More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2795 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 362 aa  749    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  46.34 
 
 		 360 aa  318  1e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  45.31 
 
 		 370 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  45.74 
 
 		 368 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  45.48 
 
 		 368 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  45.1 
 
 		 375 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  45.36 
 
 		 368 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  43.86 
 
 		 372 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  43.86 
 
 		 367 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  45.17 
 
 		 365 aa  308  8e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  46.2 
 
 		 351 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  43.01 
 
 		 351 aa  298  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  43.7 
 
 		 357 aa  296  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  44.85 
 
 		 364 aa  296  4e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  42.42 
 
 		 378 aa  293  5e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  46.04 
 
 		 336 aa  280  3e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.87 
 
 		 346 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  39.89 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.4 
 
 		 356 aa  253  5.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  40.35 
 
 		 340 aa  243  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  41.36 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  39.51 
 
 		 328 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  39.34 
 
 		 328 aa  235  8e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  37.33 
 
 		 331 aa  233  5e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  39.66 
 
 		 327 aa  233  6e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  39.83 
 
 		 324 aa  232  7.000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  39.83 
 
 		 327 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  39.83 
 
 		 327 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  37.84 
 
 		 330 aa  228  9e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  38.61 
 
 		 325 aa  226  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  36.46 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  36.36 
 
 		 329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  35.81 
 
 		 328 aa  209  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  36.13 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  36.13 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  36.13 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  35.65 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  35.65 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  35.65 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  35.65 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  35.65 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  35.65 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  35.65 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  35.65 
 
 		 328 aa  206  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  35.85 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  35.85 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  35.38 
 
 		 328 aa  203  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  37.93 
 
 		 347 aa  202  9e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  35.01 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  50.53 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  32.78 
 
 		 331 aa  195  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  31.7 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  30.58 
 
 		 395 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  31.08 
 
 		 351 aa  169  8e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  30.46 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  32.68 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  32.68 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  29.34 
 
 		 369 aa  160  2e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  30.3 
 
 		 323 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  31.59 
 
 		 322 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  30.6 
 
 		 323 aa  156  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  31.25 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  30.43 
 
 		 323 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  31.22 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  30.39 
 
 		 324 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  28.69 
 
 		 331 aa  143  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  29.97 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  29.95 
 
 		 322 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  27.39 
 
 		 358 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  36.28 
 
 		 190 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  33.67 
 
 		 378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  27.68 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  39.88 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2883  cobalamin synthesis protein P47K  33.14 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00106206  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  31.92 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  35.18 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0827  cobalamin synthesis protein cobW-like  33.33 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  35.98 
 
 		 324 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  32.14 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4328  cobalamin biosynthesis protein CobW  37.5 
 
 		 358 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.559643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.98 
 
 		 386 aa  93.2  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  35.53 
 
 		 349 aa  92.8  8e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4296  cobalamin synthesis protein, P47K  37.79 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1616  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.877521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1953  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.891813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0278  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.47 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0664593  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1937  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 		 357 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176615  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1044  cobalamin synthesis protein/P47K  33.33 
 
 		 449 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  28.49 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0882  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.116066  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2097  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 		 390 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5621  cobalamin synthesis protein P47K  31.41 
 
 		 325 aa  90.9  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.16465 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6978  cobalamin synthesis protein P47K  33 
 
 		 324 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  28.49 
 
 		 308 aa  91.3  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  32.38 
 
 		 362 aa  90.9  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  34.73 
 
 		 323 aa  90.1  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  34.73 
 
 		 323 aa  90.1  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1769  cobalamin synthesis protein P47K  35.26 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.48374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1926  cobalamin synthesis protein P47K  33.5 
 
 		 390 aa  90.1  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.165005 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>