More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4587 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4587  cobalamin biosynthesis protein CobW  100 
 
 		 349 aa  700    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00207896  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3150  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  80.17 
 
 		 354 aa  557  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3508  cobalamin biosynthesis protein CobW  80.23 
 
 		 355 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2774  cobalamin biosynthesis protein CobW  80.45 
 
 		 355 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2268  cobalamin biosynthesis protein CobW  79.55 
 
 		 358 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2218  cobalamin biosynthesis protein CobW  82.57 
 
 		 350 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25960  putative cobalamin biosynthesis protein cobW  82.29 
 
 		 375 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0063336  normal  0.0651392 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3016  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  81.76 
 
 		 354 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0521997  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2421  cobalamin biosynthesis protein CobW  79.66 
 
 		 355 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3099  cobalamin synthesis protein/P47K  76.69 
 
 		 357 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  64.47 
 
 		 386 aa  441  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1953  cobalamin biosynthesis protein CobW  64.22 
 
 		 357 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.891813  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  64.22 
 
 		 357 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0664593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2097  cobalamin biosynthesis protein CobW  64.22 
 
 		 390 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0278  cobalamin biosynthesis protein CobW  64.22 
 
 		 357 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141635  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1616  cobalamin biosynthesis protein CobW  64.22 
 
 		 357 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.877521  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0882  cobalamin biosynthesis protein CobW  64.22 
 
 		 357 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.116066  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1937  cobalamin biosynthesis protein CobW  63.93 
 
 		 357 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176615  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1647  CobW  62.61 
 
 		 367 aa  411  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0505719  normal  0.0706509 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5000  cobalamin biosynthesis protein CobW  62.04 
 
 		 363 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.287496  hitchhiker  0.0000190574 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5747  cobalamin biosynthesis protein CobW  67.15 
 
 		 349 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000222169 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3153  cobalamin biosynthesis protein CobW  61.45 
 
 		 369 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1176  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  61.69 
 
 		 362 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129862  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1630  cobalamin biosynthesis protein CobW  61.69 
 
 		 362 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893644  normal  0.0183508 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1656  cobalamin biosynthesis protein CobW  61.69 
 
 		 362 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  60.56 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1575  cobalamin biosynthesis protein CobW  62.25 
 
 		 362 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.467386 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1583  cobalamin biosynthesis protein CobW  59.39 
 
 		 369 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0221433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1556  cobalamin biosynthesis protein CobW  62.25 
 
 		 362 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0295518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2372  cobalamin biosynthesis protein CobW  55.49 
 
 		 349 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0653093  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.89 
 
 		 349 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  55.62 
 
 		 349 aa  360  2e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.15 
 
 		 349 aa  360  3e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2648  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.71 
 
 		 357 aa  348  8e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0237696  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1376  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.62 
 
 		 360 aa  345  7e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540788 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1027  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.6 
 
 		 348 aa  344  1e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.959481  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  54.02 
 
 		 349 aa  342  4e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1760  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.16 
 
 		 354 aa  342  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805096  normal  0.0884735 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.74 
 
 		 349 aa  339  2.9999999999999998e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4328  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.97 
 
 		 358 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.559643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0827  cobalamin synthesis protein cobW-like  52.59 
 
 		 348 aa  336  3.9999999999999995e-91  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1591  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.19 
 
 		 344 aa  335  5e-91  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0216526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1438  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.56 
 
 		 344 aa  333  4e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.481567 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3407  cobalamin synthesis protein/P47K  54.39 
 
 		 346 aa  332  4e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00803812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2448  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.47 
 
 		 343 aa  332  6e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3662  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.09 
 
 		 343 aa  331  9e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.419795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3143  putative cobalamin synthesis protein cobW  53.35 
 
 		 345 aa  329  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3506  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.29 
 
 		 348 aa  323  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0380718  normal  0.46786 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2148  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.86 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.245942  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3114  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.99 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00643978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1716  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.12 
 
 		 344 aa  320  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0702556  decreased coverage  0.00438103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1441  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.12 
 
 		 344 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.371847  normal  0.394564 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3287  cobalamin biosynthesis protein CobW  56.98 
 
 		 344 aa  315  5e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.0071849  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4489  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.47 
 
 		 348 aa  315  6e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2531  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.29 
 
 		 344 aa  309  5.9999999999999995e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.72 
 
 		 349 aa  308  8e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2436  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.64 
 
 		 344 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  50.88 
 
 		 343 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0160  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.59 
 
 		 359 aa  294  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1517  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.86 
 
 		 345 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241447  normal  0.0776458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0786  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.48 
 
 		 334 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2933  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  49.13 
 
 		 350 aa  285  5.999999999999999e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0128514  hitchhiker  0.00376638 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2828  cobalamin synthesis protein CobW  50.14 
 
 		 345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.14 
 
 		 345 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  46.57 
 
 		 344 aa  281  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0671  cobalamin synthesis CobW protein  50 
 
 		 350 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0343  cobalamin biosynthesis CobW  50.9 
 
 		 350 aa  275  9e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0739  cobalamin biosynthesis CobW  47.42 
 
 		 335 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0782025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0637  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  48.05 
 
 		 335 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09841  putative cobalamin synthesis protein  41.14 
 
 		 344 aa  263  4e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.201772 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08161  putative cobalamin synthesis protein  41.89 
 
 		 351 aa  252  9.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.615787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1264  putative cobalamin synthesis protein  41.52 
 
 		 371 aa  248  9e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1218  putative cobalamin synthesis protein  43.12 
 
 		 369 aa  243  3.9999999999999997e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0184  putative cobalamin synthesis protein  42.69 
 
 		 364 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16961  putative cobalamin synthesis protein  39.18 
 
 		 381 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08401  putative cobalamin synthesis protein  34.34 
 
 		 354 aa  216  4e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.807692  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08381  putative cobalamin synthesis protein  34.3 
 
 		 354 aa  216  5.9999999999999996e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0786  putative cobalamin synthesis protein  34.33 
 
 		 354 aa  213  4.9999999999999996e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.627356  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08051  putative cobalamin synthesis protein  35.2 
 
 		 350 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  33.05 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  35.53 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  33.05 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  35.13 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  33.33 
 
 		 323 aa  176  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3607  cobalamin synthesis protein P47K  34.11 
 
 		 375 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.734261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  32.66 
 
 		 323 aa  176  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  34.37 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  36.46 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  34.67 
 
 		 329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  33.52 
 
 		 323 aa  173  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  34.68 
 
 		 347 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  32.39 
 
 		 323 aa  172  9e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  34.38 
 
 		 320 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  34.5 
 
 		 328 aa  169  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  34.5 
 
 		 328 aa  169  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  35.53 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3663  cobalamin synthesis protein P47K  33.51 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.234992 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  36.42 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  33.71 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4002  cobalamin synthesis protein P47K  34.54 
 
 		 346 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242709  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>