89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2542 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2542  hypothetical protein  100 
 
 		 267 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2927  hypothetical protein  85.71 
 
 		 267 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2893  hypothetical protein  77.15 
 
 		 269 aa  394  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.135065  normal  0.152358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2818  protein of unknown function DUF1212  79.77 
 
 		 268 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166061  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2596  hypothetical protein  50.2 
 
 		 281 aa  205  5e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.517735  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1964  hypothetical protein  28.17 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1691  ThrE family exporter large subunit  26.98 
 
 		 267 aa  103  4e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2826  hypothetical protein  28.51 
 
 		 253 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.361668 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1039  hypothetical protein  28.22 
 
 		 253 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000460827  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1072  hypothetical protein  28.22 
 
 		 253 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2002  hypothetical protein  25.87 
 
 		 262 aa  95.9  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269225 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1290  hypothetical protein  29.15 
 
 		 258 aa  95.5  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.813938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3320  protein of unknown function DUF1212  28.22 
 
 		 253 aa  95.5  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.231123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0191  hypothetical protein  27.8 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.890079  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3648  hypothetical protein  27.39 
 
 		 253 aa  95.1  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0970  hypothetical protein  27.8 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0364  membrane protein  29.15 
 
 		 259 aa  93.6  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.171907  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0898  hypothetical protein  26.97 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0152477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3122  hypothetical protein  26.97 
 
 		 253 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.165656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0522  hypothetical protein  28.51 
 
 		 258 aa  90.5  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00205537 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3691  hypothetical protein  30.88 
 
 		 261 aa  89.7  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.411423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3216  hypothetical protein  26.14 
 
 		 253 aa  89  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00414919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0780  hypothetical protein  26.75 
 
 		 266 aa  87.8  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.494899  normal  0.145093 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2856  hypothetical protein  26.32 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00225782  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3580  hypothetical protein  26.75 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4596  hypothetical protein  28.63 
 
 		 277 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.19778e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4957  hypothetical protein  28.63 
 
 		 277 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264038  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3633  protein of unknown function DUF1212  28.63 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000233755  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4901  hypothetical protein  30.57 
 
 		 314 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.528257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4867  inner membrane protein YjjP  30.57 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.573654  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04207  hypothetical protein  28.63 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00106289  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04241  predicted inner membrane protein  28.63 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00100125  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4800  hypothetical protein  30.57 
 
 		 314 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  0.457693 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0982  hypothetical protein  26.56 
 
 		 253 aa  87  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.109631  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4954  hypothetical protein  30.57 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4960  hypothetical protein  30.57 
 
 		 314 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4904  hypothetical protein  28.63 
 
 		 277 aa  87  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000992297  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3691  hypothetical protein  28.63 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  hitchhiker  0.00166736 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5877  hypothetical protein  28.19 
 
 		 274 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00509244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3451  hypothetical protein  26.32 
 
 		 266 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0872  hypothetical protein  25.93 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4909  hypothetical protein  28.19 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000641021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3643  hypothetical protein  28.25 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3838  protein of unknown function DUF1212  28.25 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0597  protein of unknown function DUF1212  27.68 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43168  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001670  hypothetical protein  26.72 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131782  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0718  hypothetical protein  25.83 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.372885 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00803  hypothetical protein  26.32 
 
 		 266 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0855  hypothetical protein  25.21 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00301757  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2924  hypothetical protein  24.07 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000395261  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1007  hypothetical protein  24.38 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.306388  hitchhiker  0.0000272829 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0957  hypothetical protein  25.21 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0557  protein of unknown function DUF1212  26.13 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.936785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3086  hypothetical protein  26.11 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0799  protein of unknown function DUF1212  29.18 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0870  hypothetical protein  25 
 
 		 415 aa  62.8  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3002  hypothetical protein  26.24 
 
 		 418 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.682044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0175  protein of unknown function DUF1212  27 
 
 		 433 aa  60.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1397  hypothetical protein  27.67 
 
 		 637 aa  59.7  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1546  protein of unknown function DUF1212  28.69 
 
 		 426 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0019  hypothetical protein  26.92 
 
 		 573 aa  57  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0694356 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1962  protein of unknown function DUF1212  26.7 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0150285  hitchhiker  0.00184472 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4593  protein of unknown function DUF1212  26.89 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0517  protein of unknown function DUF1212  28.84 
 
 		 422 aa  56.2  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0133361  hitchhiker  0.00000293243 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0768  protein of unknown function DUF1212  24.89 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000933244  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0412  hypothetical protein  25.33 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1710  hypothetical protein  24.89 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000260322 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0908  protein of unknown function DUF1212  24.4 
 
 		 256 aa  53.5  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.395602  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0380  putative integral membrane protein  26.61 
 
 		 211 aa  53.1  0.000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1317  hypothetical protein  22.69 
 
 		 451 aa  52.4  0.000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0825512  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0769  hypothetical protein  26.64 
 
 		 253 aa  50.4  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000612682  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1300  hypothetical protein  22.16 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0681274  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1181  hypothetical protein  21.93 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0786  hypothetical protein  26.64 
 
 		 253 aa  50.4  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0287191  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1842  hypothetical protein  23.11 
 
 		 256 aa  49.7  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1085  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF1212 domain protein)  23.61 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.451526  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0712  hypothetical protein  24.02 
 
 		 260 aa  47.4  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0658885  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02000  hypothetical protein  25.67 
 
 		 420 aa  46.2  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.603412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0822  protein of unknown function DUF1212  23.73 
 
 		 250 aa  45.8  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000371019  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1616  hypothetical protein  23.11 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1561  hypothetical protein  23.11 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1527  hypothetical protein  22.01 
 
 		 455 aa  45.4  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8725  protein of unknown function DUF1212  25.38 
 
 		 461 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0908337 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19250  hypothetical protein  24.44 
 
 		 509 aa  43.9  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0275947  hitchhiker  0.00598211 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2185  hypothetical protein  22.49 
 
 		 256 aa  43.5  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2957  putative integral membrane protein  22.22 
 
 		 159 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.646912 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1896  hypothetical protein  22.49 
 
 		 256 aa  42.4  0.009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1064  protein of unknown function DUF1212  32.5 
 
 		 478 aa  42.4  0.009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.103063  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1824  phosphoglycerate kinase  26.05 
 
 		 259 aa  42  0.01  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>