35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3516 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3516  hypothetical protein  100 
 
 		 161 aa  323  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1788  hypothetical protein  84.81 
 
 		 164 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3708  hypothetical protein  69.54 
 
 		 165 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0395  hypothetical protein  68.67 
 
 		 161 aa  210  7.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0305  hypothetical protein  65.36 
 
 		 163 aa  209  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7025  hypothetical protein  71.3 
 
 		 145 aa  181  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.016448  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2388  hypothetical protein  54.03 
 
 		 158 aa  141  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00562819  normal  0.0111097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2823  hypothetical protein  53.08 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.144299  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2699  hypothetical protein  55 
 
 		 159 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2476  hypothetical protein  55 
 
 		 160 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2404  hypothetical protein  52 
 
 		 160 aa  134  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.817399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3496  hypothetical protein  53.57 
 
 		 164 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00521323 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0415  hypothetical protein  37.24 
 
 		 152 aa  87  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0228  hypothetical protein  39.2 
 
 		 172 aa  85.1  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0719  hypothetical protein  34.19 
 
 		 139 aa  83.2  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4184  pilus subunit transmembrane protein  35.51 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5129  hypothetical protein  35.71 
 
 		 170 aa  76.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4096  hypothetical protein  36.36 
 
 		 137 aa  76.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0606  hypothetical protein  32.46 
 
 		 167 aa  75.1  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.090863  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0224  pilus subunit transmembrane protein  29.01 
 
 		 159 aa  72.4  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3348  hypothetical protein  33.33 
 
 		 140 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4472  pilus subunit transmembrane protein  34.58 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.619064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3781  hypothetical protein  33.6 
 
 		 169 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4197  hypothetical protein  37.29 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.610885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3797  hypothetical protein  29.23 
 
 		 151 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  38.82 
 
 		 574 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  30.77 
 
 		 483 aa  44.7  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0799  type II secretion system protein  35.48 
 
 		 486 aa  44.7  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0659  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 461 aa  44.3  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.876667  normal  0.112113 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  29.91 
 
 		 526 aa  43.5  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  30.56 
 
 		 474 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4615  Flp pilus assembly protein CpaB  58.33 
 
 		 270 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  36.76 
 
 		 478 aa  41.2  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  35.64 
 
 		 475 aa  40.8  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  33.75 
 
 		 461 aa  40.4  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549017 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>