More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2531 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2531  cobalamin biosynthesis protein CobW  100 
 
 		 344 aa  684    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  79.07 
 
 		 344 aa  528  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2933  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  76.11 
 
 		 350 aa  479  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0128514  hitchhiker  0.00376638 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1517  cobalamin biosynthesis protein CobW  75.87 
 
 		 345 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241447  normal  0.0776458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2828  cobalamin synthesis protein CobW  77.62 
 
 		 345 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  78.11 
 
 		 345 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0343  cobalamin biosynthesis CobW  76.45 
 
 		 350 aa  443  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  65.79 
 
 		 343 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2372  cobalamin biosynthesis protein CobW  53.33 
 
 		 349 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0653093  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.44 
 
 		 349 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1438  cobalamin biosynthesis protein CobW  58.36 
 
 		 344 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.481567 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.46 
 
 		 349 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3506  cobalamin biosynthesis protein CobW  56.27 
 
 		 348 aa  372  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0380718  normal  0.46786 
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  54.44 
 
 		 349 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.44 
 
 		 349 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3143  putative cobalamin synthesis protein cobW  55.29 
 
 		 345 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  56.76 
 
 		 349 aa  360  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2148  cobalamin biosynthesis protein CobW  58.05 
 
 		 344 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.245942  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1716  cobalamin biosynthesis protein CobW  58.36 
 
 		 344 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0702556  decreased coverage  0.00438103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1441  cobalamin biosynthesis protein CobW  58.36 
 
 		 344 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.371847  normal  0.394564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2436  cobalamin biosynthesis protein CobW  57.68 
 
 		 344 aa  351  8e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3114  cobalamin biosynthesis protein CobW  54.65 
 
 		 344 aa  350  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00643978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1760  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.44 
 
 		 354 aa  350  3e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0805096  normal  0.0884735 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3287  cobalamin biosynthesis protein CobW  56.1 
 
 		 344 aa  344  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.0071849  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2648  cobalamin biosynthesis protein CobW  51.62 
 
 		 357 aa  343  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0237696  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0671  cobalamin synthesis CobW protein  55.92 
 
 		 350 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0160  cobalamin biosynthesis protein CobW  52.05 
 
 		 359 aa  321  9.999999999999999e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765545  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.14 
 
 		 349 aa  318  6e-86  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1027  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.46 
 
 		 348 aa  318  6e-86  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.959481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0827  cobalamin synthesis protein cobW-like  52.62 
 
 		 348 aa  318  7e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0739  cobalamin biosynthesis CobW  50.77 
 
 		 335 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0782025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3508  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.72 
 
 		 355 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2774  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.72 
 
 		 355 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  46.7 
 
 		 386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2421  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.44 
 
 		 355 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2268  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.3 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5000  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.44 
 
 		 363 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.287496  hitchhiker  0.0000190574 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1937  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.97 
 
 		 357 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176615  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2218  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.14 
 
 		 350 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1953  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.97 
 
 		 357 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.891813  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0882  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.67 
 
 		 357 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.116066  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  47.67 
 
 		 357 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0664593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0278  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.67 
 
 		 357 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141635  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1616  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.67 
 
 		 357 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.877521  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0637  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  50.6 
 
 		 335 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25960  putative cobalamin biosynthesis protein cobW  49.86 
 
 		 375 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0063336  normal  0.0651392 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2448  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.8 
 
 		 343 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2097  cobalamin biosynthesis protein CobW  47.67 
 
 		 390 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0786  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.46 
 
 		 334 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1591  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.41 
 
 		 344 aa  300  3e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0216526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3150  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  48.87 
 
 		 354 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3099  cobalamin synthesis protein/P47K  48.88 
 
 		 357 aa  299  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4328  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.72 
 
 		 358 aa  298  7e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.559643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1647  CobW  46.44 
 
 		 367 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0505719  normal  0.0706509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3016  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  49.12 
 
 		 354 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0521997  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3662  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.48 
 
 		 343 aa  296  4e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.419795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4587  cobalamin biosynthesis protein CobW  49.71 
 
 		 349 aa  296  5e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00207896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3407  cobalamin synthesis protein/P47K  48.55 
 
 		 346 aa  285  7e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00803812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1630  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.26 
 
 		 362 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893644  normal  0.0183508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1176  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  45.98 
 
 		 362 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1656  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.98 
 
 		 362 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  45.4 
 
 		 362 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1583  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.18 
 
 		 369 aa  279  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0221433 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1575  cobalamin biosynthesis protein CobW  46.7 
 
 		 362 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.467386 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1556  cobalamin biosynthesis protein CobW  45.4 
 
 		 362 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0295518  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4489  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.38 
 
 		 348 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5747  cobalamin biosynthesis protein CobW  48.69 
 
 		 349 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000222169 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09841  putative cobalamin synthesis protein  41.86 
 
 		 344 aa  273  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.201772 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3153  cobalamin biosynthesis protein CobW  43.66 
 
 		 369 aa  271  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1376  cobalamin biosynthesis protein CobW  44.61 
 
 		 360 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540788 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1218  putative cobalamin synthesis protein  42.94 
 
 		 369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16961  putative cobalamin synthesis protein  40.3 
 
 		 381 aa  246  4e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1264  putative cobalamin synthesis protein  42.59 
 
 		 371 aa  243  3e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08161  putative cobalamin synthesis protein  41.09 
 
 		 351 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.615787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0184  putative cobalamin synthesis protein  38.1 
 
 		 364 aa  235  8e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08401  putative cobalamin synthesis protein  32.66 
 
 		 354 aa  221  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.807692  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0786  putative cobalamin synthesis protein  32.66 
 
 		 354 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.627356  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08381  putative cobalamin synthesis protein  32.08 
 
 		 354 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08051  putative cobalamin synthesis protein  35.26 
 
 		 350 aa  209  6e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  33.99 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  33.89 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  35.86 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  34.51 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  33.04 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  33.04 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  35.11 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  34.4 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  34.83 
 
 		 320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  32.65 
 
 		 404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3645  cobalamin synthesis protein P47K  33.82 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  35.07 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04218  predicted GTPase  34.1 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4892  putative GTP-binding protein YjiA  34.1 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4944  putative GTP-binding protein YjiA  34.1 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04184  hypothetical protein  34.1 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3714  putative GTP-binding protein YjiA  34.1 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5864  putative GTP-binding protein YjiA  34.1 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4572  putative GTP-binding protein YjiA  33.82 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4878  putative GTP-binding protein YjiA  33.82 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  34.8 
 
 		 326 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>