More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5359 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  100 
 
 		 323 aa  653    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  96.28 
 
 		 323 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  87.62 
 
 		 323 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  69.25 
 
 		 323 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  59.38 
 
 		 323 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  59.2 
 
 		 323 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  58.82 
 
 		 323 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  54.71 
 
 		 324 aa  328  8e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  50.93 
 
 		 324 aa  316  4e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  51.08 
 
 		 322 aa  299  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  50.92 
 
 		 322 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  36.97 
 
 		 356 aa  189  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  37.18 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  34.15 
 
 		 351 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  34.13 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  34.89 
 
 		 364 aa  171  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  33.52 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  33.54 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  30.72 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  35.49 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  33.52 
 
 		 368 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  33.52 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  34.97 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  31.2 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  33.24 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  31.4 
 
 		 370 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  32.47 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  35.38 
 
 		 328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  30.98 
 
 		 372 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  30.98 
 
 		 367 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  34.98 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  30.41 
 
 		 365 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  35.21 
 
 		 346 aa  162  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  34.39 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  32.23 
 
 		 350 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  31.89 
 
 		 328 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  33.75 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  33.94 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  33.02 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  32.26 
 
 		 334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  34.84 
 
 		 327 aa  152  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  30.43 
 
 		 362 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  33.85 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  30.92 
 
 		 395 aa  149  5e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  54.96 
 
 		 340 aa  149  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  35.06 
 
 		 331 aa  149  8e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  34.52 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  30.97 
 
 		 369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  34.52 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  34.37 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  32.12 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  33.54 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  33.54 
 
 		 328 aa  146  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  33.54 
 
 		 328 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  33.54 
 
 		 328 aa  145  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  33.54 
 
 		 328 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  33.54 
 
 		 328 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  33.54 
 
 		 328 aa  145  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  33.54 
 
 		 328 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  33.54 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  30.94 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  50.75 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  32.31 
 
 		 337 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  32.31 
 
 		 337 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  32.62 
 
 		 362 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  32.31 
 
 		 337 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  32 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  32.32 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  30.9 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  41.46 
 
 		 190 aa  123  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  29.36 
 
 		 358 aa  122  7e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  28.53 
 
 		 378 aa  119  9e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  28.2 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1769  cobalamin synthesis protein P47K  38.29 
 
 		 313 aa  94.4  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.48374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  33.51 
 
 		 343 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  33.68 
 
 		 349 aa  93.2  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.68 
 
 		 349 aa  93.2  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2083  cobalamin synthesis protein P47K  41.46 
 
 		 311 aa  92.8  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.083483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  37.21 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.68 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  38.36 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  37.21 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0228  cobalamin synthesis protein/P47K  31.25 
 
 		 353 aa  90.1  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0182  cobalamin synthesis protein P47K  33.33 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0198  cobalamin synthesis protein, P47K  32.04 
 
 		 322 aa  89.4  7e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.659431 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1438  cobalamin biosynthesis protein CobW  29.55 
 
 		 344 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.481567 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0184  putative cobalamin synthesis protein  34.91 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  39.87 
 
 		 349 aa  88.6  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0750  cobalamin synthesis protein P47K  28.28 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3717  cobalamin synthesis protein/P47K  30.21 
 
 		 379 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  32.5 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.33 
 
 		 349 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2828  cobalamin synthesis protein CobW  50.45 
 
 		 345 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  50.45 
 
 		 345 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  36.08 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06660  predicted GTPase, G3E family  33.33 
 
 		 364 aa  87  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.747392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  37.74 
 
 		 344 aa  87  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1786  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  28.24 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.114166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1961  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  27.91 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000478714 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2604  cobalamin synthesis protein, P47K  35.22 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>