000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  37.86 
 
 		 327 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  38.95 
 
 		 325 aa  230  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  37.86 
 
 		 327 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  38.82 
 
 		 324 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  37.09 
 
 		 328 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  36.36 
 
 		 328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  36.5 
 
 		 324 aa  219  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  36.76 
 
 		 331 aa  218  1e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  36.73 
 
 		 328 aa  212  9e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  38.12 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  36.44 
 
 		 328 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  36.44 
 
 		 328 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  36.44 
 
 		 328 aa  210  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  36.44 
 
 		 328 aa  210  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  36.44 
 
 		 328 aa  210  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  36.44 
 
 		 328 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  36.44 
 
 		 328 aa  210  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  35.88 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  34.56 
 
 		 337 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  34.56 
 
 		 362 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  34.56 
 
 		 337 aa  199  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  34.56 
 
 		 337 aa  199  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  34.18 
 
 		 328 aa  198  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  49.72 
 
 		 350 aa  195  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  32.24 
 
 		 395 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  35.5 
 
 		 347 aa  194  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  34.83 
 
 		 333 aa  192  8e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  34.58 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  36.23 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  34.49 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.24 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  34.01 
 
 		 323 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  29.59 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  33.63 
 
 		 323 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  30.88 
 
 		 351 aa  166  8e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  33.43 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  33.43 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  31.41 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  31.5 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  48.47 
 
 		 322 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  34.35 
 
 		 322 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  32.28 
 
 		 358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  31.65 
 
 		 378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  29.75 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  31.72 
 
 		 325 aa  144  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  39.89 
 
 		 190 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  39.29 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  33.33 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  32.75 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  34.04 
 
 		 343 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2883  cobalamin synthesis protein P47K  36.47 
 
 		 360 aa  109  8.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00106206  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  40.96 
 
 		 322 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0956  hypothetical protein  36.53 
 
 		 380 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.582353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0046  cobalamin synthesis protein P47K  33.12 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000730504  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2727  cobalamin synthesis protein, P47K  36.47 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.081954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1823  hypothetical protein  36.57 
 
 		 344 aa  103  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0970938  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  36.42 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05471  G3E family GTPase  36.42 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.304233  normal  0.295768 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1176  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  28.92 
 
 		 362 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1656  cobalamin biosynthesis protein CobW  28.92 
 
 		 362 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1556  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.56 
 
 		 362 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0295518  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1575  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.56 
 
 		 362 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.467386 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  30.29 
 
 		 344 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  30.56 
 
 		 362 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.81 
 
 		 349 aa  99.8  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  32.79 
 
 		 404 aa  99.8  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1630  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.56 
 
 		 362 aa  99.4  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893644  normal  0.0183508 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  38.04 
 
 		 324 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0637  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  34.08 
 
 		 335 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3796  hypothetical protein  33.69 
 
 		 365 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.213041  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  34.81 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07121  G3E family GTPase  32.34 
 
 		 366 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2531  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.29 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  27.62 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>