More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3655 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  531  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381392  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.85 
 
 
259 aa  240  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.670645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.8 
 
 
265 aa  234  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.185202 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5492  short chain dehydrogenase  43.56 
 
 
263 aa  218  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.757142  normal  0.625296 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1534  short chain dehydrogenase  43.07 
 
 
263 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0157122  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
259 aa  202  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
268 aa  196  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5228  short chain dehydrogenase  34.11 
 
 
261 aa  152  7e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.940368  normal  0.168178 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
258 aa  145  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00507501  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1530  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5029  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.30549  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4646  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4734  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.332046  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13563  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
260 aa  139  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000268632 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2219  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
169 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8773  short chain dehydrogenase  33.71 
 
 
261 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
255 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3872  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
270 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2636  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.842689  normal  0.311906 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
255 aa  115  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
255 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111492  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3915  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.81 
 
 
254 aa  113  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
263 aa  112  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.88 
 
 
249 aa  112  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
249 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000248538  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
258 aa  110  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.899503  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.95 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 
252 aa  109  5e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.35 
 
 
246 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
249 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
248 aa  108  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
259 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4347  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.32 
 
 
247 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.296553  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0701  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.7 
 
 
247 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555171 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
252 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
265 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.609253  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.96 
 
 
246 aa  106  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
288 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
249 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5349  1,6-dihydroxycyclohexa-2,4-diene-1-carboxylate dehydrogenase  33.58 
 
 
259 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.571723  normal  0.150503 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  29.96 
 
 
286 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
272 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.41 
 
 
246 aa  105  9e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 
251 aa  105  9e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0721  2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase  32.64 
 
 
255 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 
251 aa  105  9e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.41 
 
 
246 aa  105  9e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
249 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
269 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
252 aa  104  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
248 aa  104  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.12 
 
 
255 aa  104  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5156  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 
254 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215894  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.08 
 
 
285 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 
285 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.27 
 
 
246 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
301 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
254 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
285 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.69 
 
 
244 aa  103  4e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  34.11 
 
 
248 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.21 
 
 
259 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
285 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3769  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.44 
 
 
259 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1306  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  29.66 
 
 
256 aa  102  5e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
246 aa  102  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
249 aa  102  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00209875  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
254 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
280 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
249 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
249 aa  102  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0450975 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
265 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.576946  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2833  short chain dehydrogenase  32.43 
 
 
258 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09160  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
256 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1871  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.95 
 
 
263 aa  101  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 
248 aa  101  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
255 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000297813  normal  0.0786529 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
260 aa  101  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
274 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.73 
 
 
252 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 
285 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0665  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.49 
 
 
275 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  29.23 
 
 
259 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
282 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
253 aa  101  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.68 
 
 
247 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1429  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.65 
 
 
256 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.865814 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
252 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
337 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 
253 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
255 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.588184  normal  0.748301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>