90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3002 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3002  hypothetical protein  100 
 
 		 418 aa  816    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.682044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0286  protein of unknown function DUF1212  27.57 
 
 		 440 aa  149  9e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  0.0652843 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0517  protein of unknown function DUF1212  31.98 
 
 		 422 aa  139  7.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0133361  hitchhiker  0.00000293243 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02000  hypothetical protein  31.3 
 
 		 420 aa  139  8.999999999999999e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.603412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0870  hypothetical protein  28.33 
 
 		 415 aa  137  5e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1317  hypothetical protein  28.43 
 
 		 451 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0825512  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0850  hypothetical protein  29.14 
 
 		 458 aa  126  6e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000674483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0175  protein of unknown function DUF1212  31.68 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4593  protein of unknown function DUF1212  28.09 
 
 		 422 aa  122  9e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1527  hypothetical protein  28.73 
 
 		 455 aa  119  7e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0019  hypothetical protein  30.46 
 
 		 573 aa  109  9.000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0694356 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1397  hypothetical protein  30.77 
 
 		 637 aa  103  6e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0380  putative integral membrane protein  25.93 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0908  protein of unknown function DUF1212  24 
 
 		 256 aa  69.3  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.395602  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1546  protein of unknown function DUF1212  30.86 
 
 		 426 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0718  hypothetical protein  22.22 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.372885 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2893  hypothetical protein  27.73 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.135065  normal  0.152358 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1691  ThrE family exporter large subunit  21.33 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1476  protein of unknown function DUF1212  26.01 
 
 		 468 aa  59.3  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.783892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1818  hypothetical protein  23.86 
 
 		 475 aa  59.3  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0780  hypothetical protein  20.55 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.494899  normal  0.145093 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3580  hypothetical protein  20.55 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0970  hypothetical protein  22.48 
 
 		 253 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0597  protein of unknown function DUF1212  20.77 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43168  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3648  hypothetical protein  22.44 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3451  hypothetical protein  20.55 
 
 		 266 aa  57  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1964  hypothetical protein  22.22 
 
 		 268 aa  57  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0898  hypothetical protein  21.71 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0152477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0982  hypothetical protein  22.09 
 
 		 253 aa  56.2  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.109631  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2542  hypothetical protein  26.24 
 
 		 267 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3122  hypothetical protein  21.71 
 
 		 253 aa  56.2  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.165656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0557  protein of unknown function DUF1212  20.23 
 
 		 260 aa  55.1  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.936785  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2818  protein of unknown function DUF1212  27.08 
 
 		 268 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166061  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3216  hypothetical protein  21.71 
 
 		 253 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00414919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2826  hypothetical protein  22.98 
 
 		 253 aa  54.3  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.361668 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0522  hypothetical protein  19.92 
 
 		 258 aa  54.3  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00205537 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1072  hypothetical protein  21.71 
 
 		 253 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1039  hypothetical protein  21.71 
 
 		 253 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000460827  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1613  hypothetical protein  29.28 
 
 		 421 aa  53.5  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2002  hypothetical protein  22.83 
 
 		 262 aa  53.5  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269225 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3320  protein of unknown function DUF1212  21.71 
 
 		 253 aa  53.9  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.231123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04207  hypothetical protein  19.03 
 
 		 256 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00106289  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04241  predicted inner membrane protein  19.03 
 
 		 256 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00100125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3633  protein of unknown function DUF1212  19.03 
 
 		 256 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000233755  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3643  hypothetical protein  21.27 
 
 		 273 aa  53.1  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3838  protein of unknown function DUF1212  20.22 
 
 		 279 aa  53.1  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4957  hypothetical protein  19.03 
 
 		 277 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264038  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0855  hypothetical protein  21.88 
 
 		 252 aa  52.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00301757  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5877  hypothetical protein  19.03 
 
 		 274 aa  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00509244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0394  hypothetical protein  25.87 
 
 		 406 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1171  hypothetical protein  22.54 
 
 		 408 aa  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3441  hypothetical protein  24.63 
 
 		 422 aa  52.4  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0291349  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4596  hypothetical protein  18.62 
 
 		 277 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.19778e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1962  protein of unknown function DUF1212  23.5 
 
 		 258 aa  51.2  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0150285  hitchhiker  0.00184472 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3691  hypothetical protein  18.62 
 
 		 256 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  hitchhiker  0.00166736 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0412  hypothetical protein  22.35 
 
 		 253 aa  51.6  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1616  hypothetical protein  22.3 
 
 		 260 aa  51.6  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4867  inner membrane protein YjjP  18.6 
 
 		 303 aa  51.2  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.573654  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4901  hypothetical protein  19.39 
 
 		 314 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.528257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4904  hypothetical protein  18.62 
 
 		 277 aa  50.4  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000992297  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3700  hypothetical protein  22.83 
 
 		 473 aa  50.4  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296209  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4954  hypothetical protein  18.99 
 
 		 314 aa  50.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4800  hypothetical protein  18.99 
 
 		 314 aa  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  0.457693 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4960  hypothetical protein  18.99 
 
 		 314 aa  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2856  hypothetical protein  23.93 
 
 		 289 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00225782  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0822  protein of unknown function DUF1212  22.13 
 
 		 250 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000371019  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0800  hypothetical protein  32.65 
 
 		 154 aa  48.5  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00140  hypothetical protein  21.88 
 
 		 408 aa  48.5  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4909  hypothetical protein  18.62 
 
 		 274 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000641021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0380  hypothetical protein  23.24 
 
 		 406 aa  48.9  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0191  hypothetical protein  22.27 
 
 		 262 aa  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.890079  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2927  hypothetical protein  25 
 
 		 267 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0768  protein of unknown function DUF1212  24.51 
 
 		 253 aa  47  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000933244  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03479  DUF1212 domain membrane protein (AFU_orthologue; AFUA_5G07620)  24.56 
 
 		 792 aa  46.6  0.0007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0454304 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1824  phosphoglycerate kinase  22.81 
 
 		 259 aa  46.6  0.0009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00803  hypothetical protein  19.34 
 
 		 266 aa  45.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1299  hypothetical protein  30.37 
 
 		 164 aa  45.8  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0364  membrane protein  21.88 
 
 		 259 aa  44.7  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.171907  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0872  hypothetical protein  21.51 
 
 		 253 aa  44.7  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2923  hypothetical protein  30.66 
 
 		 155 aa  44.7  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000118164  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1180  hypothetical protein  30.37 
 
 		 164 aa  44.7  0.003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1290  hypothetical protein  23.08 
 
 		 258 aa  44.7  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.813938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1008  hypothetical protein  27.27 
 
 		 156 aa  44.3  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000353059 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1085  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF1212 domain protein)  20.51 
 
 		 258 aa  44.3  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.451526  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3085  hypothetical protein  30.6 
 
 		 156 aa  44.3  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4220  hypothetical protein  23.37 
 
 		 406 aa  44.3  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0855  protein of unknown function DUF1212  28.85 
 
 		 260 aa  43.9  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.570744 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3684  hypothetical protein  24.08 
 
 		 406 aa  43.9  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1086  hypothetical protein  29.93 
 
 		 174 aa  43.5  0.007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.829899  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0190  hypothetical protein  28.46 
 
 		 159 aa  43.5  0.008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>