More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0637 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0637  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  100 
 
 
335 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0739  cobalamin biosynthesis CobW  91.33 
 
 
335 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0782025  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0786  cobalamin biosynthesis protein CobW  87.93 
 
 
334 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.42 
 
 
349 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.57 
 
 
349 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2372  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.57 
 
 
349 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0653093  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1438  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.06 
 
 
344 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.481567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3114  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.49 
 
 
344 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00643978  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3143  putative cobalamin synthesis protein cobW  50.74 
 
 
345 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2148  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.59 
 
 
344 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.245942  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2531  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.6 
 
 
344 aa  302  5.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3506  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.7 
 
 
348 aa  302  5.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0380718  normal  0.46786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1716  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.65 
 
 
344 aa  301  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0702556  decreased coverage  0.00438103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2436  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.2 
 
 
344 aa  298  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.13 
 
 
349 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  49.13 
 
 
349 aa  296  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1441  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.35 
 
 
344 aa  296  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.371847  normal  0.394564 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1760  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.13 
 
 
354 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805096  normal  0.0884735 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3287  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.28 
 
 
344 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.0071849  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  49.7 
 
 
343 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  49.38 
 
 
344 aa  281  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.41 
 
 
349 aa  280  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0160  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.29 
 
 
359 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765545  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0671  cobalamin synthesis CobW protein  51.93 
 
 
350 aa  279  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2648  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.99 
 
 
357 aa  275  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0237696  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1517  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.2 
 
 
345 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241447  normal  0.0776458 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0827  cobalamin synthesis protein cobW-like  47.14 
 
 
348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3662  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.9 
 
 
343 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.419795  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2448  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.6 
 
 
343 aa  264  1e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  44.06 
 
 
386 aa  264  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1027  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.45 
 
 
348 aa  264  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.959481  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2828  cobalamin synthesis protein CobW  52.1 
 
 
345 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.11 
 
 
345 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2933  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  48.46 
 
 
350 aa  259  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0128514  hitchhiker  0.00376638 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5000  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.03 
 
 
363 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.287496  hitchhiker  0.0000190574 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4587  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.75 
 
 
349 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00207896  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3150  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.95 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1937  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.06 
 
 
357 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176615  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1591  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.64 
 
 
344 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0216526 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0278  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.77 
 
 
357 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  43.77 
 
 
357 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0664593  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0882  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.77 
 
 
357 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.116066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1616  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.77 
 
 
357 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.877521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1953  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.77 
 
 
357 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.891813  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4328  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.12 
 
 
358 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.559643  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2097  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.77 
 
 
390 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1647  CobW  45.71 
 
 
367 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0505719  normal  0.0706509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3016  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  45.05 
 
 
354 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0521997  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.86 
 
 
349 aa  249  3e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09841  putative cobalamin synthesis protein  40.52 
 
 
344 aa  248  9e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.201772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4489  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.12 
 
 
348 aa  247  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2774  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.61 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3099  cobalamin synthesis protein/P47K  43.59 
 
 
357 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62296  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3508  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.31 
 
 
355 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2421  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.31 
 
 
355 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877489  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3153  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.34 
 
 
369 aa  242  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175243  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2268  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.21 
 
 
358 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0343  cobalamin biosynthesis CobW  51.85 
 
 
350 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2218  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.85 
 
 
350 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25960  putative cobalamin biosynthesis protein cobW  44.55 
 
 
375 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0063336  normal  0.0651392 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3407  cobalamin synthesis protein/P47K  45.11 
 
 
346 aa  233  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00803812  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1376  cobalamin biosynthesis protein CobW  41.29 
 
 
360 aa  229  4e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0540788 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1583  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.25 
 
 
369 aa  229  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0221433 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  42.49 
 
 
362 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1176  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  42.78 
 
 
362 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1656  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.78 
 
 
362 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1630  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.49 
 
 
362 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893644  normal  0.0183508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5747  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.57 
 
 
349 aa  225  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000222169 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1556  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.24 
 
 
362 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0295518  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1218  putative cobalamin synthesis protein  41.41 
 
 
369 aa  224  2e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1575  cobalamin biosynthesis protein CobW  42.94 
 
 
362 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.467386 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08161  putative cobalamin synthesis protein  38.24 
 
 
351 aa  217  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.615787  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16961  putative cobalamin synthesis protein  39.19 
 
 
381 aa  215  7e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0184  putative cobalamin synthesis protein  39.64 
 
 
364 aa  213  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1264  putative cobalamin synthesis protein  39.33 
 
 
371 aa  212  7.999999999999999e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08401  putative cobalamin synthesis protein  32.85 
 
 
354 aa  209  7e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.807692  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0786  putative cobalamin synthesis protein  32.56 
 
 
354 aa  207  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.627356  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08381  putative cobalamin synthesis protein  32.24 
 
 
354 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08051  putative cobalamin synthesis protein  36.08 
 
 
350 aa  186  6e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  36.36 
 
 
320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  35.98 
 
 
323 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  33.62 
 
 
404 aa  159  4e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  34.67 
 
 
323 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  34.67 
 
 
323 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  35.91 
 
 
323 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03750  hypothetical protein  34.99 
 
 
367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.32469  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  34.15 
 
 
323 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  36.78 
 
 
332 aa  152  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4773  cobalamin synthesis protein P47K  36.21 
 
 
377 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0898546  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  34.56 
 
 
323 aa  150  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  37.43 
 
 
320 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1044  cobalamin synthesis protein/P47K  39.53 
 
 
449 aa  149  7e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6978  cobalamin synthesis protein P47K  33.93 
 
 
324 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227526  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1373  cobalamin synthesis protein P47K  41.39 
 
 
393 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  39.53 
 
 
449 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  40.09 
 
 
449 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.593368  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  42.72 
 
 
343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  40.09 
 
 
353 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11271  cobalamin synthesis protein/P47K  39.07 
 
 
452 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  34.62 
 
 
326 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>