57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3348 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3348  hypothetical protein  100 
 
 		 140 aa  285  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4184  pilus subunit transmembrane protein  76.79 
 
 		 136 aa  183  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0224  pilus subunit transmembrane protein  65.32 
 
 		 159 aa  166  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4472  pilus subunit transmembrane protein  83.17 
 
 		 136 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.619064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0719  hypothetical protein  46 
 
 		 139 aa  104  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4096  hypothetical protein  47.37 
 
 		 137 aa  99  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2699  hypothetical protein  31.58 
 
 		 159 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0305  hypothetical protein  32.71 
 
 		 163 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3496  hypothetical protein  33.09 
 
 		 164 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00521323 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2404  hypothetical protein  36.79 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.817399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0228  hypothetical protein  33.9 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2476  hypothetical protein  34.29 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5129  hypothetical protein  34.69 
 
 		 170 aa  71.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3516  hypothetical protein  33.33 
 
 		 161 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0606  hypothetical protein  35.48 
 
 		 167 aa  70.5  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.090863  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3708  hypothetical protein  29.37 
 
 		 165 aa  70.1  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0395  hypothetical protein  30.7 
 
 		 161 aa  69.7  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0610661  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7025  hypothetical protein  35.87 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.016448  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1788  hypothetical protein  31.96 
 
 		 164 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2823  hypothetical protein  34.04 
 
 		 161 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.144299  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0415  hypothetical protein  34.62 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2388  hypothetical protein  34.41 
 
 		 158 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00562819  normal  0.0111097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4197  hypothetical protein  29.82 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.610885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3781  hypothetical protein  31.58 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0659  type II secretion system protein  36.23 
 
 		 461 aa  57  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.876667  normal  0.112113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3797  hypothetical protein  30.33 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  32.86 
 
 		 496 aa  51.2  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0799  type II secretion system protein  36.84 
 
 		 486 aa  48.9  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0800  type II and III secretion system protein  32.26 
 
 		 510 aa  47  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1658  type II and III secretion system protein  35.82 
 
 		 483 aa  46.2  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  37.31 
 
 		 574 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  32.26 
 
 		 478 aa  45.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2580  hypothetical protein  24.8 
 
 		 217 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.948349  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  27.05 
 
 		 492 aa  45.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  29.63 
 
 		 633 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  33.85 
 
 		 679 aa  43.9  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  30 
 
 		 517 aa  43.5  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  26.23 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  26.23 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  31.82 
 
 		 620 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  28.07 
 
 		 497 aa  42.7  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  26.23 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  26.23 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  26.23 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06196  Flp pilus assembly protein, secretin CapC  31.88 
 
 		 456 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  26.23 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  36.36 
 
 		 690 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0369  type II/III secretion system protein  26.23 
 
 		 445 aa  42.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.117344  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 690 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  36.36 
 
 		 690 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  32 
 
 		 530 aa  42  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  24.18 
 
 		 483 aa  41.6  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 461 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  30.3 
 
 		 663 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 461 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  28.57 
 
 		 461 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1727  type II and III secretion system protein  24.49 
 
 		 520 aa  40  0.01  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>