More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4919 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 349 aa  711    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  60.12 
 
 		 345 aa  424  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  59.18 
 
 		 347 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  59.82 
 
 		 439 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  57.73 
 
 		 347 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  58.36 
 
 		 345 aa  408  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  35.52 
 
 		 382 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  30.38 
 
 		 337 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  36.08 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  31.88 
 
 		 340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  33.05 
 
 		 391 aa  155  9e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  31.61 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  33.92 
 
 		 367 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.07 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  30.27 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  32.28 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  31.81 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  31.81 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  29.06 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  32.38 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.23 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.23 
 
 		 333 aa  144  3e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  31.47 
 
 		 336 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  32.38 
 
 		 354 aa  143  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  32.59 
 
 		 356 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  31.95 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  32.45 
 
 		 334 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  31.95 
 
 		 338 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  31.95 
 
 		 338 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  31.95 
 
 		 338 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  31.95 
 
 		 338 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  31.95 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  31.95 
 
 		 336 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2099  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.116566 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  31.87 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2338  transcriptional regulator, LacI family  28.35 
 
 		 347 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 336 aa  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 344 aa  136  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6733  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 354 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.564836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.66 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 337 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  34.41 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  30.66 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  29.3 
 
 		 337 aa  135  9e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  34.07 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  31.27 
 
 		 339 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  33.7 
 
 		 344 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3460  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.95 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.105579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  30.83 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  27.95 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.42 
 
 		 336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2398  transcriptional regulator LacI family  30.28 
 
 		 349 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  29.53 
 
 		 358 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.5 
 
 		 330 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  31.58 
 
 		 344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  35.02 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6650  transcriptional regulator, LacI family  30.14 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.17574 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  30.13 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  27.03 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  34.66 
 
 		 342 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  34.66 
 
 		 342 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.01 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.01 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6588  LacI family transcription regulator  32.91 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1730  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0821566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  28.65 
 
 		 340 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.39 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  29.28 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.87 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  30.67 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  26.43 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  30.19 
 
 		 341 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  33.12 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.81 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3936  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.125487  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 347 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 		 352 aa  119  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  33.12 
 
 		 384 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  32.71 
 
 		 331 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  28.71 
 
 		 328 aa  119  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 343 aa  119  7.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1242  LacI family transcription regulator  30.55 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  24.84 
 
 		 335 aa  119  9e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.03 
 
 		 347 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>