More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2398 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2398  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 349 aa  708    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2099  transcriptional regulator, LacI family  80.62 
 
 		 346 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.116566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2338  transcriptional regulator, LacI family  79.38 
 
 		 347 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1730  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.34 
 
 		 353 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0821566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3460  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.2 
 
 		 344 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.105579  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3492  transcriptional regulator, LacI family  41.72 
 
 		 350 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3787  transcriptional regulator, LacI family  42.33 
 
 		 350 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3936  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 357 aa  248  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.125487  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  29.18 
 
 		 356 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  30.89 
 
 		 367 aa  132  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.28 
 
 		 349 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  29.97 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  31.32 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 337 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  26.91 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  29.75 
 
 		 342 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.22 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  32.86 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  29.22 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  32.86 
 
 		 336 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  32.86 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  32.86 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  32.86 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  32.86 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  32.86 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  28.39 
 
 		 439 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  28.39 
 
 		 345 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  28.34 
 
 		 340 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  32.26 
 
 		 336 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  30.22 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  32.37 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  27.73 
 
 		 336 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  27.44 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  27.44 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 342 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  29.8 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  31.8 
 
 		 342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  31.8 
 
 		 342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  29.45 
 
 		 336 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  29.14 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6588  LacI family transcription regulator  29 
 
 		 342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  28.96 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.93 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  24.39 
 
 		 339 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  23.78 
 
 		 338 aa  109  9.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  26.17 
 
 		 347 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  25.81 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  29.3 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  29.27 
 
 		 340 aa  104  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 339 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28 
 
 		 342 aa  100  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  27.79 
 
 		 341 aa  99.8  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 473 aa  99  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  27.36 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  28.17 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  27.36 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  27.1 
 
 		 346 aa  97.8  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 339 aa  97.4  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3679  transcriptional regulator, LacI family  27.04 
 
 		 340 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  28.71 
 
 		 338 aa  96.7  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  26.17 
 
 		 339 aa  96.3  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  26.19 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  27.81 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  27.22 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  27.73 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  27.66 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  27.08 
 
 		 340 aa  94.4  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  27.16 
 
 		 344 aa  93.2  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  25.98 
 
 		 344 aa  92.8  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 348 aa  92.4  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  25.56 
 
 		 338 aa  92.4  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.18 
 
 		 348 aa  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  27.79 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  25.3 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  24.17 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  29.03 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 334 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.87 
 
 		 343 aa  90.1  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  25.56 
 
 		 341 aa  90.1  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 334 aa  89.4  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6733  transcriptional regulator, LacI family  22.39 
 
 		 354 aa  89  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.564836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3585  LacI family transcription regulator  26.79 
 
 		 340 aa  87.4  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000546261  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  26.79 
 
 		 343 aa  87.4  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  25.55 
 
 		 333 aa  87.8  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  25.56 
 
 		 334 aa  87.4  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  27.68 
 
 		 343 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 338 aa  87  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06350  transcriptional regulator  33.16 
 
 		 351 aa  86.3  8e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.752661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1242  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 		 340 aa  85.9  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  26.57 
 
 		 337 aa  85.9  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  24.92 
 
 		 391 aa  85.9  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2555  transcriptional regulator, LacI family  26.6 
 
 		 369 aa  85.9  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.679604  normal  0.216267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  26.27 
 
 		 342 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  25.69 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>