More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5394 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 345 aa  700    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  74.34 
 
 		 345 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  73.76 
 
 		 439 aa  527  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  70.55 
 
 		 347 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  70.38 
 
 		 347 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.36 
 
 		 349 aa  408  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  33.23 
 
 		 337 aa  169  9e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  32.06 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.1 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 382 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  31.18 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  31.18 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  31.75 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  30.86 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  30.86 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  30.86 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  30.86 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  30.86 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  30.86 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  30.86 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  32.08 
 
 		 391 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  34.77 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  34.77 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.56 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  32.65 
 
 		 340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  33.63 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  35.36 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.31 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  35.36 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.06 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  35.36 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 340 aa  142  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  30.36 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  28.8 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6733  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.564836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  32.03 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6588  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  30.94 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  28.26 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  33.85 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  28.34 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.34 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 342 aa  137  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.44 
 
 		 335 aa  136  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  28.22 
 
 		 337 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  30.21 
 
 		 354 aa  135  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.95 
 
 		 356 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 347 aa  135  8e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 337 aa  135  9e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  31.35 
 
 		 336 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  28.84 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.35 
 
 		 336 aa  135  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 357 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.31 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6650  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 		 364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.17574 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.31 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  30.16 
 
 		 358 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  26.33 
 
 		 332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  32.8 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  29.9 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  32.36 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 363 aa  129  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  29.22 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.75 
 
 		 348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0471  LacI family transcription regulator  30.62 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0818961  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.97 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.25 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  28.3 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  30.55 
 
 		 344 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  29.69 
 
 		 346 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  27.67 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>