More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2209 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  100 
 
 
344 aa  696    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2531  cobalamin biosynthesis protein CobW  79.07 
 
 
344 aa  538  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2933  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  75.81 
 
 
350 aa  472  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0128514  hitchhiker  0.00376638 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1517  cobalamin biosynthesis protein CobW  70.64 
 
 
345 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241447  normal  0.0776458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  71.51 
 
 
345 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2828  cobalamin synthesis protein CobW  71.51 
 
 
345 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0343  cobalamin biosynthesis CobW  71.72 
 
 
350 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  63.83 
 
 
343 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1438  cobalamin biosynthesis protein CobW  57.75 
 
 
344 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.481567 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.98 
 
 
349 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3506  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.98 
 
 
348 aa  366  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0380718  normal  0.46786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1716  cobalamin biosynthesis protein CobW  57.14 
 
 
344 aa  364  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0702556  decreased coverage  0.00438103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1441  cobalamin biosynthesis protein CobW  57.45 
 
 
344 aa  363  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.371847  normal  0.394564 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2372  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.41 
 
 
349 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0653093  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3114  cobalamin biosynthesis protein CobW  56.23 
 
 
344 aa  360  1e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00643978  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2148  cobalamin biosynthesis protein CobW  55.32 
 
 
344 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.245942  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  57.8 
 
 
349 aa  359  4e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.69 
 
 
349 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  53.69 
 
 
349 aa  356  2.9999999999999997e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3143  putative cobalamin synthesis protein cobW  53.69 
 
 
345 aa  355  5.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.3 
 
 
349 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2436  cobalamin biosynthesis protein CobW  56.23 
 
 
344 aa  350  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0827  cobalamin synthesis protein cobW-like  52.98 
 
 
348 aa  342  8e-93  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3287  cobalamin biosynthesis protein CobW  55.79 
 
 
344 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.0071849  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1760  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.36 
 
 
354 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805096  normal  0.0884735 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1027  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.07 
 
 
348 aa  334  2e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.959481  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2648  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.41 
 
 
357 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0237696  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0671  cobalamin synthesis CobW protein  54.09 
 
 
350 aa  328  6e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.15 
 
 
349 aa  327  2.0000000000000001e-88  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0160  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.17 
 
 
359 aa  318  6e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765545  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3407  cobalamin synthesis protein/P47K  50.45 
 
 
346 aa  305  5.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00803812  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4328  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.87 
 
 
358 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.559643  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1591  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.62 
 
 
344 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0216526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0637  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  49.38 
 
 
335 aa  298  7e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2448  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.36 
 
 
343 aa  298  9e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3662  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.69 
 
 
343 aa  296  3e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.419795  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0739  cobalamin biosynthesis CobW  48.45 
 
 
335 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0782025  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0786  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.68 
 
 
334 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  44.61 
 
 
386 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25960  putative cobalamin biosynthesis protein cobW  48.14 
 
 
375 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0063336  normal  0.0651392 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3508  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.03 
 
 
355 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5000  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.13 
 
 
363 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.287496  hitchhiker  0.0000190574 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2774  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.03 
 
 
355 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2268  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.63 
 
 
358 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2218  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.28 
 
 
350 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3150  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  46.33 
 
 
354 aa  288  7e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4489  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.27 
 
 
348 aa  288  9e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0278  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.21 
 
 
357 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2421  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.46 
 
 
355 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877489  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0882  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.21 
 
 
357 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.116066  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.21 
 
 
357 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0664593  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1616  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.21 
 
 
357 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.877521  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1937  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.67 
 
 
357 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176615  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3016  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  46.9 
 
 
354 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0521997  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2097  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.21 
 
 
390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1953  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.21 
 
 
357 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.891813  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1647  CobW  45.54 
 
 
367 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0505719  normal  0.0706509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3099  cobalamin synthesis protein/P47K  46.5 
 
 
357 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62296  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09841  putative cobalamin synthesis protein  41.84 
 
 
344 aa  281  8.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.201772 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4587  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.29 
 
 
349 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00207896  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1376  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.06 
 
 
360 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0540788 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1630  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.59 
 
 
362 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893644  normal  0.0183508 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  43.66 
 
 
362 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1176  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  44.29 
 
 
362 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1656  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.29 
 
 
362 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1575  cobalamin biosynthesis protein CobW  45 
 
 
362 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.467386 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1556  cobalamin biosynthesis protein CobW  45 
 
 
362 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0295518  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1583  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.8 
 
 
369 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0221433 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3153  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.51 
 
 
369 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175243  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5747  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.48 
 
 
349 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000222169 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1218  putative cobalamin synthesis protein  44.06 
 
 
369 aa  255  1.0000000000000001e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08161  putative cobalamin synthesis protein  39.22 
 
 
351 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.615787  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1264  putative cobalamin synthesis protein  42.77 
 
 
371 aa  243  3.9999999999999997e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0184  putative cobalamin synthesis protein  37.71 
 
 
364 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16961  putative cobalamin synthesis protein  38.07 
 
 
381 aa  239  4e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08401  putative cobalamin synthesis protein  33.83 
 
 
354 aa  231  1e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.807692  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08381  putative cobalamin synthesis protein  34.82 
 
 
354 aa  231  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0786  putative cobalamin synthesis protein  35.14 
 
 
354 aa  229  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.627356  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08051  putative cobalamin synthesis protein  36.89 
 
 
350 aa  223  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  35.24 
 
 
323 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  35.24 
 
 
323 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  35.92 
 
 
323 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_003296  RS03750  hypothetical protein  33.61 
 
 
367 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.32469  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  32.86 
 
 
323 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  33.91 
 
 
323 aa  159  9e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  30.9 
 
 
347 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  32.65 
 
 
323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  32.25 
 
 
319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  33.33 
 
 
335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2074  cobalamin synthesis protein P47K  31.53 
 
 
349 aa  152  8.999999999999999e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  34.88 
 
 
343 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  32.56 
 
 
320 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4200  cobalamin synthesis protein P47K  30.97 
 
 
336 aa  150  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000951795  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  30.84 
 
 
404 aa  149  8e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  32.04 
 
 
394 aa  148  1.0000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2083  cobalamin synthesis protein P47K  31.83 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.083483  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  34.21 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  34.33 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3607  cobalamin synthesis protein P47K  29.35 
 
 
375 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.734261  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1081  cobalamin synthesis protein P47K  27.98 
 
 
384 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.640909 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>