More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06660 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06660  predicted GTPase, G3E family  100 
 
 		 364 aa  699    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.747392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3403  cobalamin synthesis protein P47K  44.44 
 
 		 341 aa  207  3e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3924  cobalamin synthesis protein P47K  42.38 
 
 		 344 aa  204  3e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0777863  normal  0.0144678 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2976  cobalamin synthesis protein P47K  43.62 
 
 		 359 aa  201  9.999999999999999e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1028  cobalamin synthesis protein P47K  38.37 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.906843  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6990  cobalamin synthesis protein P47K  38.11 
 
 		 360 aa  179  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.81769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5779  cobalamin synthesis protein, P47K  38.33 
 
 		 344 aa  176  5e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5604  cobalamin synthesis protein, P47K  37.42 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0283876  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5224  cobalamin synthesis protein, P47K  37.12 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5312  cobalamin synthesis protein, P47K  37.12 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5621  cobalamin synthesis protein P47K  33.53 
 
 		 325 aa  153  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.16465 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4158  cobalamin synthesis protein, P47K  37.14 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0672  hypothetical protein  28.88 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.177765  normal  0.336631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  33.23 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1570  hypothetical protein  28.88 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0281678 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  34.14 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4002  cobalamin synthesis protein P47K  33.63 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  31.56 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2341  cobalamin synthesis protein P47K  29.53 
 
 		 378 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  33.43 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  32.09 
 
 		 350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  32.46 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  31.87 
 
 		 355 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2392  cobalamin synthesis protein P47K  29.25 
 
 		 378 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0956  hypothetical protein  29.07 
 
 		 380 aa  139  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.582353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.68 
 
 		 386 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3796  hypothetical protein  30.85 
 
 		 365 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.213041  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0193  cobalamin synthesis protein P47K  35.54 
 
 		 320 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.9456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2305  cobalamin synthesis protein, P47K  32.24 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.394905  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3078  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  33.71 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361866  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0029  cobalamin synthesis protein P47K  31.73 
 
 		 364 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.341587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4724  cobalamin synthesis protein P47K  32.49 
 
 		 376 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  32.84 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  34.12 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  34.12 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  31.93 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  31.37 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  31.94 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  30.97 
 
 		 353 aa  137  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4200  cobalamin synthesis protein P47K  32.76 
 
 		 336 aa  136  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000951795  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.57 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  32.03 
 
 		 353 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1769  cobalamin synthesis protein P47K  33.73 
 
 		 313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.48374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2644  cobalamin synthesis protein P47K  29.94 
 
 		 373 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.341844 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  31.67 
 
 		 355 aa  135  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0681  cobalamin synthesis protein P47K  31.98 
 
 		 373 aa  135  8e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  31.96 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0708  cobalamin synthesis protein P47K  27.19 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1081  cobalamin synthesis protein P47K  27.54 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.640909 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3150  cobalamin synthesis protein P47K  31.13 
 
 		 640 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  31.56 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5963  cobalamin synthesis protein P47K  33.99 
 
 		 372 aa  134  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.103061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  29.88 
 
 		 326 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  30.35 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  32.1 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  31.49 
 
 		 367 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3663  cobalamin synthesis protein P47K  39.69 
 
 		 363 aa  132  9e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.234992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3108  cobalamin synthesis protein, P47K  30.14 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190819  normal  0.352092 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2842  cobalamin synthesis protein, P47K  31.81 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  33.24 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4805  cobalamin synthesis protein/P47K  30.77 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1690  hypothetical protein  30.41 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2384  cobalamin synthesis protein P47K  35.1 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00979398  hitchhiker  0.00264822 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0080  cobalamin synthesis protein, putative  28.65 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  42.47 
 
 		 364 aa  130  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1188  cobalamin synthesis protein P47K  29.45 
 
 		 339 aa  129  6e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0038044  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1533  cobalamin synthesis protein P47K  31.43 
 
 		 422 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0557  cobalamin synthesis protein P47K  34.83 
 
 		 470 aa  129  7.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  31.1 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2949  cobalamin synthesis protein P47K  31.23 
 
 		 369 aa  129  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.645626  hitchhiker  0.00151664 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2767  cobalamin synthesis protein P47K  38.73 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0750  cobalamin synthesis protein P47K  32.53 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  31.74 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1176  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  30.16 
 
 		 362 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1656  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.16 
 
 		 362 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05471  G3E family GTPase  25.15 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.304233  normal  0.295768 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3105  cobalamin synthesis protein, P47K  31.17 
 
 		 417 aa  126  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.934746  normal  0.32479 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0065  cobalamin synthesis protein P47K  30.48 
 
 		 433 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1630  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.24 
 
 		 362 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893644  normal  0.0183508 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2083  cobalamin synthesis protein P47K  33.23 
 
 		 311 aa  126  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.083483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  30.15 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  30.15 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  39.33 
 
 		 358 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2035  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.92 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1575  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.48 
 
 		 362 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.467386 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3846  cobalamin synthesis protein P47K  28.45 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2945  cobalamin synthesis protein P47K  30.73 
 
 		 406 aa  125  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.879984  hitchhiker  0.0065134 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1957  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.02 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5665  cobalamin synthesis protein P47K  35.64 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0326957 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2074  cobalamin synthesis protein P47K  31.93 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0490287  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  32.46 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0321  cobalamin synthesis protein P47K  32.84 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.276547 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2571  cobalamin synthesis protein P47K  33.24 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0868503  normal  0.334928 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11271  cobalamin synthesis protein/P47K  37.78 
 
 		 452 aa  124  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3246  cobalamin synthesis protein/P47K  30.89 
 
 		 437 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499544 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3607  cobalamin synthesis protein P47K  30.77 
 
 		 375 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.734261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1823  hypothetical protein  25.59 
 
 		 344 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0970938  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1556  cobalamin biosynthesis protein CobW  30.56 
 
 		 362 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0295518  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1037  G3E family GTPase  37 
 
 		 460 aa  123  5e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0316  cobalamin synthesis protein/P47K  29.23 
 
 		 423 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>