More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5652 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5652  cobalamin synthesis protein/P47K  100 
 
 
323 aa  636    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0175207 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5072  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  67.39 
 
 
323 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5523  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  66.46 
 
 
323 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5137  cobalamin synthesis protein P47K  63.98 
 
 
323 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5267  cobalamin synthesis protein, P47K  59.08 
 
 
323 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.363719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5359  CobW/P47K family protein  58.82 
 
 
323 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5408  cobalamin synthesis protein P47K  59.75 
 
 
323 aa  361  9e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0569577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01740  hypothetical protein  59.94 
 
 
324 aa  359  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4533  cobalamin synthesis protein, P47K  64.31 
 
 
324 aa  358  9e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72980  G3E family GTPase  53.42 
 
 
322 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0091957  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6334  cobalamin synthesis protein/P47K  54.63 
 
 
322 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3483  cobalamin synthesis protein P47K  34.01 
 
 
351 aa  188  9e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.073261 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2162  cobalamin synthesis protein, P47K  36.2 
 
 
331 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2776  cobalamin synthesis protein, P47K  33.71 
 
 
357 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2575  cobalamin synthesis protein, P47K  35.07 
 
 
364 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1975  putative GTPase  34.17 
 
 
336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3334  cobalamin synthesis protein, P47K  34.04 
 
 
351 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00186258  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2795  cobalamin synthesis protein, P47K  32.68 
 
 
362 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2446  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  35.24 
 
 
346 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0683  cobalamin synthesis protein P47K  33.64 
 
 
350 aa  169  7e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.609439  normal  0.0145183 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3241  cobalamin synthesis protein P47K  37.03 
 
 
324 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1255  cobalamin synthesis protein, P47K  30.9 
 
 
360 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1503  CobW/P47K family protein  36.58 
 
 
327 aa  167  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1338  cobalamin synthesis protein P47K  32.01 
 
 
375 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06411  hypothetical protein  32.52 
 
 
334 aa  165  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1364  cobalamin synthesis protein P47K  31.35 
 
 
368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1648  cobalamin synthesis protein P47K  33.92 
 
 
328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11533  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3020  cobalamin synthesis protein P47K  31.35 
 
 
368 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1328  cobalamin synthesis protein P47K  31.35 
 
 
368 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2705  CobW/P47K family protein  36.28 
 
 
327 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2333  cobalamin synthesis protein P47K  35.65 
 
 
324 aa  161  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2782  cobalamin synthesis protein P47K  36.28 
 
 
327 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3001  cobalamin synthesis protein P47K  46.91 
 
 
378 aa  159  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.696763  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0125  hypothetical protein  33.43 
 
 
369 aa  159  5e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0134  cobalamin synthesis protein, P47K  32.29 
 
 
395 aa  159  5e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1919  cobalamin synthesis protein P47K  34.04 
 
 
328 aa  159  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.295788  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1300  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.13 
 
 
356 aa  159  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1054  hypothetical protein  32.93 
 
 
331 aa  158  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1502  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  30.52 
 
 
365 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1570  cobalamin synthesis protein P47K  33.23 
 
 
340 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000217746 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2927  cobalamin synthesis protein, P47K  30.11 
 
 
370 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1484  cobalamin synthesis protein P47K  33.23 
 
 
328 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.176394  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3311  CobW/P47K family protein  32.93 
 
 
328 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.048492  normal  0.045783 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02103  predicted enzyme  32.93 
 
 
328 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02062  hypothetical protein  32.93 
 
 
328 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0785  CobW/P47K family protein  32.93 
 
 
328 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2471  CobW/P47K family protein  32.93 
 
 
328 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.046974  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2311  CobW/P47K family protein  32.93 
 
 
328 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1474  cobalamin synthesis protein P47K  32.93 
 
 
328 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00100223  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2322  CobW/P47K family protein  32.93 
 
 
328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366233  hitchhiker  0.00913363 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2908  cobalamin synthesis protein, P47K  32.8 
 
 
340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127945  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2769  cobalamin synthesis protein, P47K  33.73 
 
 
328 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.516201  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0460  hypothetical protein  32.09 
 
 
329 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27169  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2751  cobalamin synthesis protein, P47K  45.99 
 
 
372 aa  152  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2829  cobalamin synthesis protein, P47K  46.67 
 
 
367 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2406  cobalamin synthesis protein P47K  33.43 
 
 
337 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2449  cobalamin synthesis protein, P47K  33.43 
 
 
362 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566188  decreased coverage  0.0000000416664 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2361  cobalamin synthesis protein, P47K  33.43 
 
 
337 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000667582  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1815  cobalamin synthesis protein, P47K  34.49 
 
 
333 aa  151  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2563  cobalamin synthesis protein, P47K  33.43 
 
 
328 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00261863  decreased coverage  0.00000585707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2452  cobalamin synthesis protein, P47K  33.43 
 
 
337 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00835886  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2593  cobalamin synthesis protein, P47K  34.13 
 
 
347 aa  149  8e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.404806  hitchhiker  0.000961127 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2430  cobalamin synthesis protein P47K  32.82 
 
 
325 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0670  putative cobalamin synthesis protein  31.03 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.486225  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001505  Putative GTPase (G3E family)  30.34 
 
 
328 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000327168  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3651  cobalamin synthesis protein, P47K  38.22 
 
 
190 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05440  putative GTPase  29.35 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1874  cobalamin synthesis protein/P47K  31.4 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0228  cobalamin synthesis protein, P47K  34.57 
 
 
331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0456  cobalamin synthesis protein/P47K  29.08 
 
 
358 aa  122  8e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.576952  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1737  cobalamin synthesis protein, P47K  37.88 
 
 
351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00683166 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14784  predicted protein  27.5 
 
 
378 aa  109  8.000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.101479 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0338  cobalamin synthesis protein P47K  33.91 
 
 
333 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0043  CobW/P47K family protein  29.17 
 
 
308 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.845125  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0042  CobW/P47K family protein  29.17 
 
 
308 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  34.57 
 
 
343 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.91966  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1307  cobW protein, putative  33.86 
 
 
349 aa  100  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248329  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1270  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.86 
 
 
349 aa  100  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3269  cobalamin biosynthesis protein CobW  34.48 
 
 
349 aa  99.8  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1876  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.86 
 
 
349 aa  99.8  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  36.76 
 
 
320 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1647  CobW  33.19 
 
 
367 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0505719  normal  0.0706509 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2209  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW  36.15 
 
 
344 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.859835  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2671  cobalamin biosynthesis protein CobW  33.2 
 
 
349 aa  97.8  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2408  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.52 
 
 
386 aa  98.2  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0519284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4587  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.22 
 
 
349 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00207896  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5000  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.47 
 
 
363 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.287496  hitchhiker  0.0000190574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25960  putative cobalamin biosynthesis protein cobW  30.38 
 
 
375 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0063336  normal  0.0651392 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  35 
 
 
322 aa  95.9  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  36.46 
 
 
320 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2218  cobalamin biosynthesis protein CobW  29.83 
 
 
350 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.718748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2132  cobalamin biosynthesis protein CobW  32.28 
 
 
349 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00697159  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2372  cobalamin biosynthesis protein CobW  29.79 
 
 
349 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0653093  normal  0.0136743 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3407  cobalamin synthesis protein/P47K  32.77 
 
 
346 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00803812  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0739  cobalamin biosynthesis CobW  35.71 
 
 
335 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0782025  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2148  cobalamin biosynthesis protein CobW  31.9 
 
 
344 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.245942  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1467  cobalamin biosynthesis protein CobW  37.5 
 
 
345 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356377  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  34.2 
 
 
324 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1218  putative cobalamin synthesis protein  35.23 
 
 
369 aa  93.6  4e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2268  cobalamin biosynthesis protein CobW  29.11 
 
 
358 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>