More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_5137 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  100 
 
 		 323 aa  648    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  69.25 
 
 		 323 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  70.5 
 
 		 323 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  69.25 
 
 		 323 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  63.98 
 
 		 323 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  60.44 
 
 		 323 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  60.12 
 
 		 323 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  54.04 
 
 		 324 aa  328  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  57.89 
 
 		 324 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  53.09 
 
 		 322 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  52.76 
 
 		 322 aa  281  9e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  38.56 
 
 		 331 aa  196  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  37.82 
 
 		 357 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  34.49 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  32.51 
 
 		 368 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  32.51 
 
 		 368 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  32.51 
 
 		 368 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  35.33 
 
 		 364 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  36.47 
 
 		 351 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.24 
 
 		 365 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  32.95 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  32.89 
 
 		 378 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  34.08 
 
 		 350 aa  176  3e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  36.18 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  33.51 
 
 		 370 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  33.33 
 
 		 360 aa  175  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  35.78 
 
 		 346 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  32.25 
 
 		 372 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  32.25 
 
 		 367 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  34.13 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  34.91 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  34.17 
 
 		 329 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  32.68 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  34.14 
 
 		 324 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  35.81 
 
 		 327 aa  162  9e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  34.37 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  33.23 
 
 		 340 aa  159  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  34.33 
 
 		 334 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  34.37 
 
 		 328 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  33.75 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  33.92 
 
 		 325 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  35.16 
 
 		 327 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  35.16 
 
 		 327 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  34.86 
 
 		 324 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  29.59 
 
 		 369 aa  152  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  30.79 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  30.42 
 
 		 395 aa  150  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  35.71 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  31.8 
 
 		 330 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  33.23 
 
 		 328 aa  149  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  33.23 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  33.23 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  33.23 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  33.23 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  33.23 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  33.23 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  33.23 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  34.06 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  30.91 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  35.4 
 
 		 331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  32.93 
 
 		 328 aa  146  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  32.63 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  32.63 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  32.63 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  32.41 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  32.63 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  32.33 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  40.32 
 
 		 190 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  29.55 
 
 		 325 aa  125  9e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  28.53 
 
 		 358 aa  123  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  29.31 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  37.41 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  27.87 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2883  cobalamin synthesis protein P47K  32.32 
 
 		 360 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00106206  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  34.36 
 
 		 349 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  33.33 
 
 		 349 aa  96.3  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.33 
 
 		 349 aa  96.3  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  38.99 
 
 		 322 aa  95.9  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  30.68 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  40.71 
 
 		 343 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  30.68 
 
 		 308 aa  94.4  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0637  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  37.02 
 
 		 335 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2148  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.68 
 
 		 344 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.245942  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  33.9 
 
 		 344 aa  92.4  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  29.86 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.33 
 
 		 349 aa  91.3  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1438  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.91 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.481567 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0184  putative cobalamin synthesis protein  39.04 
 
 		 364 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08161  putative cobalamin synthesis protein  39.04 
 
 		 351 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.615787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0198  cobalamin synthesis protein, P47K  37.79 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.659431 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2727  cobalamin synthesis protein, P47K  26.19 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.081954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06660  predicted GTPase, G3E family  28.45 
 
 		 364 aa  90.1  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.747392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2828  cobalamin synthesis protein CobW  48.7 
 
 		 345 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1769  cobalamin synthesis protein P47K  38.51 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.48374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0739  cobalamin biosynthesis CobW  30.74 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0782025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.7 
 
 		 345 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2531  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.96 
 
 		 344 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  36.94 
 
 		 349 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2372  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.05 
 
 		 349 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0653093  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6215  cobalamin synthesis protein P47K  27.3 
 
 		 407 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.103879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>