More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1730 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1730  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 353 aa  714    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0821566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2099  transcriptional regulator, LacI family  66.28 
 
 		 346 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.116566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2338  transcriptional regulator, LacI family  65.01 
 
 		 347 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2398  transcriptional regulator LacI family  63.34 
 
 		 349 aa  433  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3460  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.18 
 
 		 344 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.105579  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3787  transcriptional regulator, LacI family  42.9 
 
 		 350 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3492  transcriptional regulator, LacI family  42.3 
 
 		 350 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3936  LacI family transcription regulator  41.02 
 
 		 357 aa  245  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.125487  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  29.7 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  32.64 
 
 		 367 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  29.46 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  30 
 
 		 336 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  30.18 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  30.18 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 342 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  27.03 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  30.18 
 
 		 336 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  27.03 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  30.18 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  28.09 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  30.18 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  30.18 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  30.18 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  29.76 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  26.2 
 
 		 382 aa  125  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  29.2 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  27.16 
 
 		 340 aa  123  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  33.65 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  33.65 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  33.65 
 
 		 342 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  29.35 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  29.35 
 
 		 344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  30.42 
 
 		 340 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.22 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  26.22 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  29 
 
 		 331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  25.07 
 
 		 339 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  29.27 
 
 		 340 aa  109  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  29.94 
 
 		 336 aa  108  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  26.81 
 
 		 439 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  28.71 
 
 		 346 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  27.13 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  32.5 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  29.64 
 
 		 336 aa  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  28.77 
 
 		 473 aa  106  6e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  22.15 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  26.88 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.92 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  29.81 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 347 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  27.38 
 
 		 348 aa  103  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  26.39 
 
 		 354 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  26.93 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  23.93 
 
 		 340 aa  99.4  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  33.7 
 
 		 340 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  26.13 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  26.07 
 
 		 340 aa  97.4  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  29.18 
 
 		 344 aa  97.8  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  25.83 
 
 		 334 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  26.39 
 
 		 341 aa  97.4  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  28.2 
 
 		 338 aa  96.7  5e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  26.44 
 
 		 335 aa  96.7  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  26.74 
 
 		 352 aa  95.9  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.71 
 
 		 348 aa  95.5  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  27.36 
 
 		 332 aa  95.1  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  25.79 
 
 		 340 aa  95.1  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1242  LacI family transcription regulator  26.64 
 
 		 340 aa  94.4  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  24.84 
 
 		 361 aa  93.2  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  26.46 
 
 		 343 aa  92.8  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  25.78 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  27.44 
 
 		 338 aa  92.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 348 aa  92.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 331 aa  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  26.43 
 
 		 351 aa  90.1  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2405  LacI family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 333 aa  89.7  6e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.475476 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  23.86 
 
 		 342 aa  89.7  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  27.43 
 
 		 336 aa  89.4  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7169  transcriptional repressor RbsR  25.68 
 
 		 331 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0351473 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  25.72 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  25.08 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1956  transcriptional regulator, LacI family  29.21 
 
 		 348 aa  87.8  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000378532 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0183  transcriptional regulator, LacI family  24.45 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 337 aa  88.6  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0891  LacI family transcription regulator  32.77 
 
 		 328 aa  87.8  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.890397  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06350  transcriptional regulator  28.06 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.752661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2290  transcriptional regulator, LacI family  27.81 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.950174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6588  LacI family transcription regulator  25.08 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.89 
 
 		 343 aa  87.8  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  25.37 
 
 		 343 aa  87.4  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  23.87 
 
 		 346 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  25.08 
 
 		 333 aa  87  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13170  transcriptional regulator  25.94 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.362617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  23.58 
 
 		 333 aa  86.3  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  24.44 
 
 		 343 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  24.44 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>