More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1648 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  92.68 
 
 
328 aa  635    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  100 
 
 
328 aa  674    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  76.47 
 
 
324 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  71.08 
 
 
327 aa  478  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  71.08 
 
 
327 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  71.08 
 
 
327 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  74.46 
 
 
325 aa  471  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  68.52 
 
 
324 aa  465  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  67.48 
 
 
362 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  67.48 
 
 
337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  67.18 
 
 
328 aa  444  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  67.48 
 
 
337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  67.59 
 
 
337 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  66.15 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  66.15 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  66.15 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  66.15 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  66.15 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  65.75 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  66.15 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  66.15 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  65.85 
 
 
328 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  62.8 
 
 
328 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  44.38 
 
 
328 aa  277  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  43.81 
 
 
330 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  42.99 
 
 
328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  42.17 
 
 
329 aa  265  8e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.99 
 
 
346 aa  250  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  45.09 
 
 
331 aa  243  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  42.48 
 
 
336 aa  242  6e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  39.51 
 
 
362 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.44 
 
 
356 aa  233  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.04 
 
 
365 aa  231  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  39.78 
 
 
378 aa  229  5e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  37.85 
 
 
370 aa  228  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  37.09 
 
 
351 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  43.94 
 
 
333 aa  226  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  37.57 
 
 
372 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  37.57 
 
 
367 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  37.5 
 
 
368 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  38.94 
 
 
351 aa  223  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  36.9 
 
 
360 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  36.68 
 
 
375 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  38.36 
 
 
340 aa  222  6e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  36.68 
 
 
368 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  36.68 
 
 
368 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  39.81 
 
 
331 aa  218  2e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  39.82 
 
 
334 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  36.29 
 
 
364 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  35.67 
 
 
357 aa  212  7e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  40.72 
 
 
350 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  36.81 
 
 
351 aa  206  6e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  39.66 
 
 
347 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  38.89 
 
 
340 aa  192  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  37.06 
 
 
331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  31.34 
 
 
395 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  35.59 
 
 
324 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  34.37 
 
 
323 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  34.98 
 
 
323 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  33.73 
 
 
322 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  34.06 
 
 
323 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  33.92 
 
 
323 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  33.85 
 
 
323 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  29.24 
 
 
369 aa  149  7e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  35.45 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.53 
 
 
323 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  31.31 
 
 
325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  31.69 
 
 
323 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  26.18 
 
 
358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  43.03 
 
 
324 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  44.44 
 
 
190 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  28.49 
 
 
378 aa  124  2e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2883  cobalamin synthesis protein P47K  29.39 
 
 
360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00106206  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  32.89 
 
 
324 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  37.2 
 
 
333 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  29.96 
 
 
322 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1930  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  27.34 
 
 
307 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7138  cobalamin synthesis protein P47K  33.68 
 
 
360 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775863  normal  0.480911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  31.28 
 
 
360 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  34.1 
 
 
343 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3412  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  26.98 
 
 
307 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000823465 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3796  hypothetical protein  31.46 
 
 
365 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.213041  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1948  cobalamin synthesis protein/P47K  34.78 
 
 
349 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.871457  normal  0.448238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  31.28 
 
 
367 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1081  cobalamin synthesis protein P47K  33.64 
 
 
384 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.640909 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1800  cobalamin synthesis protein P47K  26.98 
 
 
328 aa  104  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.739911  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4617  cobalamin synthesis protein, P47K  36.32 
 
 
327 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.483497  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2030  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  26.62 
 
 
305 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.167135  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2009  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  26.62 
 
 
318 aa  103  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1765  GTPase  29.58 
 
 
307 aa  102  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15215  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1485  cobalamin synthesis protein P47K  26.26 
 
 
310 aa  102  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0861962  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1786  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  26.62 
 
 
320 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.114166  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1925  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  26.62 
 
 
307 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000812691  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1961  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  26.62 
 
 
307 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000478714 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  30.69 
 
 
308 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6978  cobalamin synthesis protein P47K  30.34 
 
 
324 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227526  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1743  GTPase  30.81 
 
 
307 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.180746  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2767  cobalamin synthesis protein P47K  31.4 
 
 
369 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  34.94 
 
 
323 aa  100  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0182  cobalamin synthesis protein P47K  27.65 
 
 
308 aa  100  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>