More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1502 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  100 
 
 		 365 aa  751    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  78.96 
 
 		 372 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  78.96 
 
 		 367 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  76.58 
 
 		 370 aa  565  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  65.67 
 
 		 360 aa  476  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  64.69 
 
 		 368 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  64.69 
 
 		 375 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  64.15 
 
 		 368 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  64.15 
 
 		 368 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  51.34 
 
 		 351 aa  347  3e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  49.22 
 
 		 378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  49.31 
 
 		 351 aa  334  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.03 
 
 		 346 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  48.1 
 
 		 357 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  45.17 
 
 		 362 aa  308  8e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  47.37 
 
 		 364 aa  301  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  43.05 
 
 		 356 aa  273  5.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  44.26 
 
 		 340 aa  255  9e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  42.66 
 
 		 336 aa  255  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  41.32 
 
 		 330 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  41 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  37.77 
 
 		 328 aa  243  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  41.13 
 
 		 327 aa  242  7e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  41.13 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  41.13 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  37.81 
 
 		 329 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  39.04 
 
 		 328 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  39.66 
 
 		 324 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  38.27 
 
 		 328 aa  225  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  39.33 
 
 		 328 aa  225  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  39.04 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  39.04 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  40.91 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  39.04 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  39.04 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  39.04 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  39.04 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  39.04 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  39.33 
 
 		 337 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  39.04 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  39.33 
 
 		 328 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  38.76 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  39.04 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  39.04 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  37.18 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  37.08 
 
 		 325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  37.33 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  35.91 
 
 		 331 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  57.96 
 
 		 328 aa  194  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  35.29 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  35.33 
 
 		 333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  32.87 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  53.12 
 
 		 347 aa  182  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  33.24 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  33.79 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  32.16 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  30.66 
 
 		 369 aa  169  6e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  34.07 
 
 		 322 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  29.4 
 
 		 323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  30.41 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  29.49 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  29.95 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  47.45 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  59.02 
 
 		 322 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  31.83 
 
 		 331 aa  149  7e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  31.52 
 
 		 324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  47.89 
 
 		 190 aa  146  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  31.97 
 
 		 324 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  29.02 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  28.88 
 
 		 358 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  30.99 
 
 		 325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  37.5 
 
 		 378 aa  126  7e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  34.98 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0046  cobalamin synthesis protein P47K  32.9 
 
 		 345 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000730504  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2883  cobalamin synthesis protein P47K  35.53 
 
 		 360 aa  102  7e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00106206  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  35.08 
 
 		 343 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  32.73 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  32.12 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5621  cobalamin synthesis protein P47K  35.67 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.16465 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0441  cobalamin synthesis protein, P47K  34.57 
 
 		 382 aa  100  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.319844  normal  0.988623 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07121  G3E family GTPase  34.97 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1081  cobalamin synthesis protein P47K  37.65 
 
 		 384 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.640909 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  38.36 
 
 		 324 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  39.26 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1957  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.41 
 
 		 386 aa  97.4  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1769  cobalamin synthesis protein P47K  37.5 
 
 		 313 aa  97.4  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.48374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  36.59 
 
 		 323 aa  97.4  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  35.93 
 
 		 326 aa  97.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1926  cobalamin synthesis protein P47K  36.93 
 
 		 390 aa  96.7  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4617  cobalamin synthesis protein, P47K  36.88 
 
 		 327 aa  96.7  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.483497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0228  cobalamin synthesis protein/P47K  35.62 
 
 		 353 aa  96.3  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05541  G3E family GTPase  33.69 
 
 		 357 aa  95.5  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.427683  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  35.58 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2035  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  38.82 
 
 		 390 aa  95.1  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1948  cobalamin synthesis protein/P47K  36.25 
 
 		 349 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.871457  normal  0.448238 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5963  cobalamin synthesis protein P47K  37.93 
 
 		 372 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.103061  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0708  cobalamin synthesis protein P47K  35.62 
 
 		 362 aa  94.4  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  34.76 
 
 		 320 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2727  cobalamin synthesis protein, P47K  33.33 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.081954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  34.57 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>