More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3866 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3866  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
217 aa  424  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.680924  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4862  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.18 
 
 
217 aa  308  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47950  ABC transporter permease  59.35 
 
 
214 aa  248  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.274179  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4135  ABC transporter permease  58.41 
 
 
214 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1515  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  42.18 
 
 
216 aa  176  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00992032  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1027  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.91 
 
 
223 aa  141  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.19 
 
 
218 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  35.68 
 
 
216 aa  111  9e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.48 
 
 
233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.65 
 
 
216 aa  111  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.92 
 
 
216 aa  109  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.44 
 
 
216 aa  108  6e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1657  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.78 
 
 
223 aa  107  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000259788  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.57 
 
 
503 aa  105  4e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1819  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 
334 aa  105  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2505  amino acid ABC transporter permease  31.4 
 
 
220 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0032626  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.24 
 
 
335 aa  105  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  32.76 
 
 
237 aa  105  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  29.95 
 
 
727 aa  104  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5360  amino acid ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
229 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.209442  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.66 
 
 
221 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32 
 
 
492 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2777  amino acid ABC transporter, permease protein  31.44 
 
 
220 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.57 
 
 
222 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.04 
 
 
219 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5458  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  34.31 
 
 
216 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.63 
 
 
216 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0693  amino acid ABC transporter permease  30.7 
 
 
229 aa  102  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4914  amino acid ABC transporter permease  35.58 
 
 
229 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3090  amino acid ABC transporter permease  31 
 
 
220 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  34.11 
 
 
216 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.38 
 
 
214 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0238  amino acid ABC transporter permease  32.14 
 
 
216 aa  99.8  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.67 
 
 
248 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.49 
 
 
493 aa  99.4  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5538  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.29 
 
 
219 aa  99.4  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.172396 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.84 
 
 
224 aa  99  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355125  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  28.91 
 
 
714 aa  99.4  4e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5260  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.29 
 
 
219 aa  99  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.571687  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2021  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.17 
 
 
337 aa  99.4  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.871277  normal  0.573389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.77 
 
 
219 aa  99  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3977  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.52 
 
 
213 aa  99  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734464  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.64 
 
 
216 aa  99  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.99 
 
 
221 aa  98.2  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  31.82 
 
 
319 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.86 
 
 
337 aa  97.4  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.580602 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.17 
 
 
219 aa  97.8  1e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1071  hypothetical protein  35.1 
 
 
235 aa  97.4  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.292378  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0531  ABC-type amino acid transport system, permease component  29.03 
 
 
216 aa  97.4  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0001634 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.52 
 
 
224 aa  97.1  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0447  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.61 
 
 
216 aa  97.1  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  30.37 
 
 
219 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0342  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.65 
 
 
219 aa  96.7  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0500  amino acid ABC transporter permease  31.43 
 
 
242 aa  96.7  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
221 aa  97.1  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0218334  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2430  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  28.78 
 
 
216 aa  97.1  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.891065  normal  0.0353371 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5602  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.26 
 
 
241 aa  96.7  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.92 
 
 
219 aa  96.3  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3747  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.48 
 
 
218 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.85 
 
 
213 aa  95.9  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2588  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.09 
 
 
221 aa  95.9  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07300  amino acid ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 
221 aa  95.5  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763963  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1101  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.7 
 
 
224 aa  95.5  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3951  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.19 
 
 
221 aa  95.9  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.365778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.26 
 
 
216 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0655  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  32.62 
 
 
490 aa  95.5  6e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00122809  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68090  ABC transporter permease  31.28 
 
 
230 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0277184  normal  0.0135289 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.31 
 
 
215 aa  94.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2686  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.41 
 
 
221 aa  94.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.589624 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.41 
 
 
221 aa  94.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000222759 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.58 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  29.67 
 
 
218 aa  94.4  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3447  amino acid ABC transporter permease  28.57 
 
 
217 aa  94.4  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6378  amino acid ABC transporter permease  34.58 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5893  ABC transporter permease  31.28 
 
 
230 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2955  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.65 
 
 
224 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6611  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.58 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0309  amino acid ABC transporter permease  33.8 
 
 
229 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000829605  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  29.81 
 
 
216 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3327  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.57 
 
 
217 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5172  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  31.48 
 
 
260 aa  93.6  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0967  amino acid ABC transporter permease  30.95 
 
 
222 aa  93.6  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.027607  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.05 
 
 
229 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000808771  hitchhiker  0.000000082822 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3188  amino acid ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
217 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  30.8 
 
 
736 aa  94  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0724  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.26 
 
 
241 aa  93.6  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.32 
 
 
213 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0217915 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0123  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.37 
 
 
321 aa  93.2  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1632  ABC-type amino acid transport system, permease component  30.95 
 
 
214 aa  93.2  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1934  ABC-type amino acid transport system, permease component  29.67 
 
 
213 aa  93.2  3e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3141  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.86 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0303  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.58 
 
 
229 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177039  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  29.7 
 
 
214 aa  92  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  31.42 
 
 
223 aa  92.4  5e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0280  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  34.11 
 
 
229 aa  92  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.139552  hitchhiker  0.000156387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.88 
 
 
217 aa  92  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0553  glutamine ABC transporter permease  28.97 
 
 
214 aa  92  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4537  amino acid ABC transporter permease  32.86 
 
 
223 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.194331  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4272  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.74 
 
 
256 aa  92  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000141249 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1190  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.92 
 
 
224 aa  91.7  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>