More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4533 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 324 aa  624  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  62.73 
 
 		 323 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  62.11 
 
 		 323 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  64.31 
 
 		 323 aa  378  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  63.78 
 
 		 324 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  57.89 
 
 		 323 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  54.91 
 
 		 323 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  54.71 
 
 		 323 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  55.69 
 
 		 323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  57.98 
 
 		 322 aa  329  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  59.32 
 
 		 322 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  40.58 
 
 		 331 aa  182  7e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  37.46 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  35.29 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.73 
 
 		 356 aa  173  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  33.91 
 
 		 351 aa  172  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  35 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  33.7 
 
 		 368 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  31.59 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  33.7 
 
 		 368 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  33.23 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  32.09 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  38.18 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  35.16 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  32.7 
 
 		 378 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  33.42 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  35.8 
 
 		 328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  34.83 
 
 		 327 aa  165  8e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  35.5 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  35.5 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  35.5 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  35.22 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  35.5 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  35.5 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  33.85 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  35.5 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  35.5 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  34.23 
 
 		 364 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  30.43 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  30.43 
 
 		 367 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  32.84 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  35.35 
 
 		 362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  32.24 
 
 		 370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  35.69 
 
 		 357 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  35.31 
 
 		 328 aa  162  7e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  35.35 
 
 		 328 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  35.05 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  35.05 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  30.6 
 
 		 360 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.24 
 
 		 365 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  36.36 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  35.05 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  33.55 
 
 		 329 aa  161  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  34.53 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  31.33 
 
 		 330 aa  159  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  34.53 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  30.66 
 
 		 362 aa  159  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  36 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  36.09 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  46.86 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  30.75 
 
 		 395 aa  151  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  34.52 
 
 		 325 aa  149  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  30.06 
 
 		 369 aa  149  8e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  31.45 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  48.15 
 
 		 347 aa  145  6e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  30.82 
 
 		 328 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  39.89 
 
 		 190 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  31.85 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  35.16 
 
 		 331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  29.49 
 
 		 358 aa  124  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  41.86 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  38.33 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  28.98 
 
 		 378 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3099  cobalamin synthesis protein/P47K  32.91 
 
 		 357 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  33.74 
 
 		 333 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3016  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  31.47 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0521997  normal  0.178415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2774  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.33 
 
 		 355 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3508  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.9 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3150  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.47 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2421  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.9 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2268  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.9 
 
 		 358 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.35 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.35 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0664593  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1616  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.35 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.877521  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0278  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.35 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0882  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.35 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.116066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1953  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.35 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.891813  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1937  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.35 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176615  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2218  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 		 350 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2009  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  29.19 
 
 		 318 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2030  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  29.19 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.167135  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.05 
 
 		 349 aa  98.6  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2097  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.35 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  33.92 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  28.32 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25960  putative cobalamin biosynthesis protein cobW  32.49 
 
 		 375 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0063336  normal  0.0651392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1786  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  29.19 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.114166  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1765  GTPase  29.19 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15215  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1800  cobalamin synthesis protein P47K  29.19 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.739911  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2083  cobalamin synthesis protein P47K  39.44 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.083483  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>