More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0739 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0739  cobalamin biosynthesis CobW  100 
 
 
335 aa  656    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0782025  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0637  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  90.75 
 
 
335 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0786  cobalamin biosynthesis protein CobW  87.93 
 
 
334 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.29 
 
 
349 aa  321  9.000000000000001e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2372  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.85 
 
 
349 aa  315  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0653093  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.86 
 
 
349 aa  315  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3143  putative cobalamin synthesis protein cobW  51.18 
 
 
345 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3114  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.8 
 
 
344 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00643978  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1438  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.03 
 
 
344 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.481567 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.29 
 
 
349 aa  304  1.0000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3506  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.11 
 
 
348 aa  304  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0380718  normal  0.46786 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2148  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.33 
 
 
344 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.245942  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2531  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.85 
 
 
344 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  50.29 
 
 
349 aa  303  3.0000000000000004e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1716  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.21 
 
 
344 aa  298  7e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0702556  decreased coverage  0.00438103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2436  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.51 
 
 
344 aa  296  4e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1441  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.92 
 
 
344 aa  293  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.371847  normal  0.394564 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1760  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.55 
 
 
354 aa  291  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805096  normal  0.0884735 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  49.85 
 
 
343 aa  288  8e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0160  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.71 
 
 
359 aa  285  7e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765545  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.29 
 
 
349 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0671  cobalamin synthesis CobW protein  51.92 
 
 
350 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2648  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.56 
 
 
357 aa  278  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0237696  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3287  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.79 
 
 
344 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.0071849  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  48.45 
 
 
344 aa  276  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0827  cobalamin synthesis protein cobW-like  46.57 
 
 
348 aa  268  1e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3662  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.67 
 
 
343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.419795  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2448  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.67 
 
 
343 aa  265  5.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1517  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.11 
 
 
345 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241447  normal  0.0776458 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1027  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.15 
 
 
348 aa  265  1e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.959481  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3150  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  47.02 
 
 
354 aa  259  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3016  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  46.43 
 
 
354 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0521997  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2828  cobalamin synthesis protein CobW  48.81 
 
 
345 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.94 
 
 
386 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.23 
 
 
345 aa  255  7e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2933  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  47.53 
 
 
350 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0128514  hitchhiker  0.00376638 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4587  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.11 
 
 
349 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00207896  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4328  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.21 
 
 
358 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.559643  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.56 
 
 
349 aa  249  5e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2774  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.4 
 
 
355 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1591  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.06 
 
 
344 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0216526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3508  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.96 
 
 
355 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3099  cobalamin synthesis protein/P47K  44.84 
 
 
357 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62296  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5000  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.44 
 
 
363 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.287496  hitchhiker  0.0000190574 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2268  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.57 
 
 
358 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1937  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.9 
 
 
357 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176615  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2421  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.1 
 
 
355 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877489  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4489  cobalamin biosynthesis protein CobW  41.71 
 
 
348 aa  245  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09841  putative cobalamin synthesis protein  39.94 
 
 
344 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.201772 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.61 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0664593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0278  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.61 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141635  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1616  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.61 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.877521  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0882  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.61 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.116066  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2097  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.61 
 
 
390 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1953  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.61 
 
 
357 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.891813  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0343  cobalamin biosynthesis CobW  49.26 
 
 
350 aa  242  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1647  CobW  44.76 
 
 
367 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0505719  normal  0.0706509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2218  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.76 
 
 
350 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25960  putative cobalamin biosynthesis protein cobW  45.45 
 
 
375 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0063336  normal  0.0651392 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3407  cobalamin synthesis protein/P47K  45.67 
 
 
346 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00803812  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3153  cobalamin biosynthesis protein CobW  41.71 
 
 
369 aa  229  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175243  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1218  putative cobalamin synthesis protein  42.33 
 
 
369 aa  229  6e-59  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5747  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.51 
 
 
349 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000222169 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1583  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.7 
 
 
369 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0221433 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08161  putative cobalamin synthesis protein  39.5 
 
 
351 aa  222  7e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.615787  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  41.6 
 
 
362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1376  cobalamin biosynthesis protein CobW  41.13 
 
 
360 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0540788 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1556  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.39 
 
 
362 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0295518  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1264  putative cobalamin synthesis protein  41.43 
 
 
371 aa  219  3.9999999999999997e-56  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1575  cobalamin biosynthesis protein CobW  41.67 
 
 
362 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.467386 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1176  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  41.19 
 
 
362 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1656  cobalamin biosynthesis protein CobW  41.19 
 
 
362 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1630  cobalamin biosynthesis protein CobW  41.19 
 
 
362 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893644  normal  0.0183508 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0184  putative cobalamin synthesis protein  40.85 
 
 
364 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16961  putative cobalamin synthesis protein  40.32 
 
 
381 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08401  putative cobalamin synthesis protein  32.85 
 
 
354 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.807692  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08381  putative cobalamin synthesis protein  32.25 
 
 
354 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0786  putative cobalamin synthesis protein  32.84 
 
 
354 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.627356  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08051  putative cobalamin synthesis protein  36.08 
 
 
350 aa  192  6e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  36.81 
 
 
320 aa  169  7e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  35.98 
 
 
323 aa  162  7e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  35.29 
 
 
323 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  35.29 
 
 
323 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  35.71 
 
 
323 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6978  cobalamin synthesis protein P47K  33.93 
 
 
324 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227526  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03750  hypothetical protein  34.72 
 
 
367 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.32469  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  36.14 
 
 
323 aa  154  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  34.55 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  32.84 
 
 
404 aa  153  4e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4773  cobalamin synthesis protein P47K  36.8 
 
 
377 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0898546  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  43.2 
 
 
358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  42.42 
 
 
353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  35.47 
 
 
332 aa  145  7.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.44 
 
 
345 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  34.76 
 
 
324 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0987  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.41 
 
 
374 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.32175  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  41.84 
 
 
350 aa  145  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2614  cobalamin synthesis protein P47K  36.88 
 
 
410 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.729102 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  41.62 
 
 
349 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  41.84 
 
 
361 aa  145  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>