More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6046 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  100 
 
 
338 aa  679    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  72.29 
 
 
336 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  70.96 
 
 
338 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  70.96 
 
 
338 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  70.06 
 
 
344 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  70.66 
 
 
338 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  70.66 
 
 
338 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  70.66 
 
 
338 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  70.78 
 
 
336 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  70.78 
 
 
336 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  71.56 
 
 
342 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  70.96 
 
 
342 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  70.96 
 
 
342 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  69.16 
 
 
344 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.8 
 
 
339 aa  321  9.999999999999999e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  48.8 
 
 
337 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  42.47 
 
 
338 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  42.47 
 
 
338 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  42.51 
 
 
341 aa  245  6.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  43.41 
 
 
340 aa  237  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  41.92 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  41.62 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  41.69 
 
 
334 aa  228  8e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  41.99 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  39.22 
 
 
334 aa  218  7.999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  40.19 
 
 
354 aa  208  8e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 
346 aa  208  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  38.19 
 
 
382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  37.85 
 
 
337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  37.62 
 
 
367 aa  199  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  36.59 
 
 
341 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  36.26 
 
 
391 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 
342 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  37.58 
 
 
344 aa  190  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  39.78 
 
 
340 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  35.96 
 
 
338 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  35.96 
 
 
338 aa  189  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  35.96 
 
 
340 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  38.55 
 
 
342 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  38.8 
 
 
336 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  34.38 
 
 
340 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  35.03 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 
339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  33.97 
 
 
356 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 
337 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 
338 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.14 
 
 
342 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  34.56 
 
 
340 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 
347 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  35.13 
 
 
347 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.58 
 
 
342 aa  149  5e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
439 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  34.06 
 
 
344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  29.28 
 
 
337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  32.76 
 
 
339 aa  145  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  31.36 
 
 
345 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 
341 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  32.62 
 
 
345 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 
333 aa  142  7e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1434  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 
338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.17 
 
 
353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  28.31 
 
 
337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  34.28 
 
 
344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  33.33 
 
 
339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  37.31 
 
 
339 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.76 
 
 
341 aa  139  8.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.51 
 
 
342 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.44 
 
 
356 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 
338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 
336 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.41 
 
 
349 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 
368 aa  135  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 
351 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  27.74 
 
 
342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.76 
 
 
338 aa  133  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  26.63 
 
 
341 aa  134  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 
337 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.9 
 
 
348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  31.19 
 
 
357 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.69 
 
 
342 aa  132  6e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 
342 aa  133  6e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 
335 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  26.54 
 
 
340 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  32.48 
 
 
362 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 
334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.81 
 
 
347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 
332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  33.01 
 
 
335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  32.9 
 
 
339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.62 
 
 
336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2338  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 
347 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342005  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  27.13 
 
 
340 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.48 
 
 
336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 
347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  27.13 
 
 
343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  31.07 
 
 
339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  35.23 
 
 
348 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.45 
 
 
346 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.26 
 
 
334 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6650  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 
364 aa  129  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.17574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>