More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2575 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 364 aa  741    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  49.73 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  48.83 
 
 		 368 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  48.04 
 
 		 368 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  48.3 
 
 		 375 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  48.3 
 
 		 368 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  47.12 
 
 		 351 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  47.37 
 
 		 365 aa  301  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  46.36 
 
 		 351 aa  300  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  47.4 
 
 		 372 aa  300  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  47.4 
 
 		 367 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  44.47 
 
 		 378 aa  298  9e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  44.85 
 
 		 362 aa  296  4e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  45.45 
 
 		 370 aa  292  5e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  46.53 
 
 		 357 aa  285  7e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.81 
 
 		 346 aa  250  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  39.59 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.49 
 
 		 356 aa  239  8e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  37.6 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  38.67 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  37.5 
 
 		 328 aa  216  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  39.55 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  36.99 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  36.29 
 
 		 328 aa  213  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  37.78 
 
 		 327 aa  212  7e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  37.75 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  37.78 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  37.78 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  38.08 
 
 		 330 aa  206  4e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  37.57 
 
 		 324 aa  206  8e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  38.05 
 
 		 328 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  36.74 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  36.74 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  36.74 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  36.74 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  36.74 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  36.74 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  36.74 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  36.74 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  37.28 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  35.36 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  35.08 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  35.08 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  35.08 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  35.08 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  34.81 
 
 		 328 aa  193  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  36.41 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  34.62 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  35.33 
 
 		 323 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  32.13 
 
 		 395 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  30.79 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  47.67 
 
 		 347 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  31.58 
 
 		 350 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  34.9 
 
 		 333 aa  169  7e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  33.98 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  34.22 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  34.89 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  33.15 
 
 		 323 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  34.79 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  34.16 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.15 
 
 		 323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  33.06 
 
 		 322 aa  156  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  32.28 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  31.98 
 
 		 324 aa  153  5e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  28.49 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  32.36 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  31.16 
 
 		 325 aa  139  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  29.54 
 
 		 378 aa  137  2e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  50.83 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  27.65 
 
 		 358 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  42.75 
 
 		 190 aa  127  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  28.21 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  26.96 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  38.18 
 
 		 322 aa  96.7  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  26.52 
 
 		 308 aa  96.3  7e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  26.51 
 
 		 333 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1948  cobalamin synthesis protein/P47K  34.64 
 
 		 349 aa  95.5  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.871457  normal  0.448238 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2883  cobalamin synthesis protein P47K  32.32 
 
 		 360 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00106206  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  31.7 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4617  cobalamin synthesis protein, P47K  33.33 
 
 		 327 aa  91.3  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.483497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3006  cobalamin synthesis protein P47K  35.03 
 
 		 310 aa  89.7  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0046  cobalamin synthesis protein P47K  30.56 
 
 		 345 aa  89.7  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000730504  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3846  cobalamin synthesis protein P47K  31.84 
 
 		 341 aa  89.7  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.63 
 
 		 349 aa  88.6  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  30.05 
 
 		 367 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2727  cobalamin synthesis protein, P47K  32.68 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.081954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  29.69 
 
 		 360 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0228  cobalamin synthesis protein/P47K  31.28 
 
 		 353 aa  86.7  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1769  cobalamin synthesis protein P47K  33.13 
 
 		 313 aa  86.3  8e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.48374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05461  G3E family GTPase  29.61 
 
 		 383 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  30.48 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05171  G3E family GTPase  29.61 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.842312  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  31.07 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  31.07 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0491  hypothetical protein  29.61 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0830931  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0198  cobalamin synthesis protein, P47K  25.98 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.659431 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  32.32 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0865  cobalamin synthesis protein P47K  32.4 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  32.91 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0891  cobalamin synthesis protein P47K  32.4 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.441497  normal  0.976092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>